《自然哲學的數學原理》這部巨著的問世，將艾薩克推向了英國科學界的頂峰。此書是第一次科學革命的集大成之作，到現在它也一直被認為是古往今來最偉大的科學著作，它的內容豐富，包括物理學、數學、天文學和哲學，更為重要的是，它對它所包含的每一個領域都產生了重大的影響。稱艾薩克·牛頓為自然科學的集大成者，絕沒有半點名不副實的成分。
鑒於他對科學界的卓越貢獻，公元1689年，艾薩克當選為國會中的大學代表。
不過，在科學領域取得重大成就的艾薩克，開始對煉金術和神學產生了巨大的興趣，或許這與他從小受牧師舅舅的影響有關。盡管如此，這些“課餘活動”也沒有阻礙艾薩克在科學的道路上越走越遠。後來，艾薩克又出版了他關於光這方麵的研究書籍——《光學》。
公元1703年，艾薩克開始出任英國皇家學會主席。艾薩克在這個職位上工作了二十四年，而英國科學也開始了由艾薩克·牛頓主導的時代。
在擔任皇家學會主席的同時，艾薩克大概是因為需要金錢的緣故，還擔任了皇家造幣廠的廠長。這個職位不但使得他開始過上了穩定的倫敦生活，還給他提供了二千英鎊的薪水，不過艾薩克本身的生活，還是非常樸素、簡單。
1705年，鑒於艾薩克·牛頓在科學領域做出的卓越貢獻，英國女王授予了他“爵士”的稱號。他也是英國第一位獲此殊榮的科學家。
然而，頂著無數榮譽的艾薩克還是沒能抵擋住歲月的腳步。年老體衰的他飽受疾病的困擾和折磨。1727年3月4日，艾薩克的病痛又一次發作，這次他沒能戰勝疾病。3月20日，上帝將這個偉大的靈魂召回了天堂。
艾薩克·牛頓的葬禮在著名的西敏斯特教堂舉行，葬禮當天，教堂內外人流如雲，大家都來悼念這位偉大的科學家。
西敏斯特教堂：又譯威斯敏斯特教堂，本義是西部修道院的意思，因為這座教堂所在的位置在當時倫敦的西部。後來，此地也因教堂而命名為威斯敏斯特市，現在是組成倫敦市中心的兩個市級區之一。
威斯敏斯特教堂在英國享有至高無上的地位，它是英國王室的專屬禮拜堂，1066年以來幾乎所有英國國王的加冕典禮、王室婚禮，王室的一切重大儀式都在這裏舉行。在公元16世紀——公元18世紀，威斯敏斯特是與牛津、劍橋齊名的學術中心，英文版的《聖經》就是在這裏翻譯完成的。教堂墓地中埋葬著英國曆代國王和曆史上各個領域中最傑出的偉人，因此威斯敏斯特教堂也被稱為“榮譽的塔尖”。公元1987年，威斯敏斯特教堂被列入世界文化遺產。
在西敏斯特的墓地，刻有艾薩克肖像的紀念碑上刻有這樣的墓誌銘：
艾薩克·牛頓爵士
安葬在這裏。
他以超乎常人的智力，
第一個證明了行星的運動與形狀，
彗星軌道與海洋的潮汐。
他孜孜不倦地研究光線的各種不同的折射角，
顏色所產生的種種性質。
對於自然，曆史和《聖經》，他是一個勤勉敏銳而忠實的詮釋者。
他以自己的哲學證明了上帝的莊嚴，
並在他的舉止中表現了福音的純樸。
讓人類歡呼曾經存在過這樣一位偉大的人類之光。
晨曦若現，迷霧將散，當年在烏爾索普村看著流水發呆的小男孩，已經回歸天堂。這個依靠勤奮與努力以及獨特的天賦走上科學巔峰的基督徒，終於安睡在了上帝的懷抱。雖然他的靈魂已暫停了對科學的探索和研究，但是，他留下的光輝，將永遠照耀在自然科學領域的道路上，為後繼者點燃一盞永遠不滅的科學之光！