隨後國民軍乘勢向海灘進擊，解放軍244團團部和直屬隊沒有戰鬥部隊掩護，很快就被打散，邢永生團長守傷被俘，原已受傷的團參謀長朱斐然因無法行動也在團部被俘。海灘上的團部人員和第1、3營的餘部，分為兩部分，一部分向東進入金門島東部山區，在山區堅持戰鬥到28日；一部分向西退到古寧頭。
解放軍244團2營在團政治部主任孫樹亮、營長董玉福指揮下，隻集合起50多人，而且登陸地點是在古寧頭以東的林厝、安歧一帶，大大偏離預定地點，由與團部失去聯係，便就近接受251團指揮。
配屬解放軍244團的246團3營由該團副團長劉漢斌、營長王軍率領，與2營情況相似，登陸地點在林厝、安歧一帶，該營登陸後參加了251團對安歧的進攻，在戰鬥中傷亡慘重，副團長劉漢斌、營長王軍先後陣亡，餘部後退入古寧頭。
至中午前後，解放軍244團就基本無成建製部隊在戰鬥了，擁有4個營的解放軍244團在登陸作戰擔負著攻占金門島中部雙乳山製高點，阻擊島東部****屏障島西部我軍作戰的重任，卻是團級戰鬥單位中第一個遭到覆滅性失利，給以後的作戰帶了嚴重不利影響，國民軍機動部隊和後援部隊可以從容投入對島西部的攻擊。
在解放軍244團登陸後不久，251團也開始登陸了。金門之戰時作為登陸部隊的中路，搶占湖南和榜林地區，協同253團攻打金門縣城。團的一梯隊第1、3營在金門島西北部安歧以北、林厝以東順利登陸，雖然由於船隻分散，部隊登陸比較分散，但傷亡並不大。而二梯隊第2營在登陸時遭到猛烈炮火攔阻（其中國民軍3輛在海灘的坦克發揮了很大作用）很多船隻中彈沉沒，還未登陸全營傷亡就幾近三分之一，很多彈藥都隨船沉沒。第1、3營登陸後，集合起來的人大約2個連，在3營長劉德升的指揮下，向安歧猛攻，並攻入村內，與據守安歧的*國民軍展開激烈巷戰，雙方都付出很大代價，解放軍終於基本控製了安歧。但天剛亮，國民軍就向安歧大舉反撲，村內村外到處都在戰鬥。8時過後，國民軍機動部隊在解決了解放軍244團後也從觀音亭山、湖尾鄉趕來，對安歧形成了包圍，解放軍在村內苦戰兩個多小時，終因力量懸殊太大而退出安歧，依托村北的小山組織防禦。
中午過後，國民軍在坦克支援下連續發起攻擊，解放軍沒有反坦克武器，無法抵擋步坦協同攻擊，下午4時許，251團團長劉天祥決定主力向西撤退，與253團會合，副團長馬紹堂指揮1營餘部堅守林厝，掩護主力撤退，連續擊退國民軍7次衝擊之後，馬紹堂率僅餘的2個班撤至古寧頭。
25日淩晨2時許，253團在金門島西北部古寧頭五沙角至林厝一線登陸，由於登陸地帶比較狹窄，所以部隊不像另兩個團那麼分散，相對比較集中。登陸後在團長徐博的指揮下，迅速將當麵守軍201師601團擊潰，俘敵近千人，並占領古寧頭的北山和南山。隨後留下3營鞏固登陸灘頭，主力繼續向縱深發展進攻，於3時10分占領林厝，控製了古寧頭通往金門島腹地的要道，團的先頭部隊2營進展神速，4時30分攻占埔頭和132高地，並繼續向金門縣城推進。
132高地位於古寧頭與金門縣城之間，是島西部的重要製高點。253團進展神速，占領132高地後，國民軍還不清楚這一情況，19軍軍長劉雲瀚和25軍軍長沈向奎同乘一輛吉普，準備前去組織部隊反擊，就在駛近132高地時，突然遭到解放軍機槍掃射，車身中彈，這才明白132高地已落入解放軍之手，慌不迭調頭，才僥幸逃脫。30年之後，劉雲瀚在回憶錄裏仍心有餘悸地寫到此段經曆：“當此生死之機間不容發，鋒鏑餘生，亦雲幸在矣！”
6時許，253團2營已推進到東坑一帶，遭到國民軍14師和118師各一部阻擊，經過激烈交戰，解放軍且戰且退，於6時30分放棄132高地。
徐博團長隨即用報話機向後方報告戰況，並請求炮火轟擊132高地，同時他積極組織力量，準備發動新的進攻。10時30分，253團重新組織力量從埔頭發起攻擊，正遇上國民軍反擊，此時天色已大亮，國民軍不僅在132高地建立炮兵陣地向埔頭猛轟，還出動飛機臨空掃射轟炸，在國民軍陸坦空協同攻擊下，解放軍竭盡全力堅持到午後，終因力量不繼，在埔頭地區失利，主力退往林厝，少數人還在埔頭村裏堅持戰鬥，還有少數人則向南突擊，最遠打到距離金門縣城僅1公裏的下埔。
林厝村的戰鬥從淩晨開始，林厝位於古寧頭東端，是從古寧頭進入金門島腹地的唯一通道，253團2營一部在林厝以東高地與反擊的國民軍353團展開激烈的爭奪，中午後，解放軍進攻埔頭的部隊退回林厝，加強了林厝的防禦力量，解放軍利用村內原有的防禦工事和堅固的石頭建築，頑強抵擋，與國民軍反複爭奪，使****在該地區付出了相當大的代價，該團副團長俞望曾重傷，3個營長1死2傷，戰況之激烈可見一斑。
國民軍19軍14師在攻下埔頭後也繼續北上，從南麵攻擊林厝。與解放軍展開激戰，42團團長李光前也在戰鬥中被打死，成為金門之戰中國民軍陣亡的最高職務的軍官。
戰鬥開始後，國民軍從最初的混亂中清醒過來後，李良榮根據金門島東部和小金門都未發現解放軍進攻，判斷解放軍目前攻擊範圍隻是在壟口至古寧頭一線，便決定投入機動部隊實施反擊。淩晨3時下達反擊部署：18軍軍長高魁元指揮118師的352、354團和19軍18師52團配屬戰車第3連的2個排6輛坦克，從瓊林向觀音亭山、湖尾鄉反擊，這3個團兵分兩路，一路352、354團團從觀音亭山向湖尾鄉、安歧攻擊，一路52團從瓊林、後沙沿海岸向西，側擊解放軍登陸灘頭；第19軍軍長劉雲瀚和25軍軍長沈向奎共同指揮14師41團、42團、13師39團以及25軍40師從金門縣城北上，迎擊攻勢正盛的253團；戰車營營長陳建威指揮2個排6輛坦克在瓊林作為預備隊待命。海軍方麵，也於25日清晨緊急出動，中榮號、南安號、淮安號、掃202號等軍艦從古寧頭西測海域對解放軍因退潮擱淺的船隻，進行猛烈轟擊。其空軍第一大隊從上午8時起大舉出動，一部分飛機對大陸蓮河、陽塘、圍頭等地進行轟炸，另一部分飛機則在金門島上空為地麵部隊提供空中支援，當天國民軍空軍司令周至柔親自乘座飛機飛臨金門上空觀察戰況。
24日晚19軍的13師38團、14師的40團和18師的53團、54團都在金門外海的運輸船上，淩晨被密集槍炮聲驚醒後，很快就接到18師師長尹俊的緊急命令，要求他們迅速駛入金門島南部的料羅灣，立即登島參戰。因此運輸船便頂風急駛入料羅灣，但是風浪太大，一直到中午都無法靠岸。在尹俊的一再催促下，54團於當天下午15時登島參戰，而40團25日晚才登陸，38團更晚，登岸時島上戰鬥已基本結束，而53團則駛往小金門島，增強小金門的防禦力量。
至下午，解放軍244團主力已遭覆滅，僅餘700人，251團也損失慘重，還剩1200人，隻有253團實力尚在，但登陸之初所取得大部分戰果均已丟失，各部退守林厝以東以及古寧頭，等待後援。黃昏前後，251團也恢複了下午3時許與後方中斷的報話機聯係，要求第二梯隊乘夜間在古寧頭登陸。
天黑前，國民軍深知夜戰乃是解放軍所長，便停止進攻，收攏部隊調整部署，從台灣起飛的飛機則不斷在金門島上空盤旋，並不時投下照明彈，監視金門島與大陸之間的海域。
如果戰況僅僅隻是這樣，那還不算太糟，最糟的是由於登陸時間是農曆九月初三，正是天文高潮，而且解放軍又多是平底帆船，搶灘之後，盡管事先布置在每艘船有1個幹部和1個戰士負責押船，但這些人並不熟悉水情，也沒有統一的船隻調度的組織機構，未能及時督促船工乘高潮迅速返航，而是留在岸邊無謂等待，因此錯過了潮汐，結果所有船隻全部擱淺。天亮後，國民軍飛機、軍艦、大炮和坦克以燃燒彈猛烈轟擊，幾乎將所有船隻全部焚毀在海灘上，致使返航接運第二梯隊的計劃徹底落空，也使島上的部隊陷入孤立無援的絕境。第10兵團立即下令在沿海地區緊急征集船隻，征集到6艘可以運載2個團的機帆船，但是這6艘船在駛往蓮河途中，船工懼怕參戰，有5艘船被故意損壞而無法使用。
——至此，解放軍敗局已經確定。