最後，庫施兵敗，羅馬軍隊趁機侵入庫施，占領納帕塔。可是，由於羅馬軍遠離埃及，作戰難度很大，沒有力量消滅庫施，加上庫施人英勇反抗，公元前21年雙方簽訂和約。庫施把北部一小部分領土割讓給羅馬，羅馬軍隊才撤回埃及。此後，麥羅埃幾乎中斷了和埃及的聯係，庫施經濟實力雖強大，但國防實力已開始變得薄弱。
公元1世紀，長期放牧大量牲畜導致尼羅河兩岸水土流失嚴重，麥羅埃南麵水草豐美的牧場遭到破壞，加上灌木叢和樹木同樣遭到毀壞，以致土壤開始沙漠化，麥羅埃王國由此走向衰落。
羅馬人於公元200年後開始通過紅海和阿拉伯半島運輸貨物，以加強和東方市場的貿易往來，放棄了由麥羅埃控製的艱險沙漠之路，這使麥羅埃喪失了商貿中心地位，麥羅埃變得越來越貧困。關於這一點，我們可以從麥羅埃曆代國王的金字塔墓葬變化中窺見一斑。
麥羅埃的國王和王後們，在城外的兩條沙脊上建造了幾十座金字塔作為陵墓。不同於埃及金字塔的是，其側麵是陡峭的斜坡，塔前附設祠堂，內部裝飾有浮雕和題字金字塔的間距也很近，與博爾戈爾山的金字塔類似，大概由於沙脊頂部有限的麵積所致。由於建在地勢起伏的沙脊頂部，各座塔的高度也都不同，約在10~20米間，最高的超過30米，最低的隻留下幾米高的殘基，形成一種高低錯落的布局。
考古學家欣克爾指出，這些金字塔並沒有直接建到頂部，可能在離塔頂幾米處就中止施工了，最後把一塊大圓石頭吊上去置於塔頂，整個塔就算完工。他解釋說，砂岩巨石是用固定在塔頂的一種直上直下的吊車一塊塊吊上去的，使塔在最後幾米處不能完工，因而造成麥羅埃金字塔塔基比埃及的小，而塔身又非常陡。
很多麥羅埃金字塔前保留了祠堂，但完好的非常少，有的隻剩下一圈牆基。2000多年的歲月滄桑，使它們表層風化十分嚴重，難覓原貌。有些地方已坍塌，但還能辨認出所刻的很多是墓主的形象，在一些祠堂的殘基上尚能看到銘文或題記。據此，考古學家獲得許多國王的姓名，還獲知某些國王統治時期的重大事件，這為了解麥羅埃王國統治者的情況提供了彌足珍貴的文字史料。如納塔卡馬尼國王與阿瑪尼托王後統治麥羅埃時，兩人很可能對修複舊神廟與建造新神廟非常熱衷，很多碑銘題字中都同時出現了兩人的姓名。據此可知，阿瑪尼托王後並非附庸於國王，自己也執掌大權，和國王聯合執政。從其他王後的金字塔和一些雕像及建築上有關她們的題字記載可知，她們也都采用了聯合執政的統治形式，使麥羅埃逐步走向繁榮。
3世紀至4世紀的墓葬發掘顯示出此時的麥埃羅國王們已失去建造大型神廟的能力，他們的金字塔也越變越小，越來越不牢固，外國進口的奢侈品也從墓室隨葬品中消失了，這些都表明麥羅埃已走過它的黃金時代。
當庫施衰落之時，興起於東方的阿克蘇姆王國達到了鼎盛期，阿克蘇姆國王艾伊紮尼斯在350年率軍入侵庫施，將麥羅埃城夷為平地，庫施統治者不得不逃往西方的乍得湖地區。
這樣，一個統一的繁榮強盛的庫施王國被徹底摧毀了，麥羅埃人也好像全部滅亡了，他們所創造的璀璨文化、雄偉建築、宗教和政治傳統也隨之煙消雲，散。但在曆史的花園中，庫施王國已成為非洲古代文明史中永不凋謝的一朵，留給世人永久的追思和緬懷。
“聖山”博爾戈爾和納帕塔遺址博爾戈爾山，是座100多米高的砂岩孤山，屹立在尼羅河畔喀土穆城往北約200英裏的沙漠中。它被公元前15世紀征服過努比亞的埃及人稱為“純山”。
它還是努比亞人心目中的聖山，從古時候起就和宗教密切相關，當地人現在仍把位於這裏的神殿群作為祭祀神靈的重要場所。考古發現，曾經有大量王宮、神廟和其他建築建在博爾戈爾山前，今天仍然可以看到作為庫施王國北部都城和宗教中心的納帕塔遺址，庫施王國早期和納帕塔時期的政治、經濟和文化特征也比較清楚地顯現出來。