透過水神共工叛亂一事，玉皇大帝發現神人混居令到地上的人類部落都擁有著強大的力量，雖然自己不在，但隻是一個小小的水神共工就能把顓頊逼死，作為天地人三界最至高無上的他，絕對不能容許天界的權威受到威脅。於是他派自己的大兒子軒轅帶著神通法力，轉生到人世。
軒轅在人間的名字叫做黃帝，黃帝長大之後，順理成章地成為中央一萬二千裏的大帝，娶了個老婆叫做雷祖。雷祖對穿著十分的講究，設計出了很多款式的衣服給大家穿，因為有了雷祖，女人們不再穿得衣不蔽體，知其母而不知其父的情況也在這個時代漸漸被改變了。黃帝成為中央天帝之後，馬上對百姓說了這麼一段話：現在天下由五個大帝統治，我們中央這塊地方整天受到來自四個方向的部落的欺負，守邊疆的士兵們每天晚上連睡覺都要穿著甲胄準備隨時打仗，這種狀況不能再繼續下去了！經過全民總動員，黃帝率領著大軍橫掃東西北三方，伏羲的退隱、祝融的內應加上顓頊部落的衰落，三個方向的強域很快便落入了黃帝的手中。於是黃帝把目標鎖定在四方天帝中最強大的炎帝部落上。炎帝部落的人個個英勇善戰，特別是其中的誇父族人，全部都是巨人，能夠以一敵百，玉皇大帝當然不會讓自己的兒子白白送死，於是派出幾乎全數的天神參戰，其中比較著名的有風伯雨師雷公電母等。黃帝發動突襲，炎帝部落的人哪裏抵擋得住諸神的地水火風，一夜之間就敗退了幾千裏，之後炎帝雖然親自帶隊敵住黃帝的大軍，黃帝手下盡是天兵天將，雙方在實力上相差太遠，炎帝最後退守不老山，鬱鬱而終。從此神州一統，黃帝成為第一個統一天下的人。因為炎帝以仁愛得天下，而黃帝是靠武力得天下，至今華夏子孫稱自己為炎黃子孫的時候，都要把炎帝排在前頭。
炎帝雖然死了，但要讓他的子民聽話可一點兒也不容易，而且黃帝的暴力手腕令愛好和平的南方百姓十分的反感，這時候蚩尤出現了。蚩尤天生銅頭鐵額，牛首人身，四眼六手，本是炎帝帳前的一個小兵，但他是神與妖的兒子，不但力大無窮，還善使法術。炎帝死後，他便矢誌為主複仇。蚩尤看起來雖然粗魯，但他卻不是一個頭腦簡單的普通莽夫，他先是投靠到黃帝的手下當兵，經過努力，竟被他策反了風伯雨師這兩大神人。得到風伯雨師之助，蚩尤便返回南方，舉旗一召，應者如雲，上古時代最激烈最慘烈的戰鬥便拉開了帷幕。
黃帝手下的大將有蒼頡、風後、神皇、力牧、常先、大鴻、離婁（千裏眼）等，神將則有寧封子、應龍、北極玄靈（魃）、雷父電母、四海龍王等，但這麼強大的力量，依然隻能與蚩尤戰成平手，最初的涿鹿之戰更是被蚩尤打得大敗，幾乎全軍覆滅。之後又打了幾場仗，黃帝都是敗多勝少，這時士兵的士氣都十分低落，為了鼓舞眾兵將，黃帝竟派人去東海流波山，把自己的老朋友“夔”殺“死”，剝皮做鼓。夔是獨腳怪獸，擅長用石子打人，他與黃帝交易的條件就是死後可以升入天庭，他成仙後的名字叫做赤腳大仙。黃帝又在雷澤殺掉人頭龍身的雷獸（伏羲之父？），抽出骨頭做成鼓槌，有了這麵神鼓後，兩軍再戰前，便先擂九通神鼓，響天震地，軍心大振，與蚩尤的大戰也開始變得有勝有負起來。再後來黃帝得到西王母的陰符經兵法（一說為《黃帝玄女兵法》），在戰神天皇大帝的關門弟子九天玄女的協助下，設下太一遁甲陣才打敗蚩尤，斬之於鹽湖湖畔。