一、縣人民政府
1950年5月6日成立天祝自治區（縣級）人民政府。至1953年12月下設文教科、衛生科、民政科、建設科、財政科、稅務科、糧食科、工商科、交通科、計劃委員會、監察委員會、人民法院、公安局、檢察署、秘書室、林業站、郵電局、人民銀行天祝支行、貿易支公司、供銷合作社籌備處。
1955年7月19日，天祝藏族自治區人民政府改稱天祝藏族自治縣人民委員會。至1966年5月，縣人民委員會下設辦公室、經濟計劃委員會、民政局、稅務局、財政局、外貿局、商業局、公安局、畜牧局、農林局、農業機械局、水電局、糧食局、文教局、衛生局、統計局、工交局、郵電局、廣播站、縣人行、供銷社。
1968年4月，成立天祝藏族自治縣革命委員會。下設辦公室、政治部、保衛部、生產指揮部。
1981年6月，撤銷縣革命委員會，成立縣人民政府。至1988年，其工作部門和辦事機構有辦公室、經濟計劃委員會、科學技術委員會、物價管理委員會、體育運動委員會、人事局、民政局、公安局、水電局、工交局、糧食局、畜牧局、農業局、物資局、稅務局、鄉鎮企業管理局、勞動局、審計局、城建局、行政監察局、廣播電視局、郵電局、計劃生育局、農牧業機械局、黃金管理局、土地管理局、司法局、工商管理局、統計局、民族宗教局、醫藥管理局、二輕工業局、檔案局、農林牧辦公室、工農教育辦公室、縣誌辦公室、區劃辦公室、編委辦公室、信訪辦公室、縣人行、縣工行、縣建行、縣農行、縣保險公司、編譯室、供銷社。
從1989年開始，縣人民政府不斷完善管理體製，調整部門結構，加強或精簡了部分工作部門和辦事機構。到2006年，有縣政府組成部門22個，縣政府單設機構13個。
縣政府組成部門縣政府辦公室、發展改革局、經濟貿易局、城鄉建設局、民族宗教局、民政局、人事局、勞動和社會保障局、國土資源局、農業局、畜牧局、林業局、水利局、財政局、科學技術局、教育局、衛生局、公安局、司法局、審計局、統計局、人口與計劃生育局。
縣政府單設機構鄉鎮企業局、農牧辦公室、文化體育局、糧食局、物價局、旅遊局、廣播電影電視局、地震局、農牧業機械局、檔案局、交通局、安全生產監督管理局、環境保護局、信訪局（縣委、縣政府共管）
上級直屬部門和縣政府雙重管轄的部門國家稅務局、地方稅務局、工商行政管理局、電信局、郵政局、質量監督局。
二、基層人民政府
1950年，自治區下轄10個鄉政府；1952年轄6個區、30個鄉政府；1955年轄6個區、34個鄉政府；1956年轄6個區、40個鄉政府；1957年轄6個區、39個鄉政府、1個鎮政府；1958年轄17個公社管理委員會、20個牧場；1959年轄11個公社管理委員會、17個牧場；1962年轄7個區、48個公社管理委員會、12個牧場；1966年轄30個公社管理委員會、10人牧場；1968年轄14個公計革命委員會、10個牧場革命委員會。1個鎮革命委員會；1976年轄12個公社革命委員會、10個牧場革命委員會、1個鎮革命委員會；1981年轄14個公社革命委員會、11個牧場革命委員會；1983年轄7個區、45個鄉政府、1個鎮政府；1985年轄5個鎮政府、17個鄉政府；2002年轄8個鎮政府、14個鄉政府；2004年轄8個鎮政府、11個鄉政府。