東林黨突然被抓了六個激進派，第二天一群東林黨頓時嘩然，就在這個時候，朱由校昭告天下的聖旨也出來了。
聖旨中澄清了李選侍虐待儲君，甚至是害死皇帝生母王才人一事，並痛斥楊漣等人欺天子年幼，擅自幹涉帝王家事，妄圖操縱天子。同時下詔封李選侍為康太妃，正式執掌慈慶宮。畢竟是便宜老子最心愛的女人，駕崩前都明確交代大臣們要給她封皇妃的，就算是封了皇太妃，也無法威脅朱由校的地位。
群臣看到這道聖旨，又是一陣騷動。
朱由校盡管是東林黨推上皇位的，但朱由校本身就是皇太子，所以身份是合法的。他此時自然可以跳出來清算東林黨。曆史上天啟皇帝清算東林黨的時候深居簡出，顯然不是因為不能公然清算東林黨，很可能是被下了毒。
齊楚浙黨則是神色興奮，皇帝對東林黨下手，對他們自然是最有利的。不過齊楚浙黨相比東林黨來說，要鬆散得多，這也是齊楚浙黨為什麼在朝堂上如果沒有皇帝支持，就爭不過東林黨的原因。
楊漣等人被逮捕，向東林黨開戰的第一槍已經打響了。錦衣衛和東廠奔赴各省，迅速將楊漣等人的家人全部逮捕，並查抄了資產。
一番查抄下來，資產查抄了將近十萬兩白銀，各種來曆不明的資產，楊漣這些家夥，底子全都不幹淨，否則靠那點俸祿怎麼過日子啊？
朱由校隨即讓人在皇家軍工廠邊上建了一個新監獄，然後將楊漣這些罪臣送入監獄，進行‘勞動改造’，也包括他們的家人，一律打上刺青，穿上囚服，每天在看管之下，到皇家軍工廠做苦力活。
監獄暫時還比較簡陋，不過已經在大興土木了，用不了多久一個設施完備的新監獄就能建設出來。
朱由校親自前往監獄巡視了一次，聖鬥士楊漣一看到朱由校，馬上指著鼻子大罵：“昏君，昏君啊！”
“哈哈！”朱由校暢快的大笑一聲，對楊漣問道：“愛卿，你是不是很氣啊？”
聽到朱由校這句話，楊漣差點氣得吐血。自從被逮捕之後，他們先是被關押在了東廠大牢內，然而東廠特務對他們根本就是審都不審，讓他們連辯駁的機會都沒有。很快一群家小也進來作伴了，讓楊漣等人大吃一驚。
不僅自家的進來了，連他們的兄弟家小都被抓了進來。
這些親屬見到楊漣等人，不是哭得昏天地暗，就是大罵他們得罪了皇帝，以至於連累親族。
最慘的當屬左光鬥，他的一個叔伯侄子被抓進來後，當場和左光鬥撕逼，把左光鬥摁在地上胖揍了一頓，被打得鼻青臉腫的左光鬥，身體倒是無恙。朱由校見到左光鬥鼻青臉腫的模樣，隨即吩咐道：“來人，去請個禦醫來給他看看，再給他安排個獨立牢房，別被打死了。”
“陛下真是宅心仁厚啊！”李進忠拍了個馬屁。
朱由校巡視了一圈，又把監獄看管製度修改了一番。這些罪臣的家小，上了年紀的就好好養著，不用參與勞動。其他的貶為官奴，安排去做苦力，從他們身上壓榨人口紅利，製度上一定程度參考了宋代的模式。
楊漣等人的家屬遭到連坐，也引起了朝中巨大的議論。很快奏章就如同雨點一般送到了司禮監。
自從王安被朱由校查抄問罪之後，朱由校從內書堂提拔了兩個文采不錯的太監，一個當司禮監掌印，一個當司禮監秉筆。李進忠則專心負責東廠事務。
此時的司禮監，基本上已經沒有什麼權力了，僅限於幫皇帝處理奏折、草擬聖旨之類的。對宮內已經失去了管理權，同時也不再管理皇莊、皇店。雖然看上去處理奏折、草擬聖旨權力很大，實際上並沒有什麼權力。