澎湖，此時已經被荷蘭人攻占，荷蘭人開始在風櫃尾築城。荷蘭人用火槍，逼迫著大批島上的中國百姓，在這裏挖掘土石。
東印度公司在巴達維亞的分部，命令他們不要把城建得很大，以免對公司財務造成太大得影響。因此對於這座城堡的磚石、石灰等材料的供應非常消極。因此大部分建材都是就地取材，通過挖掘現場土石堆成，再用草皮黏固。雖然有些部分是敲鑿山上的岩石而成，但整體結構仍相當脆弱;加上澎湖多風雨，城牆經常倒塌，不斷填土、用木板固定，仍然無濟於事。這座位於風櫃尾的“紅毛城”可以說相當簡陋。
福建巡撫商周祚聽聞荷蘭人占據澎湖，立即要求荷蘭人先退出澎湖，再談通商的事情。
不過帶隊的荷蘭人‘雷爾生’卻是堅持占據澎湖。
原本商周祚的意思是，讓荷蘭人退往台灣大員，再談貿易的事情。不過商周祚沒有想到的是，沒過多久，京城就來了聖旨。天子在聖旨中要求他，立即在沿海戒嚴，禁止讓荷蘭人獲得任何補給。同時要求商周祚配合準備登萊水師的補給。
“登萊水師？想不到聖上竟然插手此事。而且還把登萊水師給派來了，看來對付這些紅毛是問題不大了。”巡撫衙門內，商周祚接了聖旨之後，知道這事情沒他什麼事了，接下來去準備登萊水師的補給品就行了。
登萊水師自從打敗了建奴水師後，倒是名聲在外。
天啟二年十月二十三，登萊水師自北南下，來到了福州馬尾港，兵力達到三千，戰船兩百餘艘。
隨即登萊水師向荷蘭人發出了最後通牒，要求荷蘭人在五天之內，全體撤出澎湖。
澎湖島上，荷蘭艦隊司令官雷爾生接到這個最後通牒之後，輕蔑的笑了起來，打發走了使者後，完全不為所動。
“他們既然要進攻我們，那就讓他們來吧！希望李的建議會有用。”雷爾生毫不在意的說道。副官說道：“李是明國人，他最明白他們國家的環境。隻要我們能給他們的地方政府帶來足夠的麻煩，他們會讓步與我們通商的。”
顯然荷蘭人占據澎湖，是醉翁之意不在酒，為的隻是通商。然而這樣的主意，是誰給荷蘭人出的呢？自然就是此時壟斷中國和日本海洋貿易的大海盜李旦了。
李旦在日本貿易的時候，同樣與荷蘭人建立了貿易關係。
荷蘭人要和大明貿易，但是官府卻是不讓。李旦就給荷蘭人出了個主意，那就是給地方政府造成麻煩。隻要事情鬧得足夠大，以官府一切求穩的尿性，最後肯定會選擇息事寧人。
澎湖在地理位置上是不錯，很合適用來控製台灣海峽。不過澎湖沒有天然良港，這裏風大得很，並不合適大型商船得貨物裝卸、轉運。所以一開始，巴達維亞才會要求雷爾生不要把城建得太大，免得浪費錢。
隻不過雷爾生不知道，這次他們玩大發了。正在關注著澎湖局勢的打海盜李旦，同樣也不知道，這次他要玩脫了。
孫義國帶著登萊水師三千多名官兵來到福州後，補充了物資之後隻稍作休整了兩日，然後便揚帆出航，直奔澎湖而去。