洪武二十五年，皇太子朱標病逝，朱元璋不得不重新考慮皇位的繼承問題。他曾想到了皇四子朱棣，因為朱棣跟他形神俱像，也極有才幹。但向群臣谘詢的時候，大臣劉三吾提出，如立皇四子，那麼將置皇二、三子於何處？當時朱元璋已經分封諸王，而且皇二、三、四子分別被封為了秦、晉、燕王，三人都手握重兵，如果由於爭儲而發生內訌，那將遺患無窮。況且，朱棣是庶出（後來雖然朱棣登基後自稱是馬皇後所生，但這種說法顯然難以令人信服），立之則有違古製，天下人不服。因此，朱元璋欲立朱棣的想法隻好作罷。明朝以儒教立國，而儒家思想中的繼承原則就是嫡長子繼承製。太子朱標為皇後馬桂英所生，而朱標英年早逝，朱標的嫡長子也夭亡，因此朱標的次子朱允炆理所當然地被朱元璋立為皇位繼承人。但是，朱元璋聰明一世，糊塗一時，他臨死前雖曾囑托：皇太孫懦弱，望各位卿家扶持。但靖難之變，或是他始料未及的。
2.叔篡侄位為哪般
太祖朱元璋在位之時，為屏藩帝室，將諸子分封為王，鎮守要害之地。鎮守北方邊塞的諸王因參與對蒙古的用兵，有權節製諸軍，勢力漸強。
及朱允炆即帝位，諸王尾大不掉，即與齊泰、黃子澄密議削藩，先後削廢周、齊、湘、代、岷五王，剪除燕王手足，形成對燕王朱棣的壓迫之勢。
朱棣素有大誌，本就不滿在一個毛頭小夥子手下做一個藩王，早就在暗中秣馬厲兵，以待時變。這時建文帝要奪他的權，他自然不甘坐以待斃，便於建文元年（1399年），以“清君側之惡”為名於北平（今北京）起兵，號稱“靖難”。朱元璋當國時，恐奸臣篡權，規定藩王有舉兵清君側，鏟除奸佞的權利，他在《皇明祖訓》中說：“朝無正臣，內有奸逆，必舉兵誅討，以清君側。”朱元璋立孫不立子，已埋下禍根，又留下這條祖訓，結果給了朱棣一個“名正言順”的出兵理由。不過，朱棣醉翁之意不在“靖難”，而在奪位。
朱棣起兵不久，即掃平了北平的外圍，排除了後顧之憂。建文四年（1402年）六月，大軍渡江，下鎮江，直逼京師，守軍迎降。是年，朱棣在群臣的擁戴下即皇帝位，是為明成祖，年號永樂。
朱棣起兵篡位，興“不義之兵”，為天下人所指，且據北平一隅之地，勢小力弱；而建文帝傾全國之力，又占盡道義上的優勢，卻為何屢敗於朱棣，四年時間即丟了江山呢？這其中自然與建文帝寬仁懦弱的性格有關，但他的祖父朱元璋也“難辭其咎”。
朱元璋開國之後，無論是同起草莽、忠心耿耿的元勳，還是計定乾坤、輔國佐君的良臣，或是能站善戰、勇冠天下的悍將，都被他一一除盡。因此，當靖難之役發生後，建文帝身邊竟無一可用之人。這是朱元璋未曾預料的，而讓他更沒想到的應該是，他機關算盡，預防一切外人，卻唯獨沒有想到會禍起蕭牆，自己精心打造的拱衛帝室的王牌，結果卻成了終結自己欽定的接班人的銳器。
3.建文帝生死之謎
就在朱棣攻入南京時，皇宮一片火海，建文帝下落不明。燒死？密道遁逃？山野為僧？——這個皇帝的生死，成了600多年懸而未決的“明朝第一謎案”。
第一，自焚說。
《太宗實錄》中記載，燕王進入金川門後，建文帝下令焚宮，攜皇後馬氏跳入火中自焚，妃嬪侍從等，大都亦隨其蹈火而死。燕王朱棣入宮後，清宮三日，搜查建文帝下落。宮中內侍都說建文帝已自焚，並從火堆裏扒出一具焦屍證明之。後朱棣以“天子禮葬建文皇帝”，遣官致祭，輟朝三日。
第二，出亡說。
《太宗實錄》中自焚說的可靠性為人們所懷疑，因為朱棣就曾經三改《太祖實錄》，目的就是要美化自己，為自己的篡位尋找冠冕堂皇的理由。由於永樂一朝政治高壓、文網嚴密，所以建文帝出亡之事並沒有留下記載。但是，天順、正德朝之後，關於建文帝出亡說的史料開始多了起來。關於建文帝出亡一事，穀應泰《明史紀事本末》中的記載最具有代表性。他認為建文帝並未自焚，而是在大臣的保護下由密道逃出南京，出家為僧。
《明史》中也說，朱棣不知建文帝生死，故派鄭和下西洋“欲尋蹤跡”。不過，朱棣為了不留下“殺侄奪位”的惡名，故弄玄虛，留下曆史疑案，也未可知。
那麼建文帝的真正下落和結局到底怎樣，至今仍沒有定論，隻能說“下落不明”，正如《明史·恭閔帝本紀》中所述：“宮中火起，帝不知所終。”
從南京到北京
1.短命都城——朱元璋的猶疑
1368年，朱元璋在應天（今南京）稱帝後，遂開始考慮定都事宜。朱元璋起於南方，在很長一段時間裏，他一直將南京作為自己博弈天下的根據地，因此朱元璋首先將目光投在了南京。但是，定都南京存在著諸多不利因素：其一是有人認為此地風水不好，曆史上建都南京的朝代都是短命王朝，因此有人說南京是短命都城；其二是南京偏於江南，一旦北方燃起戰事，鞭長莫及。但是，大明帝國為什麼還是定都南京呢？