1912年2月12日清帝退位後，孫中山辭去臨時大總統。2月14日參議院選舉袁世凱為大總統，同日南京的臨時國會以20票對8票通過了以北京為首都的決議。首都定在袁世凱的大本營北京，那麼袁世凱就可以完全不受革命黨的製約，於是孫中山致電在北京的各省代表，讓他們重新投票，最終議員們以19票對8票（1票棄權）決議以南京為首都。
主流史學家說袁世凱為了留在北京，讓部下在北京搞兵變，把局勢搞亂，顯得一旦袁世凱離開北京局勢就無法收拾，從而袁世凱在北京執政。那麼真相是這樣嗎？事件親曆者張國淦在《北洋述聞》說：“徐世昌說兵變是袁世凱之子袁克定搞的，他想劫持溥儀，逼袁世凱稱帝，自己好做太子。”袁靜雪說：“事後聽說這次兵變的把戲，是我大哥串通第3鎮統製曹錕搞起來的。我父親事先並不知道。但是，不管怎樣，我父親終於在南京政府的妥協下，在北京宣誓就職。”這才是真相。
兵變發生後，列強發出了更為強力的聲音，堅決反對遷都南京，並聯合提交了一份備忘錄，指出反對中國政府遷都南京的意向。南京臨時政府和孫中山不怕袁世凱，但很怕列強的幹涉。
得知列強已經派數千武裝士兵在北京大街上“巡邏”，又見北洋係將領皆通電拒絕接受南京為首都，加上內部同誌蔡元培等人的“遷就”勸說，孫中山隻得認可袁世凱在北京就職的事實。1912年3月6日，南京參議院通過了《統一政府組織法》6條，允許袁世凱在北京任職。
3月10日袁世凱在北京就任臨時大總統。袁世凱發表就職演說，提出重視農工商，重視教育，提倡法律與道德並進等思想。袁世凱領導下的中華民國從此踏上了征程。赫連勃勃大王說：“開始踏上征程的中華民國，秉誠而論，袁世凱不是最初的設計者，也不是真正的共和主義者，但也不能把他說成是‘勝利果實的篡奪者和惟一受惠者’。袁世凱以出色的政治天才和高超的政治手腕，避免了清朝滅亡之時可能帶來的分裂，促成了國家的統一，作出了旁人所不能的巨大貢獻。所以，僅僅認為袁世凱當國完全憑借陰謀、不道德行為以及簡單的欺騙手段，這種看法根本站不住腳。他之所以能成為大總統，當時是眾望所歸，而且屬於‘民選’的意義（參議院選舉產生），從政治形式上，幾乎無可挑剔。”
當然袁世凱在就職後還是有私心的，北洋與孫中山同盟會聯合執政，10個部長中表麵上看隻有3個是袁世凱的人，但這三人是陸軍總長段祺瑞、海軍總長劉冠雄、內務總長趙秉鈞，都是實權派，而同盟會雖占5個席位（有2個是其他黨派），但這5個是交通部、教育部、農林部、工商部、司法部，都是虛的。自然袁世凱不可能完全把實權拱手給別人。
無論袁世凱當總統前還是當總統後，但凡和袁世凱接觸過的人，沒有一個不對他抱著恐懼的心理。可以說，袁世凱是有著不怒而威的神態的，兩道目光尤其逼人，這大概是人們對他心懷恐懼的原因吧！
袁世凱重視國民教育，他說：“凡國之盛衰強弱，視民德、民智、民力之進退維衡，而欲此三者程度日增，則必注重於國民教育。”他還推出一個試驗計劃，用拉丁字母拚寫漢字，對文盲進行識字教育，他是漢語拚音的鼻祖。他對教授和知識分子十分尊重，人民生活基本安康，輿論自由，反袁言論在報紙上照樣發表。
七、袁大總統
1912年，處在大變局中的袁世凱清楚地知道，這次改朝換代與曆史上所有改朝換代都不一樣，這不單是重打鑼鼓另開張的問題，而是這個國家進入了一種沒有現成經驗的局麵。袁世凱不禁要問：共和製在有兩千年封建專製曆史的中國真的能行得通嗎？
1912年10月袁世凱與孫中山見麵，在歡迎宴會上袁世凱說：“民國初建，時事尚不如人意，世凱德薄才鮮，望先生教我。”孫中山說：“凡共和之事，文當竭盡全力。”袁世凱請孫中山留在北京，孫中山說自己更願做一個普通公民。袁世凱挽留未果，遂問孫中山如何治國。孫中山說：“國家要富強，要有一個清明的政治，安定的社會，使人民安居樂業，各項事業才能進行。我國農村遼闊，農民極多，要使耕者有其田，使其安心農作，物產才能豐登。同時要發展實業以厚民生，欲發展實業當以修鐵路、發展交通為首要，使地能盡其利，貨能暢其流，則不愁國家不富強。”袁世凱點頭稱是。
幾天後一次私下談話中孫中山說：“袁公，您連任總統，我擔保十年不變。”袁世凱：“孫先生這不是越談越遠嗎？我隻能勉強維持到國會選舉新總統那天，到時我請求你放我回老家，做個太平盛世的老百姓。”事後，孫中山接受記者采訪時說：“我最崇拜袁總統，依我所見，現在時局各方麵都要應付，袁公經驗豐富，足以當此困境，且袁公以練兵出名，假以時日，軍事必有可觀。”“袁世凱真能辦事，氣度不凡，雖然習慣用權術，但也是迫於時勢，不得不這樣。”這次孫袁會見後黃興說：“袁世凱是英雄，應該當國民黨主席。”
孫中山、袁世凱，後來的一係列事件讓這兩位民國偉人被曆史視為一對不共戴天的仇敵，但現在，他們二人卻都對對方以誠相待，他們都盼望中國能強大，也都希望中國走共和道路能成功，也都正在為把中國建設好而努力。毫無疑問，二人的政治合作沒持續多久，但正因如此，這短暫的契合是值得珍視的。
此時袁世凱、黃興、孫中山共同提出一係列利國利民的改革措施，黃興還請袁世凱加入國民黨，袁世凱說：“加入政黨誠然不錯，但現在還不是時候。”但袁世凱讓國務總理趙秉鈞加入了國民黨。
很快，每個對他們的合作感到興高采烈的人都感到失望，蜜月期結束了，或者說蜜月期沒開始，鬥爭便開始了。人們發現把孫中山和袁世凱這兩個完全不一樣的人硬生生綁在一起太難了，他們就像兩隻刺蝟一樣，很難靠近，雖然也曾為暫時的坦誠所感動，但他們之間的差異太大了。袁世凱代表的是中國傳統精英政治，孫中山代表的是西方國家民主政治；袁世凱提倡中庸，孫中山鼓吹革命；袁世凱執政靠的是代表地主階級利益的北洋軍閥，孫中山從政靠的是代表資產階級利益的革命黨人；袁世凱更願意從民族複興的角度來使中國強大，孫中山更願意從民主自由的角度來使中國共和。二人的主義、理想、性格、背景截然不同，於是兩人的決裂不可避免，隻是需要一個導火索。
1913年4月，中華民國首先為巴西和秘魯所承認，這終於結束了民國成立一年來不被一個國家承認的尷尬局麵。同年5月，美國承認中華民國，隨後各國紛紛承認民國。
同年袁世凱建立中國近代司法製度，他以刑法、民法、國際公法、行政法、經濟學、財政學作為考司法公務員的科目，很具有現代意識。
春節在中國曆史悠久，而現行春節卻由袁世凱發起，1913年袁世凱批準正月初一為春節，並同意春節放假。
建設的時代本該開始了，但舊東西全毀了，新東西不成熟，廣大農村是魯迅先生筆下的一片愚昧情景，城市則是“朱門酒肉臭，路有凍死骨”，同在一片屋簷下，貧富差距懸殊。整個社會動蕩不安，隻剩下那些“自由平等博愛”的字眼。孫中山似乎也沒去修鐵路，美國人端納寫信給他的朋友說：“（二次革命前）孫中山和黃興關在租界的一所房子裏，每天策劃推翻袁世凱的陰謀。”
八、宋教仁遇刺案
袁世凱辦的實事大家都看見了，可宋教仁說：“袁世凱自掘墳墓，自取滅亡，袁世凱的惡政府一定要被鏟除，然後依法重新選總統。”
宋教仁又是怎樣的一個人呢？
宋教仁（1882—1913），字遁初，湖南桃源人，與孫中山、黃興同為國民黨三元首，還是中華民國初期第一位倡導內閣製的政治家。他在25歲之時，便為中國領土的完整做出過傑出貢獻。1907年，日本密謀侵吞中國東北領土，利用報刊大造輿論，硬說中國長白山東南與朝鮮相鄰的間島是朝鮮的屬地。朝鮮當時實際上已被日本控製，如此說等同意味著間島要歸日本。宋教仁通過在間島進行實地考察，及在漢城圖書館和日本帝國大學圖書館翻閱大量文獻圖籍，縝密考證，寫成《間島問題》一書，論證了間島地區自古就屬於中國，揭露了日本的侵略野心。日本當局曾許以巨款購買該書版權，以防清政府以此為據而使其野心落空，但宋教仁以民族大義為重，將有關資料提供給了清政府。清政府因有宋教仁的書稿，事實俱在，最終使得日本侵占間島的陰謀未能得逞。此事可謂是“一本書捍衛一塊國土”。慈禧也曾因此事想讓宋教仁做官，宋教仁說：“吾本革命黨人，烏能為清政府官，但能為祖國盡力者，生死以之，不願為官也。”
間島事件四年後，即1911年春，黃興準備在廣州發動黃花崗起義，電邀在上海辦《民立報》、時年29歲的宋教仁來參加，於右任說：“太危險了，真不希望看到您去冒險。”宋教仁說：“沒什麼可怕的，事成，為四萬萬同胞謀幸福；不成，無非掉了我一顆腦袋而已。”
4月27日，宋教仁乘船前往廣州準備參加黃花崗起義。他到達時已是第二天的淩晨，黃花崗起義已經失敗。廣州城門緊閉，清兵正在碼頭嚴加盤查。宋教仁一看，起義都失敗了我還去幹嗎，於是回到上海繼續擔任《民立報》主筆。
9月，湖北的革命黨準備發動武昌起義。當時革命黨前三名中孫中山在美國，黃興在香港，隻有宋教仁在上海，相對而言來湖北最方便。於是湖北革命黨人派代表來上海，請宋教仁前去武漢領導起義。宋教仁大喜，立即收拾行裝準備動身。可就在這時，武昌獄中的革命黨人胡瑛派人給宋教仁發來密信，說湖北形勢極為險惡，近期恐怕不能發難。
宋教仁又猶豫了，此時已是10月8日，宋教仁以於右任不在上海，《民立報》無人負責為由，留在上海觀望。10月10日，武昌起義爆發。由於革命黨前三名都不在，便宜了黎元洪當革命領袖。宋教仁得知此事後跌足長歎。
武漢用不著自己了，那就去南京，南京離上海也近，於是11月10日宋教仁同他的日本友人北一輝（日本法西斯鼻祖，東條英機之思想源於此人）一起乘坐小船去南京，他要在長江下遊地區打開新局麵，建立一個由革命黨人控製的中央政權。
可是，11月14日，宋教仁到達南京城下，老遠就見城門上黃龍旗隨風搖擺，漫山遍野都是清兵，原來張勳正在城裏大肆搜捕革命黨，凡是剪了辮子的青年一律捉去殺掉，於是宋教仁又回到了上海。
12月2日，革命黨攻克南京，擊敗了張勳，宋教仁開始著手實現自己的計劃。按照宋教仁的設想，中華民國應該定都南京，由黃興任臨時大總統，黎元洪掌管軍事，自己負責行政。
沒想到，12月25日，孫中山回來了。北一輝勸宋教仁擁護孫中山，宋大怒：“黃興的優柔寡斷誤了事，孫中山的空想再來誤事的話，革命怎麼辦呢？我有兵力，決不允許孫派的人踏進城門一步！”北一輝好說歹說，宋教仁才勉強同意去參加同盟會歡迎孫中山的宴會。
在上海，同盟會高層開會。宋教仁同意推舉孫中山為臨時大總統，但在政權組織形式上，孫中山主張實行美國式的總統製，宋教仁堅持要實行法國式的責任內閣製。最後大家取了個折中的方案：孫中山當臨時大總統，黃興當內閣總理，宋教仁當內務總長。
不料到了南京，這個方案又被否決了。1912年1月1日，孫中山就職，宣告中華民國成立。1月3日，在各省都督府代表會議上，宋教仁的提名被取消，改由程德全擔任內務總長。直到1月15日，孫中山才任命宋教仁擔任總統府法製院總裁。
1912年初，革命黨內部有人還是不願跟袁世凱議和，馬君武提議以迎接袁世凱南下就任總統為名帶兵北上跟北洋軍開戰。這無異於送死，宋教仁當然很明智，他反對這個提議，結果被馬君武一巴掌打得左眼流血。馬君武大罵宋教仁是給袁世凱當說客，想出賣南京。
1912年8月，宋教仁將同盟會改組為國民黨，在北京虎坊橋湖廣會館召開成立大會。宣讀新黨章時，其中一條規定國民黨不吸收女黨員。這激怒了同盟會第一個女會員唐群英，她衝上主席台，揪住宋教仁就是一記耳光。
1913年3月22日，宋教仁在上海準備乘車到北京，在火車站遇刺，很快，凶手武士英和指使武士英的應桂馨被緝拿歸案。武士英承認自己是受應桂馨指示殺的宋教仁。隨後在搜查應桂馨的家時發現了國務總理趙秉鈞的秘書洪述祖給應桂馨的電報，上書：“毀宋（宋教仁）酬勳，相度機宜，妥籌辦理。”由此，矛頭指向了袁世凱的手下趙秉鈞。武士英被捕一周後，他翻供說此事非應桂馨指派，且是為北京政府除害。幾天後，武士英在吃了應桂馨的朋友送的饅頭後，暴斃於監獄中。事情一下子就大了，誰都看得出來，這是在殺人滅口。
趙秉鈞是袁世凱心腹，宋教仁堅持責任內閣的構想，已經威脅到了袁世凱，因此最終的幕後主使定是袁世凱，孫中山、黃興是這一觀點的堅定支持者。黃興寫了副對聯：“前年殺吳祿貞，去年殺張振武，今年又殺宋教仁；你說是應桂馨，他說是洪述祖，我說就是袁世凱。”上海《真相畫報》刊登殺害宋教仁真凶照片，從左至右，武士英、應桂馨、洪述祖、趙秉鈞、袁世凱，袁世凱由此成了殺宋教仁的元凶。因此孫中山於1913年7月9日發動了二次革命，討伐袁世凱。9月，二次革命失敗。1914年2月26日，趙秉鈞死亡。由於趙秉鈞是袁世凱的親信，是宋教仁遇刺案的主謀，於是時人皆稱趙秉鈞是被袁世凱害死的，是袁世凱在送給趙秉鈞的新疆葡萄裏注射了毒藥，是袁世凱殺人滅口。以上就是宋教仁遇刺案的全過程。
那麼到底是誰殺了宋教仁呢？
說袁世凱是殺宋教仁的元凶，沒有任何過硬的證據，不能因為趙秉鈞是袁世凱的人，就說是袁世凱下令殺的宋教仁。殺宋教仁的武士英是應桂馨的人，應桂馨是洪述祖的人，洪述祖是趙秉鈞的人，趙秉鈞是袁世凱的人，因此袁世凱就是殺宋教仁的元凶，這種“等式的傳遞性”在法律上是站不住腳的。
而趙秉鈞確實對宋教仁的死有不可推卸的責任。趙秉鈞一方麵聽不慣宋教仁的言論，一方麵要保住自己總理職位（宋教仁要競選總理），於是就要收拾宋教仁。他的秘書洪述祖的電報中說：“毀宋（宋教仁）酬勳，相度機宜，妥籌辦理。”雖然趙秉鈞想“毀宋”，也不能證明袁世凱知悉此事，宋教仁遇刺後，袁世凱一方麵高度讚賞了宋教仁的功績，另一方麵電令江蘇都督程德全全力緝凶，三日後，應桂馨和武士英落網，證明了這不是道假命令。有人認為那麼短的時間就抓獲歹徒，並非袁世凱本意，隻不過地處南方勢力範圍，袁世凱鞭長莫及。那袁世凱怎麼會在自己鞭長莫及的地方下手呢？宋教仁是準備乘車北上去北京的，如果袁世凱真想殺宋，何不在自己一手遮天的北京下手呢？
殺宋教仁對袁世凱益處大嗎？宋教仁死了，國民黨還有頭號和二號人物孫中山和黃興，即使他們二人真的不從政了，還有曾和宋教仁同時入選了首任內閣名單的四號人物陳其美呢，國民黨既然已經在國會選舉中勝出，殺掉一個宋教仁又有什麼用呢？
至於殺人滅口，在此情況下，你越滅口，就越說明有問題，就越說不清。袁世凱沒那麼笨，就算袁世凱想滅口，他也沒這能力，武士英在上海的監獄裏，上海的監獄在國民黨控製下。而且事實上，趙秉鈞是在宋教仁死後11個月才死的，這個時候孫中山的“二次革命”都被平定半年了，再滅口有必要嗎？至於趙秉鈞中毒而死的說法，係國民黨編造出來的，無根據。據《大公報》記載，趙秉鈞突然死亡，更偏向一種突發的急症。
綜上，宋教仁之死應與袁世凱無關，是趙秉鈞幹的。但無論如何，正因宋教仁之死，孫中山、黃興與袁世凱決裂，他們都認定就是袁世凱幹的，黃興主張暗殺袁世凱，孫中山說：“所能解決者隻有武力，遣將調兵，行動迅速，出其不意，攻其不備，以迅雷不及掩耳之勢先發製人。”但黃興不同意，兩人爭論了幾天，袁世凱已得知孫中山的密謀，他在1913年5月21日說：“現在我看透了，孫文、黃興除搗亂外沒別的本事，左是搗亂，右是搗亂。他們要敢另立政府，我即刻派兵討伐。”
7月9日孫中山另立政府，開始“二次革命”，於是北洋軍發表通電：“要知四萬萬同胞為求幸福而革命，非為擁戴一二偉人而革命。我軍人為保衛四萬萬同胞而讚成共和，非為推戴一二偉人而讚成共和……亂天下者，與天下共擊之。我輩軍人向不入黨，隻知有國，不知有黨……如有傾覆政府，破壞共和之人，我軍人枕戈而待，不敢言勞。”