林肯的當選，對於南部奴隸主的刺激是巨大的，在他們中引起了極大的不滿和恐懼。在分離分子眼中，這是分裂聯邦的時機。於是南卡羅萊納州首先“發難”，1860年12月20日，南卡羅萊納宣布脫離聯邦。次年1月，密西西比、佛羅裏達、亞拉巴馬、佐治亞、路易斯安那等州先後通過了脫離法令。2月，得克薩斯州宣布退出聯邦。2月4日，由南卡羅萊納州牽頭，佐治亞、亞拉巴馬、密西西比、路易斯安那、佛羅裏達和南卡羅萊納六州的代表，在亞拉巴馬州的蒙哥馬利市集會。8日，宣布成立“美利堅諸州同盟”，簡稱“南部同盟”。次日，這些州的42名代表推舉傑斐遜·戴維斯為南部同盟的臨時總統，亞曆山大·斯蒂芬斯為副總統，並通過了一部臨時憲法。
南部七州的分離行徑，在北部引起的反應是複雜的。共和黨激進派堅決主張對南部的叛亂行徑進行嚴厲鎮壓。1861年1月29日，激進派代表人物撒迪厄斯·史蒂文斯在眾議院嚴正指出，南部諸州的分離是叛國行動，應當嚴懲不貸。北部自由黑人領袖弗雷德裏克·道格拉斯呼籲：“現在已經到了必須用劍、步槍、火藥和彈丸去堅決粉碎奴隸主叛亂的時候了，舍此不能保全聯邦。”但是北部民主黨人對叛亂卻抱有同情態度，威廉·加裏森、溫德爾·菲裏普斯等廢奴主義者甚至認為，隻要讓南部脫離就可以解決奴隸製問題。
在這種複雜形勢下，1861年3月4日，林肯宣誓就職。在就職演說中他闡述了自己對局勢的觀點和政策。林肯認為：“從一般法律和憲法的角度來看，各州組成的聯邦是永久性的。”“任何一個州都不能單憑自己的動議合法地退出聯邦；任何為此通過的決議和法令在法律上都是無效的。”在演說的結尾，他呼籲南部分離分子不要發動內戰，他說：“就自然條件來說，我們是不能分離的。我們既不能把各個區域各自搬開，也不能在它們之間築起一堵不可逾越的城牆。”
就在宣誓就職的同一天，林肯收到了薩姆特要塞聯邦駐軍司令羅伯特·安德森少校送來的求援信，要塞於3日被南方軍隊包圍。林肯迅速召開了內閣會議，但是7名成員中竟有5名反對救援要塞。同時南部叛亂分子也不斷向林肯施壓。在這樣的情形下，林肯毅然做出決斷，下令解救薩姆特要塞。這一消息很快傳到蒙哥馬利，南部聯盟總統傑弗遜·戴維斯召開“內閣”會議，下令進攻薩姆特要塞。4月12日南部軍隊開始炮擊要塞，曆時四年的美國內戰爆發。
1862年革命立法
隨著內戰的不斷深入和北部的初期失利，為了扭轉戰局，聯邦政府在1862年相繼通過了一係列法案。2月25日，眾議院通過了禁止使用軍隊捕捉及引渡逃亡奴隸的法案。3月10日，參議院通過這項法案。4月16日，國會通過在哥倫比亞特區禁止黑人奴隸製的法案。這個法案規定由政府以每人300美元的價格贖買所有奴隸，然後給以自由。
5月20日，林肯簽署了著名的《宅地法》。該法案規定：凡身為家長或年滿21歲的美國公民，或決定依照美國入籍法的規定填寫誌願入籍聲明書，同時未曾持械反抗美國政府的人，自1863年1月1日起，隻需交納10美元登記費，即可領得100英畝國有土地；在此土地上耕種5年後，即可領取土地執照而成為所有者。《宅地法》是1862年立法中最具有進步意義的，它的頒布堵塞了奴隸製向西擴張的道路，爭取到西部人民對北部的廣泛支持，有利於聯邦軍隊在西部戰場轉入反攻。
《解放宣言》
隨著內戰形勢的變化，1862年3月，林肯提出了逐步有償解放奴隸的方針。1862年6月，林肯明確表示，解決奴隸製問題的“時刻來到了，它使我感到奴隸製必須死亡，以便國家能夠生存”。7月，林肯公開宣稱將發表《解放宣言》。由於半島戰役的失利，林肯的這一設想被迫放棄。9月，隨著安提塔姆戰役勝利的消息傳來，林肯獲得了發布《解放宣言》的機會。9月22日，林肯在內閣會議上宣讀了《初步解放宣言》草稿。9月24日，《初步解放宣言》公布於世。