在元老院，執政官馬塞盧斯散布愷撒正向羅馬進軍的謠言，提議宣布愷撒為公敵。當愷撒的親信庫裏奧駁斥這一謠言時，馬塞盧斯大聲呼喊：“既然元老院的表決阻止了我采取步驟來保衛公共安全的話，我決定以執政官的資格來采取這些步驟。”說完此話，他便衝出元老院，和他的同僚直奔郊外謁見龐培，向龐培授劍：“我和我的同僚命令你代表你的國家進軍去抵抗愷撒。”龐培裝作公平的樣子，答允服從命令，但補充說：“如果我們沒有別的更好辦法的話。”保民官庫裏奧在羅馬城外沒有權力（保民官不許離城），但他對此事公開表示遺憾，要求執政官發表公告——任何人可以不服從龐培的征召，但是他的保民官任期將滿，已經做不出什麼事情來了。因此，庫裏奧匆忙地離開羅馬，跑到愷撒那裏去了。
愷撒這時已經帶著5000步兵和300騎兵越過阿爾卑斯山，到了拉文那（位於當時意大利的邊界，是他統轄行省離意大利最近的一個城市）。他歡迎庫裏奧，庫裏奧勸他把全部軍隊召集起來進軍羅馬，愷撒仔細研究了局勢認為最好還是議和，於是派人去羅馬提出他的條件：他將放棄山北高盧和8個軍團，隻保留兩個軍團和伊利裏亞以及山南高盧，直至他當選為執政官。龐培對這個條件認為滿意，但被執政官們拒絕了。愷撒又寫了一封信給元老院，讓庫裏奧帶著趕回羅馬。在兩個新選出的執政官於元月1日進入元老院議事廳時遞給他們，信中敘述了愷撒為國所立功勳，建議願和龐培同時放棄兵權。但如果龐培保留兵權的話，他也決不放棄他自己的兵權，而且會很快到來，替他的國家和他自己所受的傷害複仇。
元老們認為這是愷撒的一封挑戰書，保民官安敦尼和喀西約讚成愷撒的建議，元老院因此更加痛恨，宣布龐培的軍隊為羅馬的保衛者，愷撒的軍隊為公敵。執政官命令安敦尼和他的朋友們離開元老院（否則雖然他們是保民官也將被傷害），安敦尼等憤而離去，化裝為奴隸逃到愷撒那裏。愷撒把他們的景況給他的軍隊看，士兵因身有功績又被加上公敵惡名，都忠誠地擁戴愷撒進軍羅馬。
第二次內戰
公元前49年1月8日和9日，元老院正式宣布愷撒為公敵，剝奪其對行省的統治權，同時授權龐培在意大利召集軍隊。此時，正在山南高盧的愷撒采取他慣用的閃電戰，並未等待遠在山北高盧的大軍，帶著五千人迅速先發製人。
愷撒率軍渡過盧比孔河（羅馬法律規定，任何指揮官皆不可帶著軍隊渡過盧比孔河，否則就是背叛羅馬），據說愷撒曾思索良久，最後說到：“朋友們，如果不渡河的話，我會遭遇多種災難；如果渡河的話，所有人都會遭遇多種災難。”最後，他像著了魔一樣，一衝就渡過了河，口中說出一句俗語：“骰子已經擲了，就這樣吧！”
愷撒很快占領了意大利北部的許多城市，在愷撒快攻下，還未做好準備的元老院和龐培一籌莫展，人們都大大後悔當初沒能同意愷撒的建議。大部分元老和龐培匆匆撤離羅馬，在愷撒大軍的追擊下逃至布隆圖辛港，帶著他的軍隊渡海到達巴爾幹。這樣，內戰爆發後兩個月，愷撒未費一兵一卒，便占據了整個意大利。
雖然成了意大利的主人，但是龐培的有生力量還在，他在西班牙還擁有7個軍團，此外他還掌握著東方行省以及共和國的所有海軍。愷撒來到羅馬，並沒有進行屠殺，對政敵也沒有實行“公敵宣告”，使用了他一貫的“仁慈政策”，同時他還對平民進行賑濟。這樣，一部分元老和騎士轉為支持愷撒，廣大平民也不再提心吊膽。之後，愷撒派部將掌控了西西裏和撒丁行省，不久又將意大利和羅馬交給自己的親信安敦尼和雷必達，自己則帶兵前往西班牙同龐培的部將交戰。
愷撒在西班牙的戰事起初並不順利，甚至曾因河水暴漲被敵軍圍困。據說，當敵軍偷襲而被俘虜之後，愷撒用他慣常用以取得敵人好感的辦法，放降卒回歸自己的軍隊。這些降卒回到大營後，將愷撒的“仁慈”廣泛傳論，以致一些軍官認為最好把西班牙讓給愷撒，隻要愷撒同意讓他們安全離開到龐培那裏。佩特列烏斯（西班牙有龐培的三個副將——阿弗拉尼烏斯、佩特列烏斯和瓦羅）反對這個意見，到處搜殺談論愷撒的士兵，他的暴行使士兵們更加傾向於愷撒的仁慈。最後三副將還是不得不與愷撒和談，他們將西班牙交給愷撒，愷撒對他們及其將士未加傷害遣散，之後任命喀西約為西班牙總督。