1998年8月14日、8月19日，朱鎔基總理先後兩次在袁院士遞交的“關於申請總理基金專項支持超級雜交稻選育的報告”上批示：國務院全力支持這個研究。並從總理基金中撥款1000萬元給予支持。
2005年8月13日，在湖南考察的溫家寶總理專程來到湖南雜交水稻研究中心，看望袁隆平院士，了解雜交水稻研究情況。在“中心”試驗基地，溫總理一下車就對袁院士說：“你到我辦公室看過我，今天我到你的試驗田來看你來了。”袁隆平院士向溫總理彙報了我國雜交水稻研究的現狀和展望：超級雜交稻的研究先後於2000年、2004年實現了畝產700公斤、800公斤的第一期、第二期目標，現在正在向第三期畝產900公斤的目標邁進，技術路線是將常規育種與分子技術相結合，利用野生稻的增產基因、稗草的有利基因以及玉米的C4基因等。聽完袁院士的彙報，溫總理高興地說：“袁老師研究的超級稻有重大的科學價值，對於解決中國人養活自己的問題做出了重大的貢獻。他的科學價值，已經走出國門，影響到世界。東南亞國家的領導人和我會麵談到農業合作問題，指名要中國幫助他們發展雜交稻。所以，袁老師做出的貢獻，不僅在中國，而且在世界。”
最後，溫家寶總理深情地說：“我相信，通過袁老師的努力和我們全體科研人員的努力，一定能夠實現超級稻第三期目標，一定能在新的起點上，創造新的奇跡！”
當溫家寶總理得知這天正巧是袁隆平院士75歲生日時，他緊握袁院士的手表示祝賀！隨後還派人送去生日蛋糕和鮮花為他祝壽。
7-2姍姍來遲的中國工程院院士
中國科學院院士與中國工程院院士是國家設立的在科學技術方麵的最高榮譽稱號，為終身榮譽。院士的產生，按照統一的標準與嚴格的程序進行提名推薦與遴選，寧缺勿濫。
袁隆平作為院士候選人被提名推薦已經曆4屆。首次，1991年5月，湖南省人民政府慎重提名推薦他為中國科學院生物學部學部委員候選人。在1992年元月4日公布的新增210位中國科學院學部委員中，生物學部新增34人中，袁隆平榜上無名。第二次，1993年5月，湖南省人民政府又一次慎重提名推薦他作為中國科學院生物學部委員候選人。這次他又沒有被評上。
先後兩次未評上學部委員，在全省乃至全國科技界引起了不小反響。新聞界有記者稱：袁隆平未被評上學部委員比評上引起的震動更大。
1992年9月15日，中共湖南省委、湖南省人民政府作出關於授予袁隆平“功勳科學家”榮譽稱號的決定，號召全省人民特別是廣大科技工作者向袁隆平學習。學習他熱愛中國共產黨、熱愛社會主義祖國的高尚品德；學習他堅持運用馬列主義、毛澤東思想的世界觀、方法論指導科研的科學態度；學習他治學嚴謹，敢於試驗，頑強拚博的革命精神；學習他務實創新、勤勤懇懇、艱苦奮鬥的科研作風。
袁隆平被提名、推薦為院士的問題，黨中央、國務院領導都十分關懷。1994年11月23日，李鵬總理在國家科委領導向國務院彙報全國科技工作關於農業科技問題時，總理關切地問：“湖南的袁隆平為什麼不評為中國科學院院士？”
有人答：“中國科學院院士是憑外文和論文。”
總理又問：“是不是袁隆平外文不行？”
有人答：“袁隆平外文也不錯。”
盡管先後兩次袁隆平沒有被評上中國科學院院士，絲毫沒有影響湖南省人民政府再次上報的信心。1994年11月與1995年5月，省政府又第三次、第四次向中國工程院上報，提名、推薦袁隆平作為農業、輕紡與環境工程學部院士候選人，而且在每次上報的候選人中排首位。與此同時，中國作物學會、中國農學會、中國科協、中國資源委員會等國家一級學會同時向中國工程院推薦袁隆平作為中國工程院院士候選人。