黎元洪當上總統，很快發現做一個旁觀的反對帝製者，比做一個共和的法治執行者容易得多。
他一上台，南方的護國軍就強烈要求大總統嚴懲複辟帝製的“罪魁禍首”，也就是袁世凱帳下的“十三太保”。
這時候袁世凱雖然死去，但這些太保中有幾個還是頗有人脈的。其中之一是袁世凱的長子袁克定，再一個是曾任湖廣總督、駐京總司令官、拱衛軍總司令、江西宣撫使等要職的段芝貴，還有就是李鴻章的侄子李經曦，對於這幾個人，無論是從政治還是從人情的角度，都殺不得。
黎元洪沒有辦法，隻好采取“首惡不辦，協從嚴辦”的手段，下令懲治楊度、孫毓筠、梁士詒等八人了事。這就是史學家費正清所說的：“在共和憲法規定的不熟悉的社會中，領袖們越來越多地依賴他們的派係來繼續開展政治活動。”
當時的政治環境如此，黎元洪這個大總統隻能麵對的現實。北京政府雖然已是共和政體，立法、行政和司法也由法律予以區分，但實質上都還隻能是各種關係網絡構成的派係政治。這其中最有力的派係，就是總理段祺瑞的皖係勢力。
從當上大總統的第一天起，黎元洪就感受到了這些各式政治勢力的牽製，他這個國家“元首”，差不多隻是個“橡皮圖章”。
早在民國初年時，宋教仁曾致力於“責任內閣製”，他雖然為此喪命，而他所希望的內閣卻始終未能實現。直到這時候，在段祺瑞的組閣中實現了。
國務院秘書長徐樹錚寫了一張通知，說現在是責任內閣製，所有總統的信件、包括私信，皆要送到國務院開拆。
這樣一來，黎元洪連起碼的隱私都沒了，至於意見被否決，更是家常便飯的事情。他曾提名唐紹儀做外交總長，就在唐紹儀上任途中，遭到了北洋係聯名通電反對，一下給唐紹儀安了12大罪。唐紹儀無奈，隻好通電總統總理辭職。
黎元洪的總統府在與段祺瑞的國務院矛盾越來越大，衝突起來，每每以黎元洪讓步了結。而接下來的對德參戰之議，卻使得黎元洪得以一舉趕走段祺瑞。
段祺瑞與日本人早就達成默契，為了通過對德宣戰的議案，段祺瑞組織軍隊和“各界人士”包圍國會，並脅迫、毆打議員，企圖強行通過。國會忍無可忍，一致上書呈請黎元洪免去段祺瑞的總理職務。
1917年5月23日，黎元洪簽署了罷免令，段祺瑞隻好離開北京，避居天津。
段祺瑞雖然沒了總理職務，但督軍團仍然掌控在他手裏。所謂“督軍團”，即各省督軍的聯合陣線，他們對黎元洪軍民分治的主張十分不滿，在段祺瑞退居天津後，便紛紛宣布“獨立”，向黎元洪施加壓力。黎元洪據理力爭，說：“你們作為軍人，職在國防，不要幹涉中央政務。”
看到黎元洪態度強硬，督軍團便有了將黎元洪趕下台的意思。督軍團的盟主是坐鎮江淮的大軍閥張勳，他不僅要趕黎元洪下台，還想複辟帝製。段祺瑞知道張勳的意思，立刻感到這對他來說是個千載難逢的好機會。你張勳要複辟，就要先驅逐黎元洪，這對於自己掌權不是千載難逢嗎？
張勳與段祺瑞，各有各的打算，一拍即合，於是開始分頭行動。張勳進京前，派人開出六項條件。解散國會、另立憲法等，對黎元洪來說，無一不是晴天霹靂。為了自保，黎元洪隻好宣布解散國會。
6月14日，張勳進京，立刻把持了軍政大權，然後是脅迫王士珍等50餘人進紫禁城麵聖，擁戴宣統複辟。
黎元洪得到消息，當即表示：“願以身殉民國”。
6月31日淩晨4時，張勳派梁鼎芬、江朝宗、王士珍、李慶璋來總統府逼黎元洪退位。黎元洪厲聲喝斥：“民國是國民公有之物，我受國民之托而任總統，責任重大，退位與否，須遵從國民的意誌，而非個人的行動。”