徐世昌得以重掌中樞，渴望實行新政，深感孤掌難鳴，想到了半世的摯友把兄弟袁世凱，認為他是個能替國家辦大事的人，一心想把他拉出來共謀大業。
事實上，早在清廷組織皇族內閣時，徐世昌就對另一協理大臣那桐說：“這個位置我占著不太稱職，隻有慰亭（指袁世凱）才可以勝任。可是我與慰亭的親密關係大家都知道，擔心別人誤以為我隻是為朋友說話，所以不方便來提這件事。真讓我為難，不知怎麼辦才好？”
那桐聽他這麼一說，便答應道：“這有什麼難的，讓我去說！”
於是，那桐就寫了一份辭折，說：“查有開缺軍機大臣尚書臣袁世凱，智勇深沉，謀猷閎遠……以疾去官，現已積有歲時，當早醫調就愈，可出任要職。為此，特推薦袁世凱出山，替代我協理大臣一職。”
徐世昌雖然擔心自己直接出麵替袁世凱說話會使人生疑，但還是忍不住在自己的辭折中力陳要“破除常格，擢用扶危濟變之才”。他雖不方便明言，卻已有很明確的暗指。
遺憾的是，載灃對袁世凱積怨太深，一直未能采納徐世昌等人的暗指明說。好在，從表麵上來看，袁世凱歸鄉並不是犯了什麼大錯，載灃隻是以袁世凱有“足疾”為由而將他開缺出京師的。這“足疾”，在載灃是個趕走袁世凱的借口，在徐世昌卻成了個幫助袁世凱早日出山的借口。
現在袁世凱的“足疾”已愈，又是個堪當大任的人，在此朝廷急需人才之際，應該出山了！徐世昌見載灃不采納自己的建議，仍不氣妥，就抓緊了“足疾”一事，繼續為袁世凱的出山大聲疾呼、大造輿論。
奈何載灃對袁世凱積恨還是無法除去，任由徐世昌如何保奏，就是不予允準。徐世昌見情況如此，卻還是不死心，一麵重用袁世凱心腹舊人，為袁世凱複出作為鋪墊，一麵繼續努力爭取著。
徐世昌剛離開東三省督撫位置時，曾做了一年的郵傳部尚書，就是在這個職位上，他對袁世凱親信梁士詒等“一仍其用”，竭力保全。後來，徐世昌入了內闊，又推舉袁世凱最信任的北洋官僚唐紹儀接任郵傳部尚書。
徐世昌一直暗地裏緊鑼密鼓地為袁世凱的複出努力，效果並不是很明顯。然而到了1911年（農曆辛亥年）10月10日，武昌起義爆發，這對袁世凱的出山，是個天賜良機。起義軍士氣高昂，隨著起義成功，更是軍心大振。朝廷要鎮壓起義，隻能依靠北洋新軍。可滿人陸軍大臣蔭昌，卻前線指揮失靈，北洋六鎮，由袁世凱一手訓練出來，如今從將到兵，也還是隻聽袁世凱的。麵對這樣的一個事實，清廷上下，這才慌亂起來。
徐世昌把這一切看在眼裏，舉頭蒼天，長聲歎息：“慰亭複出，時機已到！”
徐世昌很快全方位地開展活動，促使袁世凱出山。關於這事，末代皇帝溥儀後來在他的回憶錄中寫道：“袁世凱的‘軍師’徐世昌看出了時機已至，就運動奕劻、那桐幾個軍機一齊向攝政王保舉袁世凱，並以辭職、不上朝要挾，逼得載灃無策，最後乖乖地簽發了諭旨。”
載灃簽發的諭旨是：授袁世凱為欽差大臣，節製各路大軍。
袁世凱重操大權，南下鎮壓革命。徐世昌推袁世凱出山，完成了一項曆史性任務，他們再次聯手，還是袁世凱唱主角，徐世昌在背後出謀出力，二人配合，珠聯璧合、天衣無縫。
當時表麵上唯一還掌控著軍權的，還有攝政王兼陸海軍大元帥載濤。怎麼才能排擠掉這唯一的絆腳石呢？袁世凱就此與徐世昌商量。
“讓他率兵上前線，一定會嚇得他打退休報告。”徐世昌想了想很有把握地說。
袁世凱聽了，眼珠一轉，哈哈地大笑起來。
第二天，他便以總理大臣的名義，直接下令讓陸海軍大元帥載濤統兵去攻武昌。命令發出不久，袁世凱便收到了載濤的請辭報告，上麵寫著：身體不適，請辭陸海軍大元帥一職。