腐敗不僅是金錢問題
劉瑾的可怕，不僅在於他在經濟方麵的問題，更表現在他掌握大權之後，對朝政的胡亂擺布和幹涉。
對於曾經使他身陷絕境的大臣們，劉瑾恨之入骨。在自己掌握大權之後，便向這些不聽話與自己作對的大臣們開刀了。他用的方法很多，一是經濟處罰，即罰米供應邊境。因為罰的數目很大，有的竟達到幾千石之多，致使很多大臣被罰得破產。
其次是身體處罰，最狠毒的是去衣廷杖。在明朝原來的廷杖僅僅是對大臣的一種人格侮辱，並不是身體處罰，所以允許大臣用氈、毯以及棉衣墊在身上。但劉瑾卻要大臣脫衣受刑。行刑期間又授意執行的錦衣衛加力責打，結果大臣們常被當場打死。還有，劉瑾造了一種大枷，有一百五十斤重，被他迫害的大臣戴上這種枷後，沒幾天便被拖累致死。劉瑾的陰險毒辣由此可見一斑。
劉瑾知道負責勸諫的言官們對他的威脅很大，在掌權後，對言官也不放過。除了借故進行罷免、廷杖以及誣陷定罪外，在平時還製裁這些言官：命令他們在早晨寅時（三點到五點）入朝，一直到下午的酉時（五點到七點）才讓走。一天上班時間竟達十四個小時左右，劉瑾的目的就是讓他們不得休息，讓他們沒精力彈劾自己。
劉瑾打擊異己時隨心所欲，對於在平時隻對他作揖而沒有磕頭行大禮的翰林院的官員，他也不放過。找了個借口一次就把二十人趕到南京去任職，有的削職為民。
眼看宦官當道、特務橫行，忠臣義士痛心疾首，無私無畏仗義直言。兵部主事王守仁見劉瑾不擇手段陷害忠良，憤然上疏，痛斥劉瑾誤國欺君、為非作歹。劉瑾看後，矯旨逮捕了王守仁，施以酷刑，打個半死，然後貶為貴州龍場驛驛丞。那是一個邊遠地區，人跡稀少、地勢偏僻，王守仁心裏清楚劉瑾的用意。果然，他剛一出發，就發現有人跟蹤，為防備慘遭暗害，他每天日出三杆才上路，太陽剛偏西就投宿，使跟蹤他的特務無從下手。可是，過了錢塘江，就進入了荒僻崎嶇的山區，山高路險、樹木蔽日，想逃脫特務的毒手實在困難，王守仁走投無路，便寫下一首“絕命詩”，假造了一個投江的現場，逃入武夷山，隱名埋姓，過起野人般的生活，得以保全性命。
心狠手辣的劉瑾恨不得將朝中反對他的異己一下子趕盡殺絕，永世不得翻身。他假造聖旨擬定奸黨名單，又假借欽命宣讀奸黨的“罪過”。劉瑾召集群臣入宮，令他們跪在金水橋邊，向他們大施淫威，信口胡說，指責朝臣的“過失”。群臣跪在地上，羞憤難當，卻又敢怒不敢言，很多人實在無法忍受這種摧殘，過後紛紛遞交辭職書。劉瑾更是正中下懷，馬上趁機安插自己的黨羽、親信。不久，劉瑾的爪牙幾乎遍及全國。
多行不義終自斃
將異己都清除後，劉瑾便隨心所欲地專權了，他很會控製皇帝為他所用。先用打球跑馬、帶鷹抓兔等纏住愛玩的武宗，然後，專門在武宗玩得高興的時候向他請示政事。武宗總是心煩地說：“怎麼什麼事都來找我，你們都是吃閑飯的嗎？”
劉瑾裝得灰溜溜的樣子退下，心中美滋滋地專權誤國去了。通過這一手，劉瑾很容易地將內閣的大權也握在手中了。為了徹底掌握內閣，他還將原來向自己告密立功的焦芳安排在內閣任職，焦芳則事事仰劉瑾的鼻息行事，這就開了內閣輔臣聽從太監指揮的惡例。
除了內閣，政權機關就是六部了，劉瑾又將自己的手下同黨安排到了六部，劉瑾專橫的程度讓人無法想象，有時，他僅在張紙上寫誰做什麼官，六部便要照他的意思安排。那些地位很高公侯們見了劉瑾也是跪拜，不敢直視。