劉、謝等朝臣於是和司禮太監王嶽聯合準備讓皇帝殺掉劉瑾等人。迫於士大夫們的巨大壓力，武宗同意將八黨南京安置。但劉、謝等並不滿足，準備在第二天采取進一步行動。這件事被一心想向上爬的焦芳告密劉瑾。劉瑾立即找到武宗，跪著哭訴說王嶽等人要製他們於死地。武宗聽了他們添油加醋的話，非常憤怒，命劉瑾掌司禮監，馬永成掌東廠，穀大用掌西廠。又將王嶽充軍南京，第二天又準劉、謝致仕。後來劉瑾又將劉、謝等53人列為奸黨，士大夫在與太監們的鬥爭徹底失敗。
這個向劉瑾告密的焦芳後來成為《明史》閹黨傳第一人。劉瑾專權後，因為有人寫匿名信狀告劉瑾不法，劉瑾大怒，矯詔讓朝臣們跪在奉天門下，其囂張可見一斑。具有諷刺意味的是，最後劉的失勢，還是因為楊一清通過八黨另一人張永影響武宗，才將劉法辦。是因為太監內部的矛盾才除掉了劉。
終明一世，士人和閹人的鬥爭都是士人失敗，主要原因就是太監們得到了皇帝的支持。而在正德年間，士大夫中出現了閹黨，說明明朝的士風開始墮落了。
明代閹宦之禍酷矣，然非諸黨人附麗之，羽翼之，張其勢而助之攻，虐焰不若是其烈也。中葉以前，士大夫知重名節，雖以王振、汪直之橫，黨羽未盛。至劉瑾竊權，焦芳以閣臣首與之比，於是列卿爭先獻媚，而司禮之權居內閣上。
荒淫玩樂的武宗死了，因為武宗無子，孝宗又沒有別的兒子。給士大夫們出了個大難題。隻好讓武宗的堂弟，興獻王之子朱厚驄承繼大寶。但隨著世宗的即位，又出現了一個新問題。就是後來大禮議，大禮議之爭持續了20多年，拉開了明朝黨爭的序幕。在明世宗之前，小宗繼承皇位最後都要入繼大宗。所以楊廷和等大臣們要求世宗稱孝宗為皇考，興獻王為皇叔考時，在封建倫理上是合理又合法的，但對明世宗來說，確實有些不合人情。況且朱厚驄又是一個愛麵子的人。世宗剛剛即位，皇位還不穩，隻好和楊廷和等達成妥協，稱孝宗為考，興獻帝，興獻後為本生父母。楊廷和也因此被世宗批準致仕。
嘉靖三年（1524年），禮議派（都是些低級別，想出人頭地的官員）桂萼、張璁支持世宗要求將本生父母的本生去掉。這回大臣們不幹了。200多位大臣跪在左順門要求世宗收回成命。世宗兩次派太監傳旨讓大臣們回去。但大臣們要求皇帝收回成命，才肯離去。世宗大怒，下令將要君的大臣們下獄。並且對其中的部分官員施以廷杖。
廷杖打斷了士大夫的脊梁，也使大禮議順利通過。興獻帝先是被上尊號為皇考恭穆孝皇帝，不複言本生。又尊孝宗為皇伯考。開始興獻帝未入太廟，嘉靖十七年（1538年）又尊為睿宗，祔於太廟。後人說，明季士大夫以受廷杖為光榮，此說如屬實，對皇帝和士大夫們來說都是悲哀的，以受廷杖為榮，豈非有沽名之嫌啊。也可以說是病態社會的病態心理。世宗和議禮派取得勝利後，繼續打擊反對派。一批反對派的官員們都被解職，代之以議禮派的官員。大禮議的影響很大，後來的李福達案，本是鐵證如山，但世宗就認為是反對議禮派陷害議禮派的郭勳，命桂萼，張璁重審，桂、張借機打擊異己，翻案成功，將處理此案的官員殺的殺，戍邊的戍邊。
本來世宗朝是明中葉以後唯一沒有宦官為亂的時期，但世宗的剛愎性格使大臣們吃了不少苦頭。世宗最恨言官。有明一代，虐殺大臣最多，其中尤以太祖、成祖、世宗和崇禎最多。世宗朝首輔更迭頻繁，閣臣為爭奪首輔之位，也互相傾軋，而世宗也有意識地對大臣們采取了拉一派打一派的做法。夏言排擠張璁，嚴嵩逐走夏言，徐階擠走嚴嵩，大臣們鉤心鬥角愈演愈烈，但不管誰當首輔都要媚上，討得世宗的歡心。明世宗喜歡修道，所以總要士大夫們寫些青詞（就是祭祀用的）。夏、嚴、徐三人都是善於寫青詞，被人戲稱為青詞宰相。嘉靖的45年皇帝生涯結束了。隆慶一上台，就開始給世宗枉殺的大臣們平反，隆慶時期，實際上還是延續嘉靖朝的首輔之爭，隆慶在位6年，徐階、高拱、李春芳各當了兩年首輔。
明朝士大夫和宦官的分野在正德年間已經不甚明顯，但了天啟年間，士人和閹人已成同流合汙之勢。
明朝自正統以後，因為皇帝多為庸碌，長期依靠的是文官集團的積極運轉，但經過天啟年間的閹黨之亂，留給崇禎的是一個無能、貪汙、迂愚、空談、怕死腐敗的文官集團，可以說晚明的士大夫階層的墮落雖非全部，但實屬整體性墮落。雖然有個別的為國為民的書生，但也於事無補。
李自成進北京後，為明朝殉國而死的大臣隻有21人，對比靖難之變那場朱明家族內部的權力鬥爭，尚有800多人為建文帝而死。21對800，相差是何等之大。大多數明臣是先降農民軍，再排隊去降清，隨後南明那幾個小朝廷，也因為內部爭權奪利，相繼被清所滅。
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