從曆史上看，東林黨並不是一個政治團體，更不是一個“黨”，所謂東林黨實際上是政敵把它誣為“朋黨”之後的一種稱呼。曆代朝廷大臣權貴，凡是要攻擊政見不同者，往往攻擊為“朋黨”，由此引起黨爭，釀成黨禍的事情是很多的：東漢的黨錮之禍，唐代的牛、李之爭，北宋的新舊兩黨，以及此處要說的明代東林黨爭，都是比較重大的黨爭黨禍。
東林黨與閹黨的較量
東林黨人因東林書院而得名。萬曆三十二年（1604年），顧憲成等修複宋代講學的東林書院，與高攀龍、錢一本等講學其中。顧憲成、高攀龍等在書院講學的八人，被稱為“東林八君子”。
東林講學之際，正值明末社會矛盾日趨激化之時。東林人士為匡正時弊，諷議朝政，評論官吏，既有鮮明的學術思想見解，又有積極的政治主張。他們要求廉正奉公，振興吏治，開放言路，革除朝野積弊，反對權貴貪贓枉法。這些針砭時政的主張得到當時社會的廣泛同情與支持，同時也遭到宦官及其依附勢力的強烈反對。
兩者之間因政見分歧發展演變形成明末激烈的黨爭局麵。反對派將東林書院講學及與之有關係或支持同情講學的朝野人士籠統稱之為東林黨而加以無端攻擊詆毀。這就是東林黨的來曆。
明末黨爭中，東林黨的主要對手是齊、楚、浙黨。雙方從爭國本開始，以三案（梃擊案、紅丸案、移宮案）為餘波，相持不下。
天啟年間，東林黨由於扶持熹宗即位有功而命運出現了轉機，當時的首輔劉一景、葉向高，吏部尚書趙南星、禮部尚書孫慎行，兵部尚書熊廷弼，都是東林黨人的支持者，可以說明朝的軍事、政治、文化、監察等大權全都被東林掌握，他們從在野的清流成為了主持朝政的主要力量，《明史》記述此時：“東林勢盛，眾正盈朝。”按理說，這是他們治理國政的最佳時機。然而此時，東林黨人與閹黨集團之間因朝政爭論相互攻擊達到了不可調和的地步。
“閹黨”是以魏忠賢為核心人物的宦官集團。熹宗不喜歡管理朝政，隻喜歡木工，經常沉溺於此，毫不厭倦，而魏忠賢總是等熹宗做木工的時候故意拿出一大堆奏章出來讓熹宗批閱，而熹宗這時總是不耐煩地讓魏忠賢去處理。
時間長了，朝中大小事務都要先請示魏忠賢，魏忠賢也就執掌了朝政大權，被東林排斥的齊、楚、浙諸黨爭相依附形成了強大的力量。魏忠賢排斥異己，收羅爪牙，建立了遍布各地的特務網絡。隻要說了魏忠賢壞話，就很容易招致殺身之禍。朝中巴結魏忠賢的人也越來越多，魏忠賢也被人稱為“九千歲”。
作為一個宮內的宦官，魏忠賢完全清楚自己的處境：並非前朝大臣沒有任何功績，隻是憑著自己對皇帝的諂媚才獲得一人之下萬人之上的地位，所以要鞏固自己的權威，就一定要利用禦史，讓他們成為自己的爪牙。
當時，許多朝臣和魏忠賢結交，有的不惜屈膝求榮，甘願成為他的義子。但當時朝野頗具盛名的東林黨人卻絲毫不買他的賬，還連連上表要求皇帝處治他。東林黨人周宗建上疏給天啟皇帝，指出魏忠賢的不忠不賢。這道上疏長達千餘字，全篇揮灑淋漓、字字充滿正氣，尤其是指斥魏忠賢弄權誤國的那句“千人所指，一丁不識”，讓所有閱讀過這篇奏折的人都深為震撼，連魏忠賢本人見到這句話都大驚失色，出了一身的冷汗。
這道上疏，標誌著東林黨人與魏忠賢的對抗從一般的朝野議論發展到政治上的水火不容。魏忠賢當然不甘示弱，他一麵布下爪牙暗中監視東林黨人，一麵通過自己在宮內的關係向皇帝告狀，說大臣們藐視朝廷，借指責他魏忠賢來影射天啟皇帝昏庸無道。
天啟皇帝朱由校本人性格比較懦弱，而且懶散不喜處理朝政，加上他對國家情況的一無所知，所以他很輕易就相信自己身邊的親信，把政務基本都交給他們處理。他的乳母客氏與魏忠賢早有勾結，他們合力阻塞皇帝的視聽。皇帝對外界的了解，基本都是他們和他們的手下所作的彙報，讓皇帝也失去了判斷是非的能力。盡管如此，天啟皇帝聽說那麼多大臣反對一個宦官，雖然不知道整件事情的來龍去脈，還是覺得很奇怪，也沒有馬上作出任何處理，隻是象征性地將上疏的周宗建罰俸三個月，想以此平息事端。
但是東林黨人沒有就此罷手，而是希望皇帝能夠徹底查辦魏忠賢。於是，左副都禦史（禦史機構的副長官）楊漣也上奏章揭發魏忠賢的罪行。他在奏章中陳說厲害，指出了魏忠賢的二十四條主要罪狀，有理有據，不容置疑。在他上奏之後，東林黨人紛紛上疏給皇帝要求懲辦巨奸魏忠賢，短短數日之中，就有一百多道上疏。
魏忠賢得知東林黨人上疏的消息，十分惱怒，他收買了刺客去刺殺楊漣，但楊漣臨危不懼，令刺客為之感動，毅然放棄了殺害楊漣的任務。於是，魏忠賢隻好再次在皇帝麵前搬弄是非，請求天啟皇帝為他做主。