轉眼一個月白白浪費，這時，台風到來的前兆已經浮現，《元史》中記載：“見山影浮波，疑暗礁在海口，會青髯見於水上，海水作硫磺氣。”日本夏季是暴雨台風的高發期，海水出現難聞的硫磺味，就是暴雨和台風的前兆，但是元軍統帥毫無災難常識，不知事先躲避，任由艦隊繼續停在鷹島附近的海麵。
閏七月初一夜，台風和暴雨突然降臨。據日本《鎮西要略》記載：“暴風大扇，洪波滔天，煙飛雲不斂，雷雨如暗夜”，巨浪拍打中，元軍密密麻麻排在一起的戰艦互相撞擊，這些船隻因為搶建，大多施工草率質量低劣，轉眼間艦毀人亡，溺死者不計其數，死屍在海灘堆成了小山。江南軍統帥範文虎的旗艦同樣遭殃，幸虧他死命抱著一塊木板，才被部將張禧救起。
驚魂未定的範文虎決定退軍，張禧建議說，士卒雖然死傷大半，但活下來的都是青壯戰士，反正已經是無路可退，不如強行登陸死裏求生。已經嚇破膽的範文虎不肯聽從，說：“還師之罪，我輩當之，公不與也。”於是，範大帥一聲令下，率領餘艦倉皇歸去，東路殘軍同時揚帆西歸，船少人多，丟下了散落在海島上的數萬士卒。歸途中，一個島上4000元軍士卒哭喊哀求，張禧歎道：“我安忍棄之！”將船上七十匹戰馬拋入海中，救回這部分士兵。
這樣，十四萬浩浩蕩蕩的征日大軍，落得個倉皇歸國的結局。
範文虎其人，本是南宋殿前都指揮使，襄樊守將呂文德的女婿，先是在救援襄陽戰役中畏敵不前，“輕舟先遁”；後在防守城堅糧足的安慶時，元將伯顏來攻，範文虎立刻舉城投降，搖身一變，成了元朝的兩浙大都督、征東行省右丞。此番兩路大軍征日，東路軍還算打了幾場仗，江南軍空有十萬之眾，卻在無能統帥的旗下，未見一陣，喪師而還。
戰爭中，被遺棄士兵的結局都是悲慘無比。元軍先期占領的幾處海島上，無船可歸的士卒共有三萬多人，缺糧少水，完全喪失了鬥誌。這回輪到日軍收拾殘局了，日本武士駕駛小船，挨島搜捕，元軍或戰死或投降，無一幸免。日軍將蒙古人、色目人、高麗人、漢人（指北方漢人）全部屠殺，隻留下江南軍（原南宋士兵）和部分工匠做奴隸。
弘安之役，元軍究竟傷亡多少？
《日本外史》稱：“閏月大風雷，虜艦敗壞，我等因奮擊，鏖虜兵，伏屍蔽海，海可步而行，虜兵十萬，脫歸者才三人。”
隻有三人逃生是誇大其詞，很明顯忻都、洪茶丘、範文虎等高級將領全都順利歸國，當然他們都被忽必烈罷免了官職。《元史本紀》說是“士卒十喪六七。”高麗《東國通鑒》則說，“元軍不返者，無慮十萬有幾；我軍不返者，亦七千餘人。”綜合來看，十四萬征日大軍損失了絕大多數是毫無疑問的。
盡管兩次征日損兵折將，但性格老而彌堅的忽必烈沒有罷休。兩年後，他再次調兵遣將，“募兵造舟，欲複征日本。”在百官的極力諫阻下，第三次征日才沒有成行。此後，忽必烈忙於征安南（越南），才不得不下詔：“日本未嚐相侵，今交趾犯邊，宜置日本，專事交趾。”忽必烈1294年去世後，後世子孫一代不如一代，沉湎於恒舞酣歌之中，更加斷了征日的念頭。
終元之世，元朝廷不曾和桀驁不馴的日本再發生什麼往來。
3. 可恨的神風
曾和一個日本留學生聊起蒙古襲日的話題，他卻說了讓我驚訝的一番話。他說：“這是沒必要的戰爭。北條時宗是個不懂外交的呆子，他要是不殺使者，忽必烈不會進攻日本。”