光緒三十四年十月二十一日（1908年11月14日）傍晚，三十八歲的光緒皇帝載湉在被囚禁的中南海瀛台涵元殿駕崩。他死後的第二天下午，掌握了他一生一世的慈禧太後也在中南海儀鸞殿去世。兩位冤家似的人物死的事件竟然如此相近，是巧合，還是另有內幕？由於光緒帝生前曾遭到慈禧太後的囚禁和折磨。於是人們對於光緒皇帝究竟是怎麼死的議論紛紛，提出各種各樣的說法。
據說慈禧太後臨死前不久，神誌仍然十分清醒。曾接受軍機大臣張之洞的建議，連發幾道上諭。立攝政王載灃之子傅儀著入承大統為嗣皇帝。封醇親王載灃為攝政王。當天，慈禧太後便開始發病。第二天，光緒皇帝便於酉刻崩於瀛台之涵元殿。慈禧太後便又下諭：“溥儀承繼毅皇帝為嗣，並兼承大行皇帝祧”，由於“嗣皇帝尚在衝齡，正宜專心典學，著攝政王載灃為監國。所有軍國政事悉秉予之訓示，裁度施行。”諭旨發出去不久慈禧太後便歸天了。由於她和光緒皇帝的死期如此相近，光緒死前後慈禧又作了關於儲君的安排。所以人們便開始懷疑光緒皇帝先於慈禧太後一天猝死並不是曆史的巧合。而是慈禧在臨死之前，自知自己將要不行了，害怕光緒帝在她死會重掌朝政。於是，便令下詔安排好嗣君後，派人將光緒帝害死。在惲毓鼎的《崇陵傳信錄》以及徐珂編寫的《清稗類鈔》中就是持這種觀點。光緒皇帝從小就在慈禧的淫威下長大。據《滿清野史記載》：光緒雖然是九五之尊，但整天吃的也是一些“久熟幹冷”的饌品，有些食物甚至都“半已腐臭。”有時候光緒皇帝想要禦膳房換一些可口的飯菜，慈禧就“輒以儉德責之”。光緒長大之後，也沒有什麼自由，雖然名義上是個皇帝，但實際上朝政都把持在慈禧太後的手中，自己根本不能做主。甲午戰爭之後，光緒皇帝在親信大臣的支持下具有了一定了實力，於是宮廷之中便出現了所謂的“帝黨”和“後黨”之爭。戊戌變法時期，兩黨之間的矛盾達到了白熱化的程度。後來，慈禧太後發動政變，囚禁了光緒皇帝，罷黜了支持光緒皇帝的官員。自己重新獨攬起朝廷大權。此後，慈禧太後一度想廢掉被囚的光緒皇帝，連繼位的人選都選好了，隻因為外國人不支持。慈禧太後怕引起外國幹涉才將此事作罷。但對被囚禁的光緒皇帝她則是百般淩辱折磨，致使光緒的健康狀況極度惡化。1908年，慈禧太後病倒，據說光緒皇帝聽說了慈禧的病訊之後，還曾麵露喜色。這件事情很快傳到了慈禧的耳朵中，慈禧害怕自己一死，光緒就會掌權報複自己，於是便想辦法害死了他。至於，慈禧到底是如何害死光緒的，曆來有兩種說法。一種是著名的曆史學家啟功所說。說慈禧用下了毒的酸奶毒死了光緒。據啟功先生說，他的曾祖當時為禮部尚書時。作為主管禮儀、祭祀之事的最高官員，在西太後臨終前他要晝夜守候在她下榻的樂壽堂外。西太後得的是痢疾，所以從病危到彌留的時間拉得比較長。就在宣布西太後臨死前，啟功先生的曾祖父看見一個太監端著一個蓋碗從樂壽堂出來。出於職責，他就問這個太監端的是什麼，太監回答說：“是老佛爺賞給萬歲爺的塌喇。”“塌喇”在滿語中的酸奶的意思。光緒在中南海的瀛台，之前也從沒聽說過他有什麼急症大病。但送後不久，隆裕皇後的太監小德張就向太醫院宣布光緒皇帝駕崩的訊息。隨後，這邊就傳出慈禧太後去世的消息。由此，後人推測，一定是慈禧太後命人在那碗“塌喇”裏下了毒，毒死了光緒。此外據一位名叫屈桂庭的醫生說，他過去曾親自為光緒帝治過病。他說在光緒三十四年十月十八日最後一次進宮為光緒帝診病時，發現光緒帝本已逐漸好轉的病情卻突然惡化，在床上亂滾，大叫肚痛。三天之後，光緒帝就去世了。這就更加證明了光緒有可能使被慈禧太後等人毒死的。
另外，還有一種說法說，不是慈禧而是李蓮英害死了光緒。據《清室外記》記載：“皇帝賓天之情形及其得病之由，外人無由詳知，惟藏於李蓮英輩之心中。關於太後、皇帝同時而崩，北京城中，言人人殊，然欲查其原因，則實毫無線索。但日處憂城之中帝，一旦再操大柄，自為李蓮英輩之不利。可以斷言，當日頤和園中之事，或為太後所不及知者。據當時目擊者論之，此亦情勢所可有。”也就是說慈禧太後的親信太監李蓮英等人，平日裏狗仗主勢，經常中傷和作弄光緒帝。他們怕在西太後死後光緒再操權柄，會不利於他們，所以就先下手為強，在西太後將死之前，先將光緒帝害死。這一說法同時為英國人普蘭德所著的《慈禧外傳》和德齡的所寫的《瀛台泣血記》等書所認同。德齡以親生的經曆認定光緒皇帝就是被李蓮英害死的。她的書中寫道：“李蓮英眼看太後的壽命已經不久，自己的靠山，快要發生問題了，便暗自著急起來。他想與其待光緒掌了權和自己算帳，不如讓自己先下手的好。經過幾度籌思，他的毒計便決定了。”近來奴婢聽許多人說，萬歲爺的身子很不好“……”奴婢願意瞧瞧他看，或者可以使他的身體好起來。“……就在李蓮英說過這一番話的第二天，光緒便好端端地也害起很厲害的病來……隻有光緒自己心裏是明白的，他料定必是給李蓮英在飲食裏下了毒，存心要謀殺他。”