1936年，瑞士通過了一項軍隊整編的法令，在東北和北部邊境及阿爾卑斯戰略據點建立了新的防禦工事，並對舊的設施進行了加固。為了籌措這項龐大防務計劃所需的額外資金，政府在1936年發行了第一批國家防衛公債。公眾響應認購的公債達3.32億法郎，大大超過了政府所要求的數目。奧布雷赫特在1939年4月30日說，已為國防編製了一項特別預算，並在最近幾年裏用去了10億法郎（5000萬英鎊）。輔助部隊的義務服役年齡從48歲提高到60歲。1939年初，議會以96票對2票通過了一項決議，延長初期訓練的時間，並授權政府繼續保留受訓部隊的服役期限。1939年進一步授權政府在緊急情況下毋需等待議會批準即可征召軍隊。
慕尼黑危機期間，瑞士邊境上的道路、橋梁和隧道都敷設了地雷，並作了長期戒備的部署。1939年3月，德國在侵占捷克斯洛伐克後不久，曾有一個企圖吞並列支敦士登的流產計劃，一家法國通訊社在日內瓦的分社也刊載了一則報道，說德國在拉爾貝格集結了70萬兵力。3月24日，瑞士聯邦委員會批準了政府征召軍隊以加強邊防警衛的提案；加緊進行了萊茵河邊防的工事工程，並對1938年9月所布的地雷重新裝置。當德國駐伯爾尼公使奧托·克歇爾在4月11日要求莫塔對此作解釋時，莫塔否認這是受某一大國的煽動，並說他們已撤除了部分設施。瑞士的防務體製是為了保持最大的靈活性而計劃出來的。當入侵軍隊突破邊境防禦工事和第二道防線、經過崎嶇山區向前推進時，勢必遭到扼守著山路要隘的英勇的瑞士民兵的阻擊。除了在康斯但茨湖和日內瓦湖之間的所謂瑞士高原最易受到攻擊外，瑞士的地形是不適於龐大的機械化部隊或重型坦克及大炮通行的。
此後，在最危險的1941年，有50個師團部署在瑞士東部邊境。瑞士人民在克服了悲觀恐懼情緒以後，由聯邦議會選舉了吉桑為全軍統帥，發布了全國動員令。具有傑出軍事才能的昂利·吉桑在聯邦會議的武裝部隊司令選舉中的223票中獲得了204票，當選為全國武裝部隊總司令。吉桑為人剛直，富有遠見和魄力，在瑞士各階層備受愛戴和尊敬，有很強的號召力。瑞士人民相信有這樣一位軍事領導人，瑞士就能無往不勝。在實戰中，吉桑準備采用內堡戰術。所謂內堡是建築學上的概念，即一個堡壘建於另一個堡壘裏麵，以便主堡的防守能持久到足以把敵人驅逐出去。綜觀當時局勢，小小的瑞士難以與武裝到牙齒的德軍相抗衡。一旦發生戰爭，死打硬拚無異於以卵擊石。在當時，吉桑將軍采用務實的方法，暫時放棄了邊境和中部的防禦工事，把軍隊的主力集中於國家內地，以便在阿爾卑斯山區保衛瑞士的獨立。在二戰爆發之際，服兵役的瑞士人有40萬人。隨著軍事輔助人員和國民警衛部隊的擴充，軍人的數字達到85萬。相對於全國人口隻有400萬的瑞士來說，85萬是一個驚人的數字。同時，輔助部隊的義務服役年齡從48歲提高到60歲。在1939年初，議會通過決議，延長初期訓練的時間，政府有權繼續保留受訓部隊的服務期限。
在德軍入侵危險最嚴峻的時候，幾小時之內男人們就能穿上軍裝，走上戰鬥崗位；婦女們代替了男人的工作；全國實行了嚴格的食品定量製度，包括飯館和旅館。為了防備納粹軍隊的突然襲擊，全國進行了3次大動員。其中最大的一次是1939年，在一個隻有400萬人口的國家裏竟動員了50萬人。由於瑞士人民這種同仇敵愾的決心以及當時希特勒麵臨著東西兩麵應戰的困難，才很大程度上使瑞士在戰火橫飛的歐洲免於一場災難。這種居安思危的傳統，一直延續到現在。在第二次世界大戰中挖掘的山洞和隧道網縱橫交錯，有人比喻瑞士像塊滿是洞孔的幹酪。居民在地道裏貯備糧食和武器彈藥。公路旁偽裝的居民小屋實際是軍事基地的大門，即是當時吉桑將軍的內堡戰術。