大腸較小腸短，黏膜上無絨毛，其黏液腺能分泌堿性黏液保護和潤滑腸壁，以利糞便排出。在大腸開始部的一盲支為盲腸，其末端有一蚓突。盲腸在單室胃的食草動物特別發達，除海象、犰狳、大食蟻獸、蹄兔等有一對盲腸外，其他哺乳動物都隻有一個盲腸。哺乳動物的大腸可分為結腸與直腸，直腸直接以肛門開口於體外，是哺乳類與兩棲類、爬行類、鳥類的顯著區別。
哺乳動物的消化腺除三對唾液腺外，在橫隔後麵，小腸附近還有肝髒和胰髒，分別分泌膽汁和胰液，注入十二指腸。肝髒除分泌膽汁外，還有貯存糖原、調節血糖，使多餘的氨基酸脫氧形成尿及其他化合物，將某些有毒物質轉變為無毒物質，合成血漿蛋白質等功能。
哺乳動物呼吸的特點
哺乳動物的呼吸係統十分發達，特別在呼吸效率方麵有了顯著提高。空氣經外鼻孔、鼻腔、喉、氣管而入肺。
哺乳動物的鼻腔可分為上端的嗅覺部分和下端的呼吸通氣部分。鼻腔的上端有發達的鼻甲，其黏膜內有嗅細胞。此外，還有伸入到頭骨骨腔內的鼻旁竇，增強了鼻腔對空氣的溫暖、濕潤和過濾作用。同時，它也是發聲的共鳴器。
哺乳動物喉的構造完善。喉為氣管前端的膨大部分，既是呼吸的通道，也是發音器官。喉由軟骨、韌帶、肌肉及黏膜構成。喉的入口稱喉口，喉壁腹前緣的會厭軟骨在吞咽時遮蓋喉口，食物和水會厭上麵進入食道，可防止食物和水誤入氣管。平時喉口開啟，是空氣進出氣管的門戶。由甲狀軟骨和環狀軟骨構成的喉腔，在中部的側壁上有黏膜褶所形成的聲帶為發聲器官，開始出現於無尾兩棲類，但以哺乳類最發達。
氣管位於食道的腹麵，進入胸腔後分叉成一對支氣管通入肺。氣管與支氣管在結構上主要的特點是：管壁由許多背麵不相銜接的軟骨環支持，從而保證了空氣的暢通。氣管黏膜具纖毛上皮和黏液腺，可過濾空氣，黏液腺分泌的黏液能黏住吸入空氣中的塵粒，在纖毛的推動下塵粒移至喉口，經鼻或口排出。
哺乳動物肺的結構最複雜，是由複雜的“支氣管樹”所構成，支氣管分枝的盲端即為肺泡。肺泡數量十分巨大，因而大大增加了呼吸表麵積，如羊的肺泡總麵積可達50～90m2，馬的肺泡達500m2，人的肺泡為70m2，相當於體表麵積的40倍，明顯地提高了氣體交換的效果。肺泡之間分布有彈性纖維，在呼吸的配合下可使肺被動地回縮。胸腔是容納肺的體腔，為哺乳動物所特有，當呼吸活動進行時，肺的彈性口位使胸腔呈負壓狀態，從而使胸膜的壁層和髒層緊貼在一起。
哺乳動物循環的特點
哺乳動物的循環係統包括血液、心髒、血管及淋巴係統。其顯著特征是在維持快速循環方麵十分突出，以保證有足夠的氧氣和養料來維持體溫的恒定；具左體動脈弓；紅細胞無核。
哺乳動物的血液與其他脊椎動物不同的是：紅細胞無核，呈兩凹扁圓盤狀，僅駱駝科和長頸鹿科的紅細胞呈橢圓形；紅細胞體積較其他各綱脊椎動物小；紅細胞的數量也較其他脊椎動物為多，如獸類達600～1300萬個。這些特征大大增加其表麵積，並提高了與氧氣結合的能力。
哺乳動物的心髒位於胸腔中部偏左處的心包腔內，腔內有少量液體，可減少心髒搏動時的摩擦。心髒的內部結構與鳥類基本一樣，也為四腔，完全的雙循環，動靜脈血不在心髒內混合。右心房、右心室與肺動靜脈構成肺循環。右側心房與心室壁均較薄，內貯靜脈血，房室間有三尖瓣。左心房、左心室與體動靜脈構成體循環。左側心房與心室壁較厚，內貯動脈血，房室間具二尖瓣。所有這些瓣膜的功能，是保證血液沿一個方向流動，防止血液逆流。心髒肌肉的血液供應是由冠狀循環完成的。
血管包括動脈、靜脈和毛細血管。哺乳動物動脈係統的突出特征是：僅具有左體動脈弓。左體動脈弓彎向背方為背大動脈直達尾部，沿途發出各個分枝到達全身。哺乳動物的靜脈係統趨於簡化，以單一的前大靜脈（上腔靜脈）和後大靜脈（下腔靜脈）代替了低等四足動物的成對的前主靜脈和後主靜脈。腎門靜脈消失，尾部及後肢的血液直接注入後大靜脈回心。這樣減少了一次通過微細血管的步驟，有助於加快血流速度和提高血壓。此外，哺乳類的腹靜脈在成體消失。
哺乳動物的淋巴係統十分發達，這可能與動、靜脈內血管壓力較大，組織液難於直接經靜脈回心有關。淋巴管發源於組織間隙間，先端為盲端的毛細淋巴管，部分組織液通過滲透方式進入毛細淋巴管。進入毛細淋巴管的組織液，其成分與血漿近似，但蛋白質含量少，無紅細胞和血小板。毛細淋巴管彙集為較大的淋巴管後，主要通過胸導管注入前大靜脈回心。故淋巴液隻作從組織到靜脈到心髒的單向流動。淋巴管內有瓣膜可防止淋巴液逆流。淋巴管輔助組織液回流，對維持血量有重要作用。此外，淋巴管也是脂肪運輸的主要途徑，小腸的淋巴管（乳糜管）攜帶脂肪經胸導管輸入前大靜脈回心。淋巴結節是生成淋巴細胞的主要器官，並具有阻截異物、保護機體的功能。哺乳類淋巴結極為發達，遍布在全身淋巴係統的通路上，尤其在頸部、腋下、鼠溪部、腸係膜等部位較集中。此外，扁桃體、脾髒和胸腺也是一種淋巴器官。