土肥原雖然也“發芽”了，而且毒性很大，但他自打結束了在中國的特務工作回到東京後，曾於1943年出任過該職務，有經驗，工作起來應該很順手。
隻有一個問題比較麻煩，那就是，土肥原現在正任教育總監一職，其職位要高於東部軍司令官，所以，這種下遷，必須征得本人同意才行。
土肥原見大家都來征求他的意見，便做出一副大義凜然的樣子說：“如果大家需要我上任，地位之高低，個人之榮辱，不是當前應該考慮的。”
妥了。大家都鬆了一口氣，各自回家去了。
土肥原走馬上任了，軍中動蕩的氣氛，隨著司令官的到來，漸漸穩定下來了。但是，形勢依舊不容樂觀，因為現在是畏罪自殺的高峰期。
9月12日，第一總軍司令官杉山也自殺了。軍中的氣氛再次動蕩起來，官兵們個個淒惶畏怯。
尋死倒是痛快，補缺卻很費勁。內閣成員隻得又去扒拉“土豆”，還是沒有合適的，扒拉過來扒拉過去，最終又選中了土肥原。理由是，土肥原當前最“資深”，另外，即使選中別人，這個時候誰也不願上前。
補一個也是補，補兩個也是補，土肥原統統應了下來。不過，在這個位置上，他隻待了一天。9月13日，盟軍總司令麥克阿瑟就發出了逮捕他的命令。
麥克阿瑟正氣不順呢。他想著，一個犯下累累罪行的人，竟然如此一而再再而三地“榮任”高位，引得四海皆驚，讓他這張臉往哪擱。
於是，麥克阿瑟指示橫濱刑事拘留所，派日本警察將土肥原捉拿回來。
戰後，對戰犯的逮捕行動，原是由盟軍憲兵來執行的，但日本內閣為了顯示日本政府依舊存在，表示要由日本人自己的司法機構去逮捕戰犯嫌疑人。裕仁天皇起初不同意，說，這些人都是忠誠於他的人，是忠誠於日本的人，他不忍心以自己的名義處置他們。但最終還是由日本警察去逮捕他們了，之後，再轉交給美國憲兵。
在這件事上，麥克阿瑟是有疏忽的，他實在不應該把逮捕權交給日本警察，因為這給予了不少戰犯從容自殺的機會，使他們逃避了審判。
麥克阿瑟還不恰當地表現了他的“人道”，在下達逮捕令後，他竟然還要給戰犯幾天自由的時間，讓他們處理私人問題，之後，再自己走去監獄。罪大惡極的戰犯們，就這樣在親戚朋友的目送下，提著行李走進監獄大門，情景就像火車站或輪船碼頭上的送別一樣。這也罷了，問題是，就在這幾天時間中，戰犯們把重要證據和文件都毀掉了。
這種情況，還使一些戰犯覺得自己罪孽不深。當盟軍下令逮捕前外相鬆岡時，其子竟然堂而皇之地推辭說：“父親因病臥床甚久，不能見客。”好像是請他去赴宴，而不是去坐牢。
雖然土肥原沒有自殺，也沒有稱病推卻，但因為是從日本人那裏接到的逮捕令，被日本人恭敬地“逮捕”，不僅讓他個人好受了許多，日本政府也感到很有麵子。而這對於受日本傷害的國家和人民來說，卻是不公的。
當橫濱刑事所拘留的警察到來後，土肥原默默地走出了自己的辦公室，去與各位大臣道別。在麵辭東久邇宮親王（裕仁天皇的叔叔）時，他聲音低沉地問道：“親王閣下，您有什麼叮囑嗎？”
這位親王一向視土肥原為親信，他哭哭啼啼地說，他沒能挽救土肥原的厄運，心裏很悲愴，但事已至此，也隻能如此了。
“為了日本的未來，為了裕仁天皇的今天，你要服從逮捕，擔負起戰爭的罪責。”親王說。
土肥原點了點頭。他明白話裏的含義，親王是要他把天皇從戰爭罪責中洗脫出去。
短暫的告別後，土肥原被送到了巢鴨監獄。
到達監獄後，根據美國憲兵的指示，土肥原走進了為他準備的單人監室。其他戰犯有的是3人同室，有的是6人同室，像住集體宿舍，而土肥原的單間就顯得闊綽多了，房間長8.5英尺，寬5英尺，高10英尺，還備有書桌和衛生間。但土肥原並不高興，還有些心神不寧，因為享受重要戰犯的待遇就意味著，他犯下了比其他戰犯更嚴重的罪行。
初期，牢房中的體驗讓土肥原感到很不踏實。獄中的燈，夜裏也明晃晃地亮著，美國憲兵不停地來回走動，看到有人長久地保持一個姿勢不動，他們就會敲打鐵門，有時還打開門進來查看，以防有人自殺，或暗中搗鬼。早晨6點鍾，他們拎著大串的鑰匙，一路嘩嘩作響地走著，按序打開各個監室的門，用生硬的日語喊戰犯們起床。
有意思的是，當土肥原的老搭檔板垣征四郎被關進來後，美國憲兵每天早晨第一個喊的名字就是他！久而久之，板垣的名字，竟相當於鬧鈴了。
土肥原漸漸適應了巢鴨監獄的生活。不過，很多時候，他總是磨磨蹭蹭的。以前，日本人把他的磨蹭吹噓為“沉穩”，而今成了戰犯，美國憲兵把他的磨蹭視為“故意使性子”。
每天起床後，土肥原和其他戰犯總要在美國憲兵的督促下洗漱、進餐、打掃衛生、做操。土肥原做什麼都是敷衍的態度，打掃衛生時，總是馬馬虎虎的幾下；到院子裏做操時，也是應景一樣動動腿、伸伸臂。他好像總在琢磨著什麼陰謀。