1.達爾文的苦惱
大家當然知道，人是沒有尾巴的，但是我們的祖先卻是有尾巴的。尾巴從有到無，是一種退化現象。如何解釋退化現象？這不僅讓我們思索，也曾經讓達爾文頗為苦惱。他提出了兩個機理：一是由於不使用或者說“廢退”；二是由於自然選擇。
2.用進廢退？
我們從現代進化論的角度來看達爾文提出的這兩個機理。“用進廢退”應該拆開來看：“用進”，即認為動物頻繁地使用某個器官，就能導致這個器官在後代中變得越來越發達，這是用後天獲得性遺傳解釋適應環境的進化，是與現代進化論相衝突的。但是“廢退”卻未必跟現代進化論相衝突。我們用現代進化論來看，“廢退”其實是在自然選擇不起作用之後，有害突變累積的結果。以尾巴的消失為例，與尾巴有關的基因從長遠地看總是會發生突變的，而絕大部分突變都是有害的。但尾巴具有功能的時候，自然選擇就會把有害的突變淘汰掉，避免它們累積下來。但是一旦尾巴失去了功能，它是發達還是退化都對個體的生存、繁衍沒有影響，自然選擇就不再去理會它了，有害的突變得以保留、累積，這樣尾巴也就越來越小、越短，直至消失。
如果尾巴的消失是由於自然選擇引起的呢？那是因為沒有尾巴要比有尾巴更有生存優勢。但是，僅僅這麼說是毫無意義的，如果以“生存優勢”一語來解釋一切，“用進廢退”倒真的成了同義反複了。關鍵是要找出究竟有什麼樣的“優勢”。我們知道，尾巴也是由骨肉組成的，也會受傷、流血。在尾巴有功能的時候，受傷、流血隻好忍受。但一旦尾巴成了可有可無的累贅，它會受傷、流血就成了一種生存劣勢了。更重要的是，組成尾巴的細胞要新陳代謝，需要有營養供應；拖著尾巴走路，也要消耗額外的能量。如果能省下給無用尾巴的營養、能量，分給更重要的器官，比如說大腦，豈不是更好？因此，在這種情況下，自然選擇就有利於無尾巴的，而要淘汰掉有尾巴的，大自然可是無情的。
這兩種機理哪種正確呢？達爾文本人也舉棋不定，認為兩種都有可能。在《物種起源》一書中，有一節是討論退化現象的。達爾文以幾種動物為例，其中一個講的是鼴鼠眼睛的退化：“鼴鼠和某些穴居的齧齒類動物的眼睛的大小隻剩下了殘跡，並且有的眼睛完全被皮和毛所遮蓋。這種眼睛的狀態很可能是由於不使用而漸漸縮小的緣故，不過恐怕也有自然選擇的幫助。南美洲有一種穴居的齧齒動物，叫做吐科，它甚至比鼴鼠更有深入地下的習性，一位常捉到它們的西班牙人向我保證，它們的眼睛常常是瞎的。我養過的一隻，它的眼睛的確是這種情形，解剖後才知道是由於瞬膜發炎。由於眼睛經常發炎對於任何動物必定是有損害的，並且由於眼睛對於具有地下生活習性的動物肯定不是必要的，它們的形狀縮小，上下眼瞼黏連，而且有毛覆蓋上麵，在這種情況下可能是有利的；倘若如此，自然選擇就會有助於不使用的效果。”
達爾文在這裏顯然認為“廢退”是主要的，自然選擇隻是起了輔助作用。但是如果自然選擇起作用，我們就沒必要再考慮別的機理了，因為自然選擇是非常有威力的，可謂殘酷無情，可以逐漸地使生物結構發生改變。
3.自然選擇！
由此可見，身體某個部位的退化，包括尾巴的消失，的確是有可能用於“補腦”的。在這裏，起作用的，還是自然選擇。自然選擇不僅能夠創造新器官，也能改造、摧毀舊器官。