綱手回到木葉村，木葉基本恢複了以往的平靜，不同的是，幾乎所有的上忍都要出去執行任務，其他下忍相對來說也比較忙，但是這些任務相對於鳴人來說意義不大，所以鳴人也有了自己的打算。
這一天，鳴人剛好來到綱手的火影辦公室，手中拿著這次任務的戰利品“雷神之劍”。這把劍原來屬於木葉村，是二代火影使用過的武器，本身具有強大的雷屬性查克拉，而且攜帶方便，雷屬性查克拉形成的劍刃可以收放自如。但是這把武器卻流落到了雨忍村的垃圾上忍“葵”的手中，葵根本就不會使用雷遁，實力也隻能說勉強算個上忍，被鳴人解決之後奪回了雷神之劍。
就在鳴人向綱手彙報任務時，一個拄著拐杖，紗布蒙住右眼的人走了進來，正是根部的首領“團藏”。團藏看了鳴人一眼，接著目光轉向綱手道：“火影大人，正好鳴人也在，目前村子處於非常時期，暗部的任務非常多，作為村子裏的天才忍者，旋渦鳴人隻作為下忍實在是浪費，希望火影大人能夠批準讓他加入根，在那裏相信鳴人可以得到更快的成長”。
聽到團藏這話，綱手很清楚團藏的目的，臉上透露出不快道：“不行，鳴人不是一般的忍者，為了他的安全起見，絕對不能讓他加入根。”
團藏道：“根本來就有很多天才忍者，而天才不僅要能夠在陽光下成長，也要有適當的壓力。”
“讓我加入暗部吧，火影大人”鳴人道。
團藏不由一喜：“既然鳴人也願意的話，那麼火影大人......“
“但是，我要加入的是火影直屬的暗部，而不是根”鳴人道
聽到這話，團藏深深的看了鳴人一眼道：“鳴人，人總是要為自己的選擇擔負責任的，希望你能夠早一點明白。“說完，轉身離開了火影的辦公室。
見到團藏離開，綱手則是對鳴人擔憂道：“鳴人，你真的想好了嗎？暗部不是你想象中的那麼簡單，你將麵臨很多血腥和殘忍的事情，以你現在的年紀還不適合。”
“你放心吧，綱手婆婆，加入暗部也是我想了很久才做出的決定”，鳴人道。
接著，鳴人推了推頭上的護額道：“火影大人，作為木葉的忍者，我肯定是要為木葉做出自己最大的貢獻。但是，我還有一個要求，為了隱藏我的身份，我希望第七班有重要任務的時候我還是要盡量一起執行。
綱手道：”這樣也好，我同意了。“
其實，這個決定鳴人也是想了很久才這麼做的，加入暗部可以有很多更有挑戰性的任務，同時也便於和別國的忍者交手，這樣就能多解決一些別國的強大對手，為鳴人將來要做的那件事情做準備。在暗部有了一定的地位之後也會更加自由。為此，鳴人也是做足了準備。
首先，通過向卡卡西等人學習，更熟練的使用雷遁，也開始了水遁的修行，同時還奪得了雷神之劍作為更趁手的武器。買了一套黑色的衣服和披風，作為暗部的專有打扮。
和明麵上的忍者一樣，暗部也是有組織的，同樣也會為了任務而組建小隊，但是更加隱蔽，如果在任務中死亡的話，為了高度保密，連屍體都不允許留下。鳴人才剛剛加入暗部，暫時沒有加入小隊，隻能進行單獨的任務。而綱手給鳴人的第一個任務是，找機會暗殺一個巴之國的大名，發布任務的是另一個大名的繼承人。