北魏爾朱榮雖住在距離京城很遠的藩鎮，卻牢牢掌控朝廷大權，在孝莊帝身邊安插了很多自己的親信，用來窺伺觀察朝中的一舉一動，因此朝中之事事無巨細，他全都知道。
雖然受製於爾朱榮，但生性勤勞的孝莊帝廢寢忘食，日理萬機，查閱卷宗並親自審理了一些冤案。爾朱榮得知此事極為不滿。為了整頓朝廷內部官員選拔的製度，孝莊帝還跟吏部尚書李神俊商議。先前，爾朱榮曾提拔過曲陽的一位縣令，但李神俊看到相關資料後，認為官階懸殊，就選了其他人。爾朱榮對此耿耿於懷，便派他想提拔的那個人前往曲陽縣奪官。李神俊很害怕就辭了官。爾朱榮便讓順勢讓尚書左仆射爾朱世隆取代了李神俊。爾朱榮向孝莊帝建議，用一些北方人做為河南各州的刺史，孝莊帝沒有同意。即便是太宰元天穆親自拜見孝莊帝提及此事，孝莊帝依舊沒應允。元天穆說道：“天柱將軍爾朱榮戰功顯赫，現在又貴為我朝宰相，他想更換下全國的官員也不是什麼有違天命的事情吧？況且隻是想任命幾個人作為河南各個州的刺史，區區小事不知陛下出於什麼顧慮而不能準奏呢？”孝莊帝義正言辭地說：“如果天柱將軍想自立為王，那他取代我完全有可能的，可如今他作為我的臣子，隻要我在位一天，天下就沒有更換百官的道理。”爾朱榮聽後氣急敗壞地說：“如今做了皇帝，竟然敢不聽我的意見了！也不看看他的江山，他的地位是靠誰爭取來的？”
天生妒忌心就很強的爾朱皇後，多次向孝莊帝宣泄她的滿腹牢騷。孝莊帝派爾朱世隆前去和她談心，希望她能夠深明大義！皇後卻說：“陛下的天下是我們爾朱家打拚下來的，現在竟敢如此對我，如果當初我父王做了皇帝，恐怕現在也不會滋生這些事端。”爾朱世隆說道：“可惜天不遂人願，當初要真是令尊做了皇帝，那至少現在我也能做王了吧。”
麵對爾朱榮和爾朱皇後，孝莊帝有一種前後夾擊的感覺。總是悶悶不樂！值得慶幸的四方寇盜尚未平定，孝莊帝希望能用這幫賊寇來牽製爾朱榮。可真等到平定了關、隴地區，好消息接連不斷傳到孝莊帝耳朵的時候，他卻一臉愁容，對尚書令臨淮王元說道：“恐怕從今往後，天下再無賊寇了吧！”元見孝莊帝臉色不悅，說道：“隻怕是賊寇平定之後，才更加需要陛下操心呢。”為了不讓其他人感到奇怪，孝莊帝連忙岔開話題說道：“是啊！戰亂之後安撫百姓，是件更費心思的事情。”四方平定無事後，爾朱榮向孝莊帝上奏：“參軍許周認為我應該被授予九錫，擁有享受至高的榮譽。我很討厭他那麼說，罵了他一頓就叫他走了。”其實，當時爾朱榮心裏特別希望孝莊帝能特別對待他，想用這些話來暗示孝莊帝。孝莊帝在心裏沒買爾朱榮的賬，隻是表麵上對他的赤膽忠心，大加稱讚了一番。
爾朱世隆對孝莊帝的所作所為感到懷疑，便匿名寫了個紙條貼在自己家門上，紙條上寫到：“陛下與楊侃、高道穆等人已經商量好了，打算將天柱將軍爾朱榮滅掉。”爾朱世隆接著又把紙條遞給了爾朱榮。爾朱榮不以為意，對自己強大的勢力信心百倍。隨手撕了紙條，朝地上啐了口吐沫罵到：“爾朱世隆你膽子也太小了吧，也不想想我是何等人物，誰敢如此膽大妄為！”爾朱榮要入朝麵聖，他的妻子北鄉長公主勸他不要去，可爾朱榮還是執意前往。
爾朱榮兵發並州，共率騎兵四五千人。人們議論紛紛，有的說：“看來這次爾朱榮是真的要造反了”，也有的說：“陛下這次一定不會心慈手軟，爾朱榮怕是性命不保。”孝莊帝在爾朱榮率軍抵達洛陽時，就忍不住想殺了他。但考慮到當時太宰元天穆還在並州，擔心輕舉妄動容易滋生後患，便忍住沒殺他。下令召元天穆進京。有人向爾朱榮報信說：“陛下想加害於你。” 爾朱榮聽到這話時，覺得不是空穴來風，為了試探對方的動靜，他立即將這話全部上奏，孝莊帝強裝鎮靜地安慰，說：“我也聽說你打算害我，可是轉念一想，沒準是那些小人們的離間之計，也就沒放在心上。” 爾朱榮心裏的疑慮消除了，每次入朝也隻是赤手空拳的帶幾名隨從罷了。孝莊帝也想放棄追殺爾朱榮，誰曾想，城陽王元徽說：“即使現在爾朱榮不反叛，那也不能容忍他這麼樣下去！再說，陛下能保證爾朱榮不再有反叛之心嗎？”