用藥禁忌主要包括配伍禁忌、病證用藥禁忌、妊娠用藥禁忌和服藥時的飲食禁忌。
一、配伍禁忌
配伍禁忌是指某些藥物合用後會產生劇烈的毒副作用或降低和破壞藥效，因而避免使用。金元以來，配伍禁忌被醫家概括為“十八反”和“十九畏”，累計37種反藥。十八反：烏頭反半夏、瓜蔞、貝母、白蘞、白及；甘草反海藻、大戟、甘遂、芫花；藜蘆反人參、沙參、玄參、丹參、苦參、細辛、芍藥。十九畏：硫黃畏樸硝，水銀畏砒霜，狼毒畏密陀僧，巴豆畏牽牛，丁香畏鬱金，牙硝畏三棱，川烏、草烏畏犀角，人參畏五靈脂，官桂畏赤石脂。“十八反”、“十九畏”並非絕對的配伍禁忌，而是有條件的配伍禁忌；“十八反”、“十九畏”之外的藥物之間的配伍，亦非百無禁忌，在特定的條件下，有可能也存在配伍禁忌。
二、病證用藥禁忌
某類或某種病證應當避免使用某類或某種藥物，稱為病證用藥禁忌。由於藥物皆有偏性，或寒或熱，或升或降，或補或瀉，用之得當，可以以其偏性糾正疾病的病理偏向；若使用不當，其偏性會反助病勢，加重病情。因此，凡藥不對症，藥物功效不為病情所需，有可能導致病情加重、惡化者，原則上都屬禁忌範圍。病證用藥禁忌的內容涉及很廣。各論中，各節概述部分將具體介紹與該類藥物有關的病證用藥禁忌。此外，在部分藥物的“使用注意”項下，還將介紹與該具體藥物有關的病證用藥禁忌。
三、妊娠用藥禁忌
婦女在妊娠期間，除為了中斷妊娠、引產外，禁忌使用某些藥物，稱為妊娠用藥禁忌。除此之外，凡對母體不利、對胎兒不利、對產程不利、對產後兒童生長發育不利的藥物，對妊娠婦女均當盡量避免使用。總的說來，凡對妊娠期的母親和胎兒不安全及不利於優生優育的藥物，均屬妊娠禁忌藥。
四、服藥時的飲食禁忌
指服藥期間對某些食物禁忌，簡稱服藥食忌，俗稱忌口。《本草經集注》指出在服藥期間，一般應忌食生冷、油膩、腥膻、有刺激性的食物。根據病情的不同，飲食禁忌有區別。如熱性病，應忌食辛辣、油膩、煎炸性食物；寒性病忌食生冷食物、清涼飲料等；脾胃虛弱者忌食油膩、寒冷固硬、不易消化的食物；食油過多，會加重發熱；食鹽過多，會加重水腫。