南京大屠殺日軍南京大屠殺基本可分為兩大類，即：集體屠殺和分散屠殺。據不完全的統計，集體屠殺毀屍滅跡者達19萬人之多。據中國審判戰犯軍事法庭對315起控訴案的查證結果，屬集體屠殺而焚屍滅跡者共有28案，其中屠殺數在千人以上的集體屠殺案件有10起，它們是：1937年12月15日，在上元門外沿馬路至魚雷港江邊一帶，日軍用機槍射死被捆的俘虜和老百姓達9000人以上。10月25日下午13時，中國軍警2000餘人為日軍俘虜後，被解赴漢中門外，用機槍密集掃射，尚未死者悉遭活焚。12月16日下午6時，聚集華僑招待所之難民5000餘人，被日軍押往中山碼頭，用機槍掃射後，棄屍江中。12月16日，日軍在大方巷難民區內，將青年單耀庭等4000餘人，押送下關，用機槍射殺，無一生還。12月17日，在煤炭港下遊之江邊，日軍對約3000名被拘禁者，初以機槍掃射，繼將剩下的2000餘人驅入一茅屋內，澆上汽油燒死。12月18日夜間，日軍將被囚禁在幕府山的中國軍民5.7萬多人，以鉛絲紮捆，驅集下關草鞋峽，然後用機槍射殺，其尚能掙紮者，均遭亂刀戳斃，並將全部屍骸，澆以煤油焚化。12月間，在城外寶搭橋及魚雷營一帶，日軍屠殺中國軍民3000人以上。12月間，日軍在上新河地區屠殺中國軍民28730人。12月間，難民和被俘士兵7000餘人，在南門外附近鳳台鄉、花神廟一帶被日軍槍殺。12月間，日軍在燕子磯灘屠殺難民和解除武裝的士兵5.5萬人以上。
除集體屠殺外，日軍零星的分散屠殺更是不計其數。據中國戰犯審判軍事法庭《穀壽夫戰犯案判決書》附件記載，除上述10起集體屠殺案外，還有有據可查、規模不等的屠殺事件870餘起。據不完全統計，分散屠殺人數至少在15萬以上。
12月13日南京城淪陷以前，日軍主要在東起棲霞、龍潭，西至板橋、雙閘，南從六山、牛首，北達長江北岸和浦口的廣大郊區農村進行屠殺。凡是日軍所到之村鎮，都染有中國人民的鮮血。如江寧湯山鎮許巷村近200戶人家，就有100多個年輕人被日軍刺死。由城裏逃難到沙洲圩的南京煙草公司經理馬明福一家6口，及其親戚7口，外加本村50多人，也都慘死在日軍的屠刀下。日軍對南京市區的屠殺是從12月13日占領南京市區以後開始的，先是在南京各城門內外，大肆屠殺；然後，殺向市區大街小巷。日本東京《日日新聞》隨軍記者鈴木二郎揭露說：“從光華門北上，走向中山東路，在光華門馬路兩邊，看到接連不斷的散兵壕，都填滿了燒得焦爛的屍體，馬路中間橫倒的許多木柱下麵，壓著的都是屍體，四肢斷折飛散，有的缺肢少腿，身首異處，不啻是一幅地獄圖畫。”
日本兵在南京城內任意屠殺中國的兒童。一個外國證人說：“中國人像兔子似的被獵取著，隻要看見那個人一動就被槍擊。”中國軍事法庭在《穀壽夫戰犯案起訴書》中，對日軍的這類殺人暴行作了描述；“吳學詩等拉夫不從被殺，李又名等完成夫役亦被殺，殷德才等見放火施救即被殺，張貢才見燃燒民房哀求亦被殺，又李孫民之被殺，以其避難於防空壕中，韓馬民等數十人之被殺，因強索柴米之告罄；又向趙陸氏等索姑娘不獲殺之，強奸周張氏等不遂殺之，強奸或輪奸楊劉氏等後又殺之；又張世雄等因護子女而被殺，王三毛見父母被害號泣而被殺。”
在南京大屠殺中，日軍常用的手段有槍擊、刺殺、砍頭、刀劈、剖腹、挖心、水溺、火燒、狗咬、活埋、錐刺、摔摜、活靶、宮刑、穿刺陰戶和肛門等等，屠戮手段之殘忍，也許在原始社會時期也不曾有過。