日軍在南京大規模的獸行，延續達6周之久，涉及地域之廣，強奸人數之多，其手段之毒辣，在人類曆史上實屬罕見。據遠東國際軍事法庭認定：“在占領後的一個月中，在南京市內發生了2萬起左右的強奸事件。”日軍的種種獸行表明，其人性已經泯滅殆盡。就連日本的盟友、德國政府也從它派出的代表得到報告說：“這不是個人的而是整個陸軍，即日軍本身的殘暴和犯罪行為。”該報告最後把製造這種暴行的日軍稱為“獸類的集團”。
日軍在侵戰南京後的所作所為，在中國人的心裏留下了永遠也磨不掉的陰影，中國人應時刻謹記。除此，還要對此進行社會學、人類學乃至心理學的科學分析，因為有史以來的侵略戰爭還不曾有此記錄，說明了日本人的殘暴和心理畸形。
4.公然的強盜
日軍在南京的另一暴行是對一切財物的掠奪。從城外到城內，從城內各個角落到難民區，無時無處不搶。全城所有私人住宅，不論是中國人的還是外僑的，都遭日軍“光顧”，劫掠一空。搶劫的時間，長達2個月。特別令人氣憤的是，搶劫、強奸、縱火往往是同時進行，有時還要殺人滅口，搞得不少市民人財兩空，家破人亡。一位外僑在信中說，“城內幾乎每所房子都遭到了日本兵掠奪，即使美國、英國、德國使館和大使官邸及外僑住宅，也未能幸免。各種車輛、衣服、被褥、毛毯、鍾表、字畫、食物、現金，以及其他稍有價值的物品，都是他們掠奪的對象。”
日軍在南京大肆搶劫日軍大規模的搶劫是在其既定的掠奪政策指導下，有組織地由各部隊進行的。南京金陵大學教授貝德斯博士在遠東軍事法庭作證說：“這種搶劫是非常有組織的，使用了許多軍用卡車，並且在軍官的指揮下進行。”日軍有組織掠奪的主要對象是機關、學校、工廠、倉庫和商店。一位留在南京的美國公民在信中寫道：“南京的店鋪尚未遭到襲擊的，隻有國際委員會的米店和軍用倉庫。大多數的店鋪，日本兵一來，先把明顯的東西搶走。接著在軍官的指揮下，有計劃地把一切物品用軍車拉走，爾後付之一炬。”根據戰後南京市臨時議會不完全調查統計，在南京事件中，日軍共搶劫各種器具30.9萬多件，衣服590多萬件，金銀首飾1.42萬兩，書籍14.86萬冊，古字畫2.84萬件，古玩7300件，牲畜6200頭，糧食1200萬石。所搶劫的其他財物，如工廠設備、原料、車輛、鐵器等尚未統計。
縱火是日軍摧毀古都南京的主要手段，也是其重要的暴行之一。日軍占領南京之初，就在其軍官指揮下，士兵手執火把在大街小巷橫衝直撞，到處隨意放火。12月20日，一位外僑在日記中寫道：
暴行繼續發生。全城大火蔓延。下午5時，我和史密斯乘車外出，城內最繁榮的商業區太平路一帶，火焰衝天。向南行，我們目睹日本兵在店鋪內放火，再向南行，看見日本兵忙於把東西裝入軍用卡車。夜間，我從窗口眺望，14處火舌正向天空飛騰。日軍不僅在城裏縱火，而且郊區農村也沒有逃脫日軍的洗劫。
日軍縱火時間長達數月。德國駐華使館外交官羅森，1938年1月15日在給德國外交部的報告中說：“日本軍隊放的大火在日軍占領一個多月之後至今還在燃燒”。這次日軍縱火破壞究竟有多大？遠東國際軍事法庭判決書認定：“市內的商業區一塊一塊的，一個接一個的被燒掉，……全市約1/3被毀了。”至於郊區，則“在南京四周200華裏（約66英裏）以內所有村莊，大體上都處於同樣的狀態。”另據戰後南京市臨時議會1946年公布的《抗戰損失調查》表明，全市共損壞高大華麗房屋748幢和3.1萬多間。