1941年上半年，德國在大西洋活動的潛艇平均每天增至25艘，意大利潛艇也開始參加作戰，致使盟國和中立國商船損失的總噸位數持續上升。1941年4月，美國把泛美安全區從西經60°向東延伸至西經26°，並於9月由美國海軍提供護航，這樣便使德國潛艇受到限製。1941年6月22日，德軍入侵蘇聯，德國潛艇隨後開始攻擊同盟國駛往蘇聯北方港口的護航運輸隊。1941年12月珍珠港事件發生後，德國海軍潛艇又開始在北美洲和中美洲沿海進行單艇作戰。
從1939年9月～1941年12月，德國潛艇共擊沉盟國艦船410萬噸，占這期間盟國艦船損失總數760萬噸的54％，德國也損失潛艇43艘。
針對戰爭初期德國海軍的攻勢，英國海軍投入各種兵力實施反封鎖作戰。
英國海軍進行封鎖作戰的主要兵力是大型水麵艦艇。歐戰前夕，英國海軍部隊已裝備聲納，足以對付潛艇的威脅。英國海軍為了防止德國海軍艦隻進入大西洋，派出了若幹艘戰列艦、巡洋艦和艦隊驅逐艦，在英國與加拿大之間以及英國與美國之間的航線上對航運實施直接警戒，經常變換運輸船隊的航線，在交通要道附近海區派出巡洋艦進行巡邏。1939年9月初，英國海軍部組建了一支特別作戰群，編有戰列艦“納爾遜”號和“羅德尼”號、戰列巡洋艦“反擊”號、航空母艦“皇家方舟”號、巡洋艦“曙光”號和“謝菲爾德”號以及艦隊驅逐艦10艘，此外還包括北海巡邏隊的艦船，其任務是阻止德艦進入大西洋，負責直接掩護英國和挪威之間的航運。為此，海軍部還擬定使用駐泊在羅賽特和斯卡帕灣的海軍主力支援北海巡邏隊，並抽調一部分兵力在挪威海南部和堡克尼群島之間進行巡邏，組織一個艦群在接近多佛爾海峽的通道上掩護向法國運送部隊與裝備的船隻。為了控製接近英吉利海峽和愛爾蘭海入口的西部通道，掩護往返於英國和法國各港口之間的船隻，在波特蘭組建一支名為“海峽部隊”的艦艇支隊。此外，還向直布羅陀派出一個獨立作戰群（轄第3驅逐艦總隊），負責阻止德國海軍潛艇進入地中海。
英軍封鎖作戰的另一項措施就是布設雷障進行防潛。此外，為了加強對德國海軍的封鎖，英海軍曾使用快速布雷艦和驅逐艦在德國控製的海區進行數次布雷。英國空軍對德軍的攻勢布雷效果較好，但開始得較晚，到1940年4月13日才開始第一次布雷。當德軍在西歐發起攻勢時，英國海軍又把布雷封鎖問題降到了次要位置。
為了封鎖和破壞德國的海上交通線，英國成立特種輔助巡洋艦隊，監視通往德國的航運，強行檢查往返於德國港口的運輸船，截獲德國船隻。在冰島附近、赫爾果蘭和斯卡格拉克海峽的出口處，以及挪威沿海附近部署潛艇，襲擊德軍艦船。1940年6月，德軍占領挪威和法國各基地、港口後，英國海軍為了阻擊德國海軍水麵艦艇和潛艇進入大西洋，開始將潛艇部署在挪威和比斯開灣德軍基地附近海區，航空兵也開始在德軍新設基地的航道上布雷。
英國海軍航空母艦艦載飛機在戰爭初期裝備的是普通炸彈，不適於反潛。自1939年9月17日“勇敢”號航空母艦被德國U－29號潛艇擊沉後，英國停止使用航空母艦反潛，而把反潛巡邏任務交給岸基航空兵負責。但岸基航空兵巡邏受距離的限製，發現敵潛艇機會少，直至1940年1月，英國海軍才有幾架飛機開始安裝雷達，投入反潛。英國海軍對反潛炸彈的研製較晚，而航空兵又都是單獨行動，很少與水麵艦艇進行協同作戰，因而岸基航空兵反潛效果不大，僅在1940年中期才擊沉德國海軍U－64號潛艇。
蘇德戰爭爆發後，德軍對英國本土的空襲減少，使英國得以抽調部分掩護基地的航空兵加強護航運輸隊的空中掩護，並派出較好的艦隻為運輸隊護航。1941年9月，美國承擔大西洋西部護送快速運輸隊的任務。12月8日（東京時間）珍珠港事件後，美國直接參戰，英美又聯合製定了新的護航計劃。