與此同時，一夥叛軍闖入天皇侍從長、前海軍大將鈴木貫太郎的官邸，20多名叛軍將鈴木團團圍住。鈴木平靜地問叛軍：“你們這樣做肯定是有原因的，請誰告訴我是什麼原因？”誰也沒有回答。鈴木又問一遍，仍沒有人回答。當鈴木第三遍問起這個問題時，叛軍的一個頭目咆哮道：“別廢話，沒時間了，我們要開槍了。”說著，叛軍開始開槍。鈴木身中數彈，其中一槍擊中下腹，一槍打入胸口。他倒下之後，幾個叛軍還給他補了幾槍。神奇的是，這位年邁的前海軍大將居然沒有被擊中要害，死裏逃生。
其他幾組叛軍的目標是攻占警視廳、大藏省和教育總監大樓，擊殺親美派牧野和元老西園寺公爵。黎明之前，叛軍控製了警視廳大樓，並闖入藏相和總監的官邸，槍殺高橋藏相和渡邊教育總監。牧野聞訊逃脫，而派去擊殺西園寺公爵的叛軍懾於公爵威望，沒有動手。
從2月26日到2月27日，日本東京事實上處於權力真空狀態。日本政府大權旁落，叛軍占領著陸軍省、首相官邸、警視廳、大藏省等要害部門。日本陸軍一方麵害怕事態進一步擴大，迅速調來援軍，包圍了叛軍所控製的地點，一方麵還幻想與叛軍妥協。陸軍省向叛軍發出一封“勸誡書”，甚至將這次叛亂稱為起義，“承認諸位行動之動機出於真誠謀求顯現國體”，並表示軍方“一致同意努力實現上述目標”，但必須由天皇旨意裁定。更可笑的是，軍方還發布了一道緊急防衛命令，命令叛軍守衛自己占領的地區。陸軍的態度引起裕仁天皇的憤怒。年輕的裕仁在皇宮召見軍方首腦，他對遲遲不采取強製手段平息叛亂表示不滿，直率地對惶恐不安的陸軍首腦說：“如果陸軍不能鎮壓叛軍，我將親自勸阻他們。”
天皇的發怒迫使軍方迅速行動。2月28日拂曉，陸軍當局發布以天皇名義發出的敕令，命令叛軍次日上午8時之前撤離所占領的據點，返回營房，否則軍隊將對他們開火。與此同時，更多的援軍開入東京，一批坦克駛上街頭，將炮口對準叛軍控製的據點，坦克兩側掛著醒目的標語：“勿抗敕令”。海軍派來了聯合艦隊的戰艦，停泊東京灣，海軍陸戰隊做好作戰準備。數架滿載炸彈的轟炸機在東京上空盤旋，扔下無數《告下士官兵》傳單，上麵寫著幾行大字：
1．速回原部隊，為時未晚；
2．抗拒者為叛匪，將予槍殺；
3．汝等父母兄弟皆因各位成為國賊而哭泣。
與此同時，當局在叛軍據點四周建築物上架設高音喇叭，一刻不停地發出“回頭是岸，為時不晚”的警告。
29日上午10時，叛軍營壘開始分化，30多名叛軍士兵首先走出據點，向政府投降。到中午時，除占領首相官邸和山王旅館的幾夥叛軍外，其他叛軍官兵已返回營地。下午2時，占領首相官邸的叛軍投降。3時，日本廣播電台播出一條新聞，稱叛亂已經完全結束，軍方未發一槍一彈。
在隨後的幾個月中，日本政府對“二二六”叛亂的策劃指揮者進行了漫長的秘密審訊。7月12日前後作出判決，13名叛軍首領和包括北一輝在內的4名文官被處以死刑，更多的人被判刑，3000多名軍官被解職或調離崗位，皇道派遭到全麵清洗，統製派繼續大權在握。
“二二六”事件後不久，岡田啟介內閣辭職，具有法西斯背景的廣田弘毅出任首相。
軍部最初曾企圖最大限度地利用政變的結果，來成立一個軍事獨裁內閣，由於種種因素使其未能得逞。但表現在政變上麵軍部的壓力已非常明顯，各政黨不待說對於繼任內閣人選問題已完全喪失了發言權，元老、重臣和宮廷勢力也不得不在考慮軍部意圖的前提下進行決定繼任內閣人選的工作。也就是說，作為繼任首相的首要條件，必須是軍部所同意的人物。廣田弘毅正是在這種形勢下，經過軍部同意被推出組閣的。軍部對組閣進行了露骨的幹涉，在它的控製下，寺內壽一大將被任命為陸相。廣田內閣一開始就接受了軍部提出的“庶政一新”和“廣義國防”的要求，開始推行準戰時體製。