韓氏基本所有的資金都被調往南片區工廠建設，何正重要求短期內理清應收帳款，抽出現金，源源不斷地支援研究院建設，還向銀行抵押土地和廠房設備，獲得了最大限度的貸款。
研究院的工地四周全部用塑料布圍了起來，從外麵看不到裏麵的情景，入口處也有專人把守，任何無關人員不得進入，進出車輛憑通行證通行，雖然看不到裏麵在幹什麼，但頻繁進出的各式工程車和裏麵轟隆隆的機械操作聲音，可以想像這個工程正在全力以赴地加快進程。
地下被挖出深達十多米的深坑，已經在澆基礎，結構複雜的鋼筋道縱橫交錯，水泥漿注入模板後，一個不知道有何用處的龐大地下建築正在形成雛形。
工程夜以繼日地推進，僅僅四天，已挖出土方十多萬立方，用去的鋼材料達千噸，工程總指揮部設在一間用幾個集裝箱改造的臨時房子裏，裏麵燈火通明，一排整齊的電腦前麵，各工設計和監督人員忙碌不停，桌子上堆滿了圖紙，三個小會議室沒有一刻空閑過，不斷有工程人員坐在那裏討論問題。
黑山任研究院工程總指揮，整個工程由曾經建設過中國最大的地下核彈貯存場地的11780部隊工程部接任，以高出預算二倍多的價格，承包給甲方，並在工程開始前，就劃撥了一半的工程款。
11780工程部隊有著豐富的地下建設經驗，不但手下全是精兵強將，而且有一套嚴密的保密措施，全部工作人員來自遠方的城市，坐包機秘密到達本市，吃住在密閉的環境裏，工程完工後會悄無聲息地撤退，沒有人知道誰來過，也沒有人知道他們幹了些什麼。
材料需要在當地采購，但供材方並不能看到裏麵的場景，他們送到的材料被要求堆放在場外某個指定的地點，現場驗收結款，放下東西走人，不允許逗留，也不允許打聽任何相關的事宜，更不能在現場拍照錄像，否則不但會被扣款，嚴重的還會把人扣留。
有些材料需要用車子運進去的，到了門口，原司機下車，由部隊專門的司機接替把車開進去，卸下後再把空車還給他們。
為了保密，把整個工程切成幾個碎塊，設計、施工、監督和驗收，都是獨立的，相互並不交叉，設計的完工後，就交給施工方，不再管下一個環節的事，每一道工序都有一個單元來負責，不得越權打聽另一單元的任何信息，如果需要溝通，則由總指揮部統一來協調。
在工地，燒飯的不知道誰在吃他燒的菜，吃飯的看不到燒菜的人，整個工地的供水、供電都是獨立的，外界根本算不出這裏到底用了多少電，有多少人在幹活。
黑山對工程的保密要求，苛刻到了令人發指的程度，工程的第二天，塔吊上一根鋼筋沒有捆紮緊，從高空落下，意外插入地麵上一個工人的大腿，工人當即痛得昏死過去，工程隊有隊醫，但技術和條件都不允許救治這名傷者，於是提出到附近醫院接受治療，本來這名傷者也不會有生命危險，手術拆除鋼筋後，最多療養幾個月就可以恢複身體了，但黑山假裝答應，派了救護車在門口接應，卻把傷者拉到半路上，挖了坑活埋了，當然，裏麵誰也不知道這名工友已經被害，還以為正在醫院裏治療養傷呢。
根據約定，研究院需要在一個月內完工，包括裝修和綠化配套，這是個幾乎不可能完成的任務，龐大複雜的地下建築，水泥澆灌硬化需要大量的時間，為了趕進度，富有經驗的工程部隊運用添加硬化劑，提高地下溫度，幹燥空氣，抽水氣等方法，硬是在保證質量的情況下，把硬化時間從原先的十天縮短到二天，當然，黑山答應給他們追加預算，隻要工程能保質按時完成，錢不是問題。
研究院最大的主體工程並不在地麵，而是地下，幾萬平方，有著五層錯綜結構的地下建築，幾乎與湖麵的麵積相當，也就是說，整個湖麵的下麵，隱藏著一個神秘的地下室。
因為工期緊張，拿到設計圖紙時，工程設計人員驚呆了，這樣龐大的工程，以前至少有六個月以上的前期土質和地質堪探工作，上麵又是一個大湖，對抗壓、抗水都是一個極大的考驗，他們集中了所有的人力，沒日沒夜地研究方案，僅僅用了一個星期，就把設計方案全部完工。
工程方有個規定，隻做工程，不會去過問甲方建造的目的和用途，按甲方的要求完成任務是他們的使命。
地下工程的通風、供水供電、安全保障都是獨立的，並有兩路以上的保障，奇怪的是，采光要求沒有被提及，而且地麵以下，不留窗戶，照明全部來自人工光源，空氣循環也進行了嚴格的過濾，對空氣中細菌和塵粒的含量有極其嚴格的要求。
在地下最底層，是一個頂部為圓穹形的建築，圓弧率的誤差要求控製在萬分之一內，地麵平整度不得超過千分之一度，所有的材料全部甲A級，這個圓頂的澆築，確實給施工方出了個大難題，高質控要求和宏大的建築標的，無論是質量還是難度上，都是前所未有的，最後是運用了分體澆灌連接法，才總算完成了穹頂的結構，總共用去一萬八千多根精密高密度鋼板，拚成了圓頂支撐，再把水泥漿注入，強行熱氣流幹燥，拆除鋼板後手工打磨，工程隊把一半的人力物力投入到這一塊硬骨頭上，用去十多天的時間，才把這個難關給攻了下來。