耶律阮領兵進駐南京，派皇族五院夷離堇安端、詳穩劉哥率軍迎戰李胡。
安端軍在泰德泉與李胡軍相遇，雙方交戰。這時，因許多將領及其親屬分別在耶律阮和李胡軍中，仗打起來，勢必父子兄弟相互殘殺。將士們出現強烈的厭戰情緒，述律皇太後所派漢將、排陣使李彥韜也率部陣前倒戈，降耶律阮，太後一邊軍心渙散。見此情景，耶律阮派屬將、郎君勤德過河麵見述律太後，表示願意和解。耶律李胡卻把耶律阮一邊將領們留在上京的家屬全部抓起來，以致京城流言四播。述律太後命人修書一封，交由屋質麵見耶律阮講和。起初，耶律阮還因太後偏袒耶律李胡，說了一些氣話，經耶律屋質再三勸導，怨恨始解，派耶律海思複見太後。雙方往返數日，才約定罷戰協議。耶律阮的帝位終於得到述律太後及其他契丹貴族的認可。
大同元年，耶律阮進入上京，正式實施他的統治。
耶律李胡並不死心，仍間接、直接地倚仗述律太後的支持，結納同黨，再謀奪權。為徹底打擊反對派，耶律阮采取了果斷強硬的措施，以謀廢立之罪名，把李胡連同太後遷到祖州囚禁起來。加封曾經擁戴過自己的耶律吼、耶律窪等人。同時，耶律阮尊母蕭氏為皇太後，把母親一族的親屬定立為國舅帳。
但是耶律阮的皇權統治並沒有完全穩固下來。由於他傾慕中原文化，政治上重用漢族士人，軍事上信任投降晉軍。逐漸引起契丹貴族的不滿。天祿二年，蕭翰與太宗的次子耶律天德以及耶律劉哥、耶律盆都等勾結一起，陰謀造反，發動政變奪權。耶律阮得知，命屋質分別對他們審訊定案，誅殺天德，流放劉哥於邊地，罰盆都出使轄戈斯，蕭翰施以杖刑後被釋放。天祿三年，蕭翰與阿不裏一起寫信聯絡明王安端，再次謀反。不料書信被耶律屋質截獲，下令把蕭翰處死，把阿不裏關進牢獄，貶安端統領部族軍，阿不裏死在獄中。
耶律阮穩固了自己的統治以後，集中精力南顧中原地區。
這時，中原地區已發生了較大變化。劉知遠在晉陽稱帝，耶律阮召集群臣，商議大規模出兵南征。打下了貝州高老鎮，兵掠鄴都、南宮、堂陽等數州地，殺後漢深州刺史史萬山，俘獲甚多。次年，耶律阮又親自領兵南侵，攻下安平、內丘、束鹿等城，仍俘掠而還。天祿五年九月，耶律阮準備南征，卻不料又發生了叛亂。察割本因擁立之功，被耶律阮封為泰寧王。還在蕭翰叛亂時，察割即因揭發其父安端參與蕭翰謀反，得到耶律阮的寵信，讓他留在朝中，極得信任。但察割背地裏卻在積極活動，策劃奪權。耶律屋質看出了他心懷叵測，提醒耶律阮注意。耶律阮不信，此次南征，仍讓察割統軍從行。等耶律阮軍隊到化州祥古山，與太後蕭氏祭奠耶律倍後，與群臣聚飲大醉。突然一刀銀光而閃，雖有醉意，以他的本能，卻是能夠躲開，隻是看見那是銀月雙刃之時，卻閉上了雙眼，露出了安詳的笑容。