第二天，當太陽剛剛升起時，不花刺人打開了城門，表示他們已自願停止抵抗，教長、學者等到陛下處屈膝請降。成吉思汗騎馬巡視了城堡以後，進入城內。他縱馬進人大清真寺，停留在祭壇前，這是伊斯蘭教首領舉行祈禱，並於祈禱後宣布某人為主君的特殊場所。隨後拖雷也趕來了，登上了清真寺進行說教的講壇。成吉思汗問道：“這裏是算端的宮院嗎？”有人對他說：“這是主的廟宇！”這時，成吉思汗跳下馬來，踏上講壇的兩三級，向圍觀的城民們說道：“原野上沒有草了，將我們的馬喂肥吧！”不花剌人打開了城內倉庫的門，把穀物搬取出來，裝《古蘭經》冊的箱子變成了養馬槽，古蘭經被扔得遍地都是。隨後，蒙古人又命令把盛酒的袋子堆在清真寺裏，他們傳杯遞盞，開懷痛飲，還把城中歌姬強拉了來，命她們唱歌跳舞。蒙軍將士們欣喜若狂，放聲用蒙古語歌唱。而那些伊斯蘭教首領、博士、學者，則替蒙古人看守馬廄中的戰馬，執行總管的命令。過了，一個時辰，成吉思汗才動身回營，聚集在那裏的人群開始離開，古蘭經的書頁在他們的足下和馬蹄下被踩成了爛泥。一位以虔誠和苦行聞名的河中地區的宗教首領實在不能忍受這種侮辱，向“世界最優秀的一名學者”問道：“這成何體統？天啊，眼前的事，我在夢中看見，還是在清醒時看見？”那位“世界最優秀的學者”則說：“別出聲，這正是真主吹動的萬能之風，而我們無權發言。”
接著，成吉思汗從城裏出來了。他把全體居民召集到城外舉行公共祈禱的廣場上，登上講壇發表講話，譴責算端的背信棄義，他說：“大家該知道，你們犯下了大罪，你們的大臣都是罪魁。在我麵前顫抖吧。我憑什麼這樣說呢？因為我是代表上帝來懲罰你們的。如果你們沒有犯下大罪，偉大的主決不會讓我來懲罰你們的！”這就是成吉思汗向不花剌的百姓和教徒們所宣布的理論，這是一種征服者的理論，但當地的教長和紳士們居然認為“這正是真主吹動的萬能之風”，默認了這種理論。
當成吉思汗講話結束後，他召見了城中的財主富翁們，要求他們獻出自己的財產。他共召見270人，其中有本城財主190人，其餘為外地人。他說：“不必說出你們在地麵上的財物；把埋在地裏的東西告訴我，”為此，他讓人們把那些富人的管家叫來，讓他們帶著蒙古人去搜查那些富人的財物。隻要他們交出金錢就不施苦刑來折磨他們。從此，每天，當太陽升起時，衛士都要把一群名紳帶到世界皇帝的朝見殿。
內堡的反抗被肅清後，成吉思汗下令把城牆和外壘蕩為平川，所有的居民都被集中到郊外的平原上，除隨身衣物外，不許攜帶其他任何物品。然後他放蒙古軍再次入城，搜集、搶劫一切有用的財物。成吉思汗免他們不死；但適於服役的青壯年和成年人被強征人軍，隨同蒙軍去進攻撒麻耳幹和其他城市。
當時，有一個人在不花剌陷落後逃到了呼羅珊，人們向他打聽不花剌的命運，他說：“他們到來，他們破壞，他們焚燒，他們殺戮，他們搶劫，然後他們離去。”這就是蒙古軍隊攻占不花刺的基本情況。
後來，成吉思汗委派塔兀沙擔任八思哈（鎮守官），負責治理不花刺。經過若幹年的努力，不花剌才逐步恢複了昔日的繁榮。
四、攻克新都
撒麻耳幹，現屬烏茲別克斯坦，漢文譯作撒馬爾罕。因它建立在劄拉扶桑河（澤拉夫善河）南岸，又被稱為河中府。西遼建立後，原以虎思斡魯朵為都城，後來又以尋思幹為都城，建立東西二都。屈出律夥同花刺子模推翻西遼後，河中府一帶即屬花刺子模所有，摩訶末於是將首都從玉龍傑赤遷徙到撒麻耳幹。誌費尼曾這樣描寫這座城市：“論幅員，它是算端諸州中最大的一個，論土地，它又是諸郡中最肥沃的一個，而且，眾所公認，在四個伊甸園中，它是人世間最美的天堂。”