一、遠離紛爭
孔子回到魯國時，國內關於是否接納魯昭公回國的鬥爭已經平息，但國外以及昭公攜帶的一夥人中圍繞這個問題的鬥爭仍在繼續，並時時牽動著魯國政局。
在以晉國為盟主的諸侯國中，宋、衛等國支持魯昭公返魯，晉、齊二國則持反對態度；在晉、齊內部，晉頃公、齊景公同情魯昭公的遭遇，但他們的一些大臣，如晉卿範獻子、齊侯寵臣梁丘據，則持消極態度，認為昭公罪有應得；在昭公流亡集團中，原魯大夫子家子勸說昭公要審時度勢，盡早回國，其他人則提出一些不切實際的要求，從中阻撓。這些錯綜複雜的關係，使昭公複國問題一直懸而未決。這位流亡君主終於在他出走以後的第七年（魯昭公32年），飲恨病死於晉國乾侯。
昭公死後，季氏廢置昭公諸子，改立昭公之弟公子宋為君，是為定公。不久，昭公遺體運回魯國，季平子打算把他埋葬在魯公墓（國君墓地）一旁，中間挖一條溝，將其墓區與魯先君墓分割開，由於魯大夫榮成伯反對而沒有這樣做；又打算給昭公一個壞諡號，也因榮成伯反對而取消此念；最後，他把昭公葬在魯公墓道南，同道北的魯先君墓相隔較遠。
孔子回國後，對國內外圍繞魯昭公問題展開的上述衝突保持沉默。為昭公問題所困擾的季氏等魯國當權者也無心顧及孔子。在這場曆時七、八年之久並波及諸侯各國的政治大衝突中，朝野之間，各派力量之間的明爭暗鬥和各種複雜關係使孔子不快。他深感世亂已久，自周人東遷以來，王室衰微，諸侯攻伐，大夫僭越，苛政如虎，民無寧日。動亂的時局以及他在齊國遭受的挫折使他不願卷入眼前鬥爭的漩渦中去。在無力從政的情況下，他深居簡出，集中精力從事思想文化研究和越來越繁重的教學活動，希望從詩書禮樂中尋求救世治國之道。魯定公即位之初，有人問孔子為什麼不參與政治，他針對相互傾軋的政治現象，回答說：
“用自己的行動，把上講的孝順父母、友愛兄弟的風氣影響到政治生活中去，這就是參與政治呀！為什麼一定要做官才算參與政治呢？”
在這段長達14年的歲月裏，孔子甘心過普通人的清貧生活：吃粗糧，喝涼水，彎起胳膊當枕頭而自得其樂。有一次，他的愛犬死了，按當時的習俗，應該拿一張車傘蓋把屍體包裹起來，可是他窮得連一張舊傘蓋也沒有，隻好用一條舊席子卷起來埋掉。他忍受著經濟上的困乏和政治上的寂寞，把全部熱情傾注在文化教育事業上，從中尋求一種平凡而崇高的精神生活。他向人們談到自己的實際感受時，說：學而時習之，不亦說乎？有朋（門弟子）自遠方來，不亦樂乎？人不知而不慍，不亦君子乎？學問上不斷進取，得天下英才而教，乃人生一大樂事。精神上的充實遠比物資上的享受更使人愉悅，即使旁人不了解自己，那又何必煩惱？
二、鑽研禮樂
孔子結束在杞國的考察之後，便全麵進入對夏、商、周三代禮樂文化的比較研究，並由此得出後世之禮損益前世之禮的文化進步觀。
中國古代禮樂文化是在原始宗教禮樂的基礎上發展起來的早期國家的文化形態。其基本特征是融宗教、倫理、文娛（詩歌、音樂、舞蹈）為一體。其內容形式的演變，自夏而商、而周，經曆了由神鬼崇拜而逐步增強道德理性、由粗鄙而日趨文雅、由不完備到完備的漸進過程。相傳周公姬旦“製禮作樂”而禮樂大備。經周公及其後繼者製作的周代禮樂無疑是對夏商二代禮樂的進一步完善和提高。
以禮而論，周禮不同於殷（商）禮、夏禮的基本精神就是它的道德理性。這種理性的創造，在周公製禮時是十分明確的。《左傳》文公18年季文子引周公語雲：先君周公製周禮曰：“則以觀德，德以處事，亭以度功，功以食民。”則，即禮之基本原則，它是考察人們德行的標準（“則以觀德”），而德行又為辦事之基礎條件（“德以處事”），並直接影響辦事之功效和度功行賞（“事以度功，功以食民”）。遵從禮的基本原則即為有德，反之者則為無德。這樣，就引德從禮，使周禮的基本原則具有指導和規範德行的道德理性。德的概念不一定是周人的獨創（或以德字為周人發明，恐非，《尚書·盤庚》即有“德”字），但把德同禮這樣直接聯係起來確實始於周公。
具有道德理性的周禮原則是什麼，周公沒有明說。從周禮的基本精神來看，應為尊尊與親親。尊尊，即在氏族內部強調下對上的尊崇；親親，是在氏族內部按親近疏遠的原則做到愛有差等。尊尊與親親的統一，這在周人的嫡庶製、宗法分封製、宗廟製，喪服製等重要禮製中均有體現。嫡庶製即劃分正妻之子與其他姬妾所生諸子在權利繼承上的差異，進而建立以嫡長子世襲為中心的宗法分封製。此製於商代後期或已萌發，而其大備當在周公以後。宗法分封製一方麵編製“大宗”、“小宗”，合宗族等級與政治等級為一體，在同姓貴族內部依次加強上下之間的統屬關係；一方麵以其血緣紐帶維係彼此的團結與友愛，因而體現尊尊與親親相結合的原則。對異姓貴族，則以分封和聯姻使他們成為宗法關係的延伸和補充。這種宗法政治模式是周人改造氏族社會結構用於國家生活的成功範例，它在曆史上不僅促進了周代社會的長期穩定，而且在政治和文化心理上為後來“四海一家”的大一統觀念提供了依據。