縱然摩耳的影響十分大，但對於現代人而言，他所灌輸的哲學似乎仍然相當混亂。以我們今天的知識而論，原子論乃是現代物理的基礎，但是盧瑟福（1871~1937，1908年諾貝爾化學獎得主）在20世紀初期首先提出，認為在原子內還有更小的粒子存在。他的學說導致一種怪異的量子理論，由此又引出了德國理論物理學家海森堡的“測不準原理”，從此產生一種無法預測的理論和全新的哲學理念，和全能的上帝操縱宇宙的幻想相去甚遠。雖然也有人還是能夠想像，並且有信心將上帝和量子理論作怪異的結合，可是主流的現代原子論距離摩耳的那位充溢於宇宙、具備人性的神，已遠得不能再遠了。當然，摩耳無法預知原子論有一天會變成什麼樣子，隻是認定那是可以證明全能的造物主存在的一種方法，也就印證了《舊約》。因為就如牛頓在筆記中所強調的，物質隻能被分割到有限的程度，最終的基本粒子必定是經由神的指導而創造的。
如果說摩耳傳授給牛頓結合神學與自然哲學的理論基礎，那麼牛頓是在自己研讀伽利略和培根的思想時，學到了如何建立一套工作體係，並以之來證實自己的思想的。到了1664年的夏天，他已經有能力在筆記簿中寫下這麼一句話：“從事物的運作加以演繹，一一導出其性質，比單純用感覺來獲取更確實與合理，當我們由前一個實驗發現物體的本質時，就能較清楚地察覺出感官的本質。”這段話的意思是科學家不能單純相信他們的感官所觀察到的，而是要在引申出宇宙及其內物體的本質之前，必須先做實驗，這比我們用感官得到的表麵觀察蘊涵更多信息。
九、對光的理解
牛頓在1664年夏天開始做他的第一個實驗，就是研究光的性質。多年之後，這實驗首次出現在他的《光學》一書中，1704年出版發行。
他對光學最初發生興趣是由於他在斯陶爾布裏奇市集上買到一個玻璃棱鏡。那市集是在離劍橋市中心約2公裏遠的一塊河邊空地上舉辦的，在魔術師、小醜、吟唱詩人、兒童遊樂等攤位和戲篷的環繞下，有一個穿著跳舞服的人，經營一個出售各種奇珍異品的攤位，擺滿自波希米亞帶來的飾物、長生不老藥、各類特效藥水、各種玩具等，牛頓在這個攤位上，找到了那個棱鏡。
康杜伊特說：“1665年8月，牛頓爵士在斯陶爾布裏奇市集上買到一個三棱鏡，便開始按照笛卡兒的書做一些關於光的顏色的實驗。”可是，康杜伊特把這一事件的日期弄錯了，牛頓是在1664年去那市集遊玩，在那裏買了三棱鏡；事實上，1665年由於大瘟疫的關係，並沒有舉辦市集。劍橋市的參事（後來出任市長）塞繆爾·牛頓（與伊薩克·牛頓無親屬關係）在日記中記載：“9月1日，宣布取消斯陶爾布裏奇的市集，理由是倫敦正在流行大瘟疫。”而且大多數曆史學家都同意，牛頓為了躲避瘟疫，早於1665年8月之前就離開了劍橋，回到伍爾索普老家，此後兩年的大部分時間，他都向學校請假。
當時關於光的主流假說來自笛卡兒的思想，他認為光是經由以太傳遞的一種壓強，而視覺就是因為這壓強刺激眼睛的光神經而產生的。
牛頓熟知這種假說，還在他的筆記簿中寫下它的要點，但是他大概為了維持對原子論的支持，早於1664年夏天就開始懷疑笛卡兒假說的精確性。那時他已經想到光有可能是一些微粒；如果把光設想為群聚的粒子，就很容易解釋光的反射、折射，以及光與顏色的扭曲等現象。大約8年之後，牛頓在寫給英國皇家學會秘書奧爾登伯格的信中，就曾描述他最早使用棱鏡做實驗的情形：我給自己買了一個三棱鏡，用來實驗著名的“顏色的現象”。為了做這實驗，我需要一間黑暗的房間，然後在窗簾上開一個小洞，讓太陽光線射進來照在棱鏡上，其折射後的光線則照到對麵的牆壁，顯現出生動鮮豔的顏色，一開始覺得十分賞心悅目。以棱鏡為工具，牛頓展示出白光是如何由許多顏色組合而成的，將白色光分解為顏色光譜，可以看到藍色光比紅色光彎折（即折射）得厲害，於是藍色光顯現在光譜的近端，紅色光在光譜的遠端。他更進一步（正確）指出，物體表現出來的顏色，是由於它的表麵把光譜中的某部分顏色吸收掉，並將其他部分的顏色反射出來的結果。“因此紅色和黃色，”牛頓這樣寫著，“是因為物體將跑得慢的光線截留下來，對跑得快的光線則不多作阻擋。呈現藍色、綠色和紫色時則是物體將跑得快的光線消減掉，卻不阻擋跑得較慢的光線。”
簡言之，一個物體若看起來是紅色，乃由於其他的顏色（即牛頓所說“跑得慢的光線”）被該物體吸收較多的緣故，因此紅色光比別種顏色的光反射較多。同樣的道理，物體若看起來是藍色，乃由於它反射藍色光多於其他顏色的光（牛頓所說的“跑得快的光線”）。將光譜中不同部分的光線吸收和反射的能力，是物體的自然性質，由此在宇宙間產生了我們所看到的繽紛燦爛的顏色世界。