南書房是康熙朝設立的，是康熙皇帝為加強皇權、鞏固清朝統治而設置的宮廷禦用機要秘書機構，又是他讀書學習的書房，也是以他為首的清王朝籠絡漢族士人的“木天儲才之要地”。
在清史讀物和清宮影視作品中，常能見到“南書房行走”這個有點古怪的官名。南書房，是清代翰林在內廷侍候皇帝讀書和做機要工作的地方；“南書房行走”，是在南書房裏執勤的翰林的稱謂。所謂“行走”，是指本來有官職而被派到其他機構中辦事；那麼，南書房行走，就是指原來有翰林一職，而被派到南書房中去執勤。凡人直南書房的翰林，其正式官銜，稱為“南書房翰林”，也叫“南書房行走”。
南書房是康熙朝設立的，是康熙皇帝為加強皇權、鞏固清朝統治而設置的宮廷禦用機要秘書機構，又是他讀書學習的書房，也是以他為首的清王朝籠絡漢族士人的“木天儲才之要地”。南書房地處康熙皇帝聽政的乾清宮西南隅，是一排不太顯眼的房舍。
南書房行走，是康熙皇帝的清秘近臣，在清廷諸大臣中的地位尤為顯赫。關於南書房創設的目的，據史書記載，康熙皇帝打算設置南書房時說：“朕不時觀書寫字，近侍內並無博學善書者，以致講論不能應對。今欲於翰林內選擇二員，常侍左右，講究文義。”《東華錄》載，康熙十六年（1677）十月“始設南書房，簡侍講學士張英、中書高士奇等入直，以備顧問”。實際上，康熙帝設置南書房，並非隻是為了“講究文義”，而是把“特頒詔旨”的起草之權交給了南書房。張英入直南書房時，康熙政務軍務繁忙，張英侍讀左右，“一時製誥，多出其手”。昭褳《嘯亭續錄》載，“康熙中諭旨，皆其（南書房）擬進，故高江村（士奇）之權勢赫奕一時'由於高士奇是康熙帝近臣，掌管機要，所以朝臣紛紛至高宅探訪消息，以至高士奇每歸第，則九卿肩輿伺其巷皆滿”。張、高之外，還有不少清初著名文人學者人直過南書房，如王士楨、查慎行、朱彝尊、方苞、沈荃、何焯、戴梓等等。
在康熙時代，南書房的政治地位極其重要，清人吳振棫《養吉齋叢錄》曾述及南書房在中央政權中的重要位置：“章疏票擬主之內閣，軍國機要主之議政處，若特頒詔旨，由南書房翰林視草。”清人震鈞《天咫偶聞》也述及南書房的重要職掌：“或代擬諭旨，或谘詢庶政，或訪問民隱……”南書房設置之前，主要的中央權力機構是滿洲貴族組成的議政王大臣會議（國議）和掌管全國政務的最高官署內閣。這時皇權還不十分集中。康熙帝為了整個清朝統治的需要，設置了南書房這個中樞機要秘書機構，來分奪國議和內閣的權力，以加強皇權。南書房的地位和職掌就說明它已經成為與國議和內閣並峙而且更加重要的機構，成為康熙帝加強皇權的重要工具。
由於南書房是禦用機要秘書機構，所以具有機密性質。史書說它“地分清切，參與密勿”。如各地有上報康熙帝的密繕小折子，都要交與南書房“管理宮報首領，從內密達禦前”。“聖駕（康熙帝）在外，南書房絕無人到，極為隱秘”。南書房行走供職時也都“慎密恪勤”，格外小心。
南書房的設置，是清朝中央集權製高度發展過程中的一個重要環節，它是雍正朝建立的軍機處的前身。清代史學家趙翼說：“時尚未有軍機處，凡撰述諭旨，多屬南書房諸臣。”實際上，軍機處的某些特點，如地位顯赫但無決策權，機密性質等，南書房都已具備。
南書房又是康熙帝籠絡漢族士人的“木天儲才之要地”。南書房行走有兩個特點：第一，絕大多數是漢人，這是清朝采取的緩和滿漢民族矛盾，消除漢族士人反清意識從而使之為清朝服務的政策的具體表現；第二，均為經史、文學、書法、繪畫以及自然科學方麵出類拔萃的才人學者。人直南書房的王士禎為詩壇一代宗匠，朱彝尊與王士禎並稱朱王，方苞是桐城文派創始人，沈荃經術湛深，戴梓是很高明的天文算學家，等等。