嶽飛是宋高宗南渡後諸多將領中出身最低、資曆較淺，卻是功勳最為卓著、抗擊金軍最有力的。他與張俊、韓世忠、劉光世等先輩將領並稱中興四郎將。俗話說得好，人的名立得遠，樹大招風，嶽飛的一舉一動，不光受到同僚的嫉妒，還受到皇帝的猜忌。然而嶽飛對國家和皇帝是忠心耿耿，但並沒有達到毫無主見的地步。相反由於出身苦難家庭，是一個在官場上不善於見風使舵、保護自己的人，而是個性剛正耿直，為了抗擊金兵、收複失地，經常與懦弱、反複無常、目光短淺的當政者宋高宗意見相違背，不時發生頂撞，這樣使得兩人的隔閡不斷加深。尤其是嶽飛曾經做過兩件事，觸犯了宋高宗的忌諱。一件事是發生在紹興七年四月，嶽飛的擅離職守。因為高宗在派嶽飛執掌淮西軍北伐問題上出爾反爾，他見自己統兵北伐的願望不能實現，一怒之下，棄軍隊於不顧直上廬山，為其母親守孝。高宗認為這種舉動是在要挾君主，但鑒於金軍的威脅還存在，不得不好言安慰敦促其下山，卻又同時引用太祖“犯吾法者，惟有劍耳”之言以示警告，在表達不滿之餘已暗藏殺機。
另一件事就是發生在同年的立儲事件。紹興七年八月，嶽飛出於對朝廷的忠心，向高宗建議安排儲君一事。他希望高宗將已經養育在宮中的太祖七世孫趙伯琮（後改名為趙瑗）立為皇太子，以此粉碎金人準備立欽宗兒子作為傀儡皇帝，建立偽宋的陰謀。此時宋高宗隻有31歲，雖然他唯一的子嗣、3歲的趙旉早在8年前就以驚悸而死，而他本人在揚州潰退時因驚嚇過度引起性功能障礙，再也無法生育了，但他不甘心於此，千方百計地求醫問藥，祈禱神靈，根本不想及早確立的趙瑗皇儲地位。這是他的難言之隱。嶽飛的建議不僅觸動了高宗的禁忌，還觸犯了“武將不得幹預朝政”的祖宗之法，引起高宗的極大反感。因此在金廷的步步逼迫下，加上嶽飛在對金和議問題上極力反對、北伐中原的決心至死不會改變，高宗和秦檜想要以屈膝議和作為鞏固自己皇位與相位的根本方針，則嶽飛非死不可。
紹興十一年（1141）七月，秦檜唆使自己的黨羽萬俟卨以諫官的身份彈劾嶽飛，不分青紅皂白、顛倒是非地歸納出其三條罪名，其一是“日謀引去，以就安閑”；其二是在淮西之戰，不按時進發；其三是到淮東視察將士，使得士氣沮喪。第一個罪名暗指嶽飛辭職上廬山一事，第二個罪名是指他沒能及時救援淮西之圍一事，第三個罪名完全是張俊將撤除防務的事情栽到嶽飛頭上。接著，禦史中丞何鑄、殿中中丞羅汝楫也上書彈劾嶽飛。八月，嶽飛意識到自己的處境的險惡，知道即使自己退閑，秦檜也不會就此善罷甘休。因此他在上奏要辭去官位時，懇求高宗“保全於始終”。於是他被罷去樞密院副使，改任萬壽觀使一類的閑職。但高宗顯然不想保全他，在罷免嶽飛的詔書裏，說其有善殺之氣，“有駭予聞，良乖眾望”。朝廷中的議和派也不放過他。
張俊在秦檜的指使下，利用在鎮江開設樞密行府的機會，命令鄂州駐紮禦前諸軍統製王貴前來參見，以威脅和利誘使王貴就範。同時又買通了張憲的副統製王俊，由王俊向王貴告發嶽飛的愛將副都統製張憲，誣陷張憲在嶽飛罷兵退閑之後準備裹挾所指揮的嶽家軍離去，以此迫使朝廷將兵權交還給嶽飛。王貴雖明知是假的，卻將王俊的狀詞發往鎮江的張俊樞密行府。張俊在接到狀詞後，立即逮捕了前來參謁的張憲。按照當時法律，樞密行府無權開設刑堂。但喪心病狂的張俊哪裏管得這些規矩，命令親信審核，將張憲拷打得死去活來。張憲雖然受到張俊的嚴刑逼供，但仍不肯招認。張俊卻就此事上報朝廷，誣陷張憲串通嶽飛一起謀反。於是宋高宗下旨特設詔獄審理嶽飛一案，且要秘密進行。宋代朝臣犯法，大多是由大理寺、開封府或是臨安府審理，隻有重大的案件才交由禦史台處理，很少使用詔獄的方式。詔獄是用以查辦謀反大罪的大獄，須由皇帝親自決定的，臨時委派官員奉詔勘核。