德軍錯誤估計盟軍實力
“水星”作戰是首次以德國空軍為主，國防軍三軍相互配合的作戰。這次作戰的任務交給了勒爾將軍指揮的第四航空隊，其編成內有馮·裏希特霍芬將軍指揮的第八空軍和施圖登特將軍指揮的第十一空軍。海軍支援的作戰任務交給了東南艦隊司令舒斯特爾海軍上將。
由裏希特霍芬將軍指揮的第八空軍在攻占希臘本土的作戰中作用顯赫，因此他對這次行動的總情況已了如指掌。由施圖登特將軍指揮的第十一空軍編成內的大部分部隊不得不從德國的駐地和訓練營地內抽調。
在調動過程中，德軍遇到了很大的困難，主要是技術方麵的，例如在巴爾幹非常缺乏交通線，而“巴巴羅薩”作戰的運輸量又很大等。
但是盡管如此，至1941年5月14日，第十一空軍還是成功地在雅典附近集中完畢，並做好了戰鬥準備。德軍還調集了10個容克-52飛行聯隊，共500餘架飛機，準備運送傘降與機降部隊。
但是，空軍地麵部隊卻未做好準備，其數量也不足以完成任務。由於少數可以使用的機場必須分給第八空軍的轟炸機、俯衝轟炸機和戰鬥機使用，所以留給第十一空軍使用的機場是在科林思、梅加拉、塔納格拉、托波利亞、達迪翁、埃萊夫西斯和法利龍。
在這些簡陋的機場上過多地集中飛機對實施進攻克裏特島的作戰妨礙極大。飛機所掀起的大量塵埃幾乎使機隊無法在規定的時間間隔內起飛。第十一空軍使用了地麵消防設備，試圖消除塵埃，但作用不大。
所有的補給物資必須運往比雷埃夫斯港與科林思港。在裝載這些物資時所有可直接利用的船艙都利用了。補給船受到水雷與盟軍潛艇的襲擾，一直拖至5月17日後才趕到。
因為碼頭與港口設施受到嚴重破壞，又沒有合適的勞動力，在卸載這些補給物資時發生了拖延現象。此後，在轉運物資時又有耽擱。
在5月17日至5月20日期間必須為第十一空軍提供79.2萬加侖的油料。但目前的油料僅夠10個容克-52飛行聯隊實施3次戰鬥飛行之用。與此同時還必須給第八空軍的部隊提供油料。
補給艦船遲遲不到，為機場運送油料又遇到許多困難，這就必須推遲作戰的發起日期，開始推遲至5月18日，後來又推遲到5月20日。另外，通信係統也遠不能令人滿意。但是，把有關的作戰參謀機構集中在雅典及其周圍是有利的，這樣可使大量的不可避免的矛盾得以迅速解決，促使空軍總司令迅速作出決策。
德第八空軍的部隊改編和準備完畢後，便執行了各種重要的戰前任務，諸如為補給艦隻提供空中掩護，對付盟軍潛艇與水麵艦隻的襲擾，偵察整個作戰海域，攻擊在克裏特島周圍航行的盟軍運輸與戰鬥艦隻和該島港灣內的艦船，以及突擊盟國空軍地麵部隊和防空陣地等。
這些戰鬥行動給盟軍造成了傷亡、破壞，使德軍奪取了該島的製空權，這是後來德軍空降作戰成功的一個重要條件。
作為進攻克裏特島這場總體戰的一部分，德國空軍在克裏特島周圍的許多島嶼上修築了工事：把基西拉島與安蒂基西拉島修建成防空陣地；把梅洛斯島修建成補給中心和海空救援站；把斯卡潘托島修建成戰鬥機與俯衝轟炸機基地。各作戰參謀部隻得依賴德國情報部與空中偵察所提供的情報來了解盟軍的兵力與陣地情況。