“劊子手拔刀齋！終於找到你了。 ＷｗＷ ＣＯＭ”
月明星稀，寂靜的古城裏，傳來一聲少女的厲喝。
白薛迦回頭，十字形的傷疤占據了半邊的臉頰。巷子的另一頭，亞豆美保手持長劍向他走來。亞豆美保一身古裝，長被束成一個單馬尾，眼眸如星，英姿颯爽。
故事生在時代交替的那個混亂的年代，民不聊生，各種勢力交錯，各種思想的碰撞，而劍心，也就是故事的主人公，就是在那個被迷霧與黑暗所籠罩的年代的微不足道的一員。
劍心為了平息國家的戰亂，亦然參加了力圖救亡圖存的維新派，他不懂政治，隻懂劍，他用自己的劍，披荊斬棘，斬出了一條雪染的道路，令敵人聞風喪膽，並被賦予了一個劊子手的稱號。然而維新勝利後，國家的戰亂並沒有平息，百姓的生活並沒有變好，他的劍並為改變這一切，於是他放棄了殺戮，不再殺人，四處流浪。
故事的開始，所講述的是有一個人假冒劊子手劍心之名，在夜晚肆意屠殺村民，神穀薰為了保護百姓於是自的在巷間巡邏，然後跟真正的劍心相遇了。神穀薰誤以為劍心是屠殺村民的殺手，於是攻擊了劍心，而與此同時，那個假冒的劍心又再次行動，於是劍心和神穀薰解除了誤會。
然而神穀薰卻遇到了麻煩，她曾經救了一個昏倒在她武館前的老人家，老人家也就以報恩的名義作為傭人留在了她家，老人家也無處可去，神穀薰就收留了他。然而傭人卻夥同了一群地痞流氓，來逼迫她將武館賣掉。
神穀薰不敵，路過的劍心擊敗了敵人，救了神穀薰。逼問之下，才得知原來是有鴉片商需要大量的土地來種植鴉片，武館占地麵積很大，卻沒什麼人，傭人垂涎這份資產，知道神穀薰就隻有一個人，於是雇傭一夥流氓想要侵占這裏的土地，不管是轉手賣掉，或者種植鴉片，都是一筆收入。
而那位被劍心擊敗的最厲害的敵人左之助卻憤怒的毆打了仆人，原來他的一個朋友正是死在鴉片之下，他非常痛恨鴉片。
劍心無處可去，在神穀薰的邀請下，於是暫住在了這裏。一，有個女人突然翻牆而入，被劍心撞見後，祈求劍心的保護。經過一番波折，女人告訴給了劍心等人自己的身份，她名叫高荷惠，原本是一名醫師，可是被鴉片商囚禁起來，利用她的提純技術，來製造鴉片，她知道鴉片的危害，不想為禍蒼生，於是逃走了。
同時也告知了鴉片商的黑幕，原來那個屠夫其實是鴉片商找來的，他想收購這篇土地，可是又不想給錢，於是就想製造恐慌，讓這裏的人快點搬走，這樣他就能光明正大的侵占這片土地來種植鴉片。
鴉片商找到了高荷惠，因為那種利潤更高的提純技術隻有高荷惠懂，他擔心魚死網破，不敢強迫高荷惠，於是利用神穀薰、劍心等人的安全威脅高荷惠，高荷惠不願牽連他人，隻能妥協。
於是劍心、神穀薰以及隻想打死鴉片商的左之助一同闖龍潭。經過一番惡戰，最終成功救了高荷惠，劍心也解開了高荷惠的心結。
因為此事，一些人也知道了劍心的行蹤。一，神穀薰突然被擄走，劍心按照留言去尋找，遇見了一位故人齊藤，不過卻是過去的敵人。已然不殺人的劍心不敵齊藤，在齊藤的刺激下，昔日劊子手的殺意漸漸顯露，就在他即將違背自己的信念，斬殺齊藤之時，被神穀薰喚回了意識。