17世紀初，歐洲雖然仍處在極權主義的封建統治之下，經院哲學仍控製著哲學思想，但自然科學已初步掙脫了宗教的桎梏，逐漸走上了發展的道路。構造比較簡單的機器已不斷地被創造出來，並且在使用方麵逐漸得到了推廣。伽利略於1611年製成了天文望遠鏡，初次看到了以前用肉眼看不見的許多天體星象，進一步證實了哥白尼的太陽中心說；刻卜勒發現了行星運動的三個定律；哈維創造了血液循環理論，把醫學、解剖學和生理學大大推進一步。而笛卡兒的朋友中也多是科學家，比如畢克曼、麥爾賽納都是著名的物理學家、數學家，惠更斯是數學家、物理學家、天文學家。
笛卡兒自己則研究過物理學、光學、天文學、機械學、醫學、解剖學等，從1629年到1633年，他總結了這些年來他自己在自然科學研究領域的成果，開始撰寫《論世界》（包括《論光》和《論人》）。在這本書裏他打算一步步地解釋自然界的一切現象，比如行星的形成、重量、潮汐、人體等。伽利略的遭遇使笛卡兒最終沒敢發表《論世界》。此書直到他死後27年才出版。1648年他又寫了關於人體的書，他仍然不敢發表。直到1664年才由他的朋友克萊爾色列以《論胎兒的形成》的書名出版。
《論人》和《論胎兒的形成》都是關於生理學的書。在這兩本書裏，他把人體完全看成是機器，人的五髒六腑就同鍾表裏的齒輪和發條一樣，撥上弦它就能動，而血液循環就是發動力。外界所引起的感覺由神經傳到大腦，在鬆果體（位於間腦後）裏告知“動物精氣”（也稱“動物靈魂”），由動物精氣發布對付的命令。
笛卡兒時代是奧古斯丁的經院哲學占學術統治地位的時代。奧古斯丁哲學雖然反對亞裏士多德哲學，因而也與阿奎那的哲學對立，但無論如何，天主教神學畢竟是與科學水火不相容的。
因此，以自然科學為基礎的笛卡兒的哲學是不能被天主教會所接受的。
其實，從笛卡兒的內心來說，他並不願與教會對抗。當傳來伽利略在意大利受教會迫害的消息的時候，他的以哥白尼學說為基礎的《論宇宙或光》正要付印。這件事深深刺傷了他：原來自己心目中至高無上的教皇一下子變成了蠢驢。他企圖證明哥白尼和教皇都正確，但徒勞無功。他既不願放棄自己的學說，又不願得罪教皇而遭受迫害，隻好放棄出版，並表示生前再不出版任何東西。
那一段時間裏，他非常痛苦，把自己關在屋子裏不出來。麥爾賽納和其他一些朋友知道這一消息對笛卡兒意味著什麼，所以他們多次去看望他、安慰他、鼓勵他。
麥爾賽納說：“笛卡兒先生，我親愛的朋友，您應該振作起來，應該繼續您的研究。”“是的，我的朋友，我的追求不會因此停止，但是不想再發表任何成果。”笛卡兒情緒非常低落。
“我認為沒有必要。再說，你的研究成果不發表出去，真是科學發展史上的重大遺憾！”麥爾賽納企圖說服笛卡兒。
“可是伽利略就是榜樣。”笛卡兒一字一句地說。
“那是在意大利，你是在荷蘭。”麥爾賽納說。
“都一樣，宗教的勢力遍布整個歐洲。”“可是你的研究並沒有直接冒犯宗教。”麥爾賽納說。