乾隆三十八年（1773年）正月，當阿桂攻打當噶爾拉山時，福康安持印而至，於是阿桂留福康安佐其領兵作戰。次年二月，清軍攻喇穆喇穆，福康安則督兵攻克其西各碉堡，又與領隊海蘭察合軍，乘勝攻下羅博瓦山，並北攻得斯東寨。一天夜晚，土司之兵乘雪霧迷蒙，夜色籠罩，偷偷登山，襲擊副將軍常祿保駐紮營地，福康安聽到告急槍聲，立即督兵赴援，擊退了土司的進攻，受到乾隆帝嘉許。五月，駐紮在山麓上的土司又借著雨天的掩護，築起兩座碉堡，福康安率八百士卒，夜間冒雨攻打碉堡，入碉中襲殺數人後毀其碉。乾隆嘉許他“壯軍威、破賊膽”的行為，特旨褒獎。
乾隆四十年（1775年）四月，乾隆帝鑒於福康安為西路得力之人，赴宜作戰尤為出力，授為內大臣。五月，福康安克榮噶爾博山，進至第七峰，又賞嘉勇巴圖魯號，以後即以“嘉勇”二字為封爵佳號，重疊使用。福康安逐一克服多種碉壘營寨，到八月中秋夜，清軍分兵自西北攻入勒烏圍（今四川金川縣內）土司營寨，索諾木逃走。到乾隆四十一年（1776年）正月，俘獲索諾木及其家人．大小金川遂平，清朝在此建懋功廳。
平定大小金川之後，清廷論功行賞，封福康安為三等嘉勇男。福康安原襲之雲騎尉，由其兄福隆安次子豐紳果爾敏襲。西征軍返京之日，乾隆親往京城南郊行郊勞禮，賜給福康安禦用鞍轡馬一匹，禦紫光閣飲晏，賜給緞十二端，白銀五百兩，並於紫光閣繪像，列前五十名功臣中。於是由戶部右侍郎轉為左侍郎。同年四月，擢為鑲白旗蒙古都統，七月，賞戴雙眼花翎。九月，再調正白旗滿洲都統，十月，賜紫禁城騎馬。
由於福康安在大小金川之役中與士卒艱苦作戰，克敵製勝，初步展示了他的軍事才能，得到了重視武功的乾隆帝的賞識，於是一再提拔使用。乾隆四十二年（1777年），福康安被授予吉林將軍之職，次年調任盛京將軍。
乾隆四十五年（1780年），被授為雲貴總督，成為總領一方軍政的封疆大吏。在雲貴期間，福康安主張銅廠立法宜詳，用人尤要應實，提出在雲南多開采銅礦，使銅的產量增加，受到朝廷嘉獎。乾隆四十六年（1781年）八月，福康安又調任四川總督兼署成都將軍。川陝之地向來為清朝視作軍事重地，十分重視其總督及巡撫的人選，一般均以滿洲重臣充任，福康安任為川督後，受命嚴緝“咽匪”。
乾隆四十七年（1782年）五月，福康安奏蜀中“匪徒”已戢。八月，福康安即擢為禦前大臣，加太子太保，次年命來京署工部尚書，五月，又授為總管鑾儀衛大臣、閱兵大臣、總管健銳營事務。乾隆四十九年（1784年）三月，福康安再擢而為兵部尚書、總管內務府大臣。福康安因其軍功，受到乾隆的寵信和重用，不斷加官晉職，成為聲名顯赫的朝廷重臣。
甘肅的回族事件繼發於撒拉族民變之後，由田五等人團結固原州、通渭一帶回民，在甘肅通渭北六十裏的石峰堡修築營寨，於乾隆四十九年（1784年）四月在鹽茶廳小山地方起事，並向西北進軍，但攻靖遠、會寧不下，田五又於作戰中死亡，遂折向東南，與通渭的回民一道攻通渭城。西安副都統明善率軍與回軍交戰，清軍陷入埋伏圈，全軍千餘人均覆沒，明善亦斃命。在緊急形勢之下，清廷急忙重瓤組織兵力，命福康安帶欽差大臣關防，馳驛以赴甘肅鎮壓民變，並授參讚大臣，會同將軍阿桂共同任事，又任命福康安為陝甘總督。
乾隆四十九年（1784年）六月，福康安統兵赴隆德，進攻靜寧底店，斬殺數千，攻破石峰堡，生擒張文慶等。福康安因此晉封為嘉勇侯。鑒於甘肅一帶回民習武成風，而從文應試者很少，福康安為朝廷的長治久安考慮，上奏皇帝，提出“教導回民”的善後事務，清朝在循化廳設學校，以資訓迪，得到乾隆帝的讚許，學校之設，在福康安是為了馴化民眾，利於統治，而對邊遠地區的文化教育之事必定會產生實際效用。
乾隆五十年（1785年）七月，福康安轉為戶部尚書，第二年又轉吏部尚書、協辦大學士。福康安受到乾隆帝倚重，並被授予了相當重要的權力。
在甘肅發生回民事件之後，東南的台灣又爆發了林爽文起義，以天地會的教義相號召，形成了強大的勢力。起義者在林爽文領導下，於乾隆五十一年（1786年）與清軍展開激戰，連克數縣。清廷命閩浙總督常青為將軍前往台灣府鎮壓民變，兩相接觸，農民軍處於主動地位，聲勢更加浩大，連常青所駐府城也處於包圍之中。
由於常青鎮壓不力，乾隆又在五十二年（1787年）七月改派福康安為將軍，與參讚大臣海蘭察同赴台灣作戰。十一月，福康安一行渡鹿仔港（今台灣彰化西南鹿港），登岸後，由新埤進兵，以主力進攻包圍諸羅縣城的農民軍，雙方交戰至侖仔頂，農民軍從竹圍中出而抵禦，福康安令軍隊原地不動，自領巴圖魯侍衛衝入起義軍中，起義軍不幸戰敗。諸羅一戰，福康安以扭轉戰局、解除城圍。
同年十二月，清軍繼續對起義軍進行圍剿，福康安又統兵由內山搜至打鐵寮諸社，分兵堵截海口及各要隘。終於在乾隆五十三年（1788年）正月，於老衙崎俘獲林爽文。