奧特曼，一個神奇的種族，在人類麵臨怪獸的破壞同時束手無策之時，奧特曼一次又一次的保護了人類，從人們熟知的，佐菲奧特曼，初代奧特曼，賽文奧特曼，傑克奧特曼，艾斯奧特曼，泰羅奧特曼，雷歐兩兄弟，愛迪奧特曼，迪迦，戴拿，蓋亞，阿古茹，……奧特曼們一次又一次保護著地球，他們熱愛著地球，把地球當做了他們的家，用生命在守護著他們，再一次又一次的絕境中超越自我，一次又一次創造著奇跡，一次又一次的擊潰了黑暗，得到了突破，現在一場醞釀已久的驚天陰謀又將浮現。這一次，又將由誰來粉碎？
故事發生在距離上次諾亞和黑暗紮基大戰的10幾年後，在當時的諾亞和紮基決戰中，剛剛複蘇的紮基由於力量未能得到完全的恢複，加之本體早已經在之前的戰鬥中和諾亞同歸於盡，如今剩下的隻是當時的意識。
第五代適能者孤門，經曆了莉子的離去險些墜入黑暗，在姬矢準的幫助下逐漸脫離黑暗，戰勝了自我，後又不斷鼓勵著伶，在最終之戰中拯救了因為仇恨而被吸收力量險些喪命的西條風，孤門經過一次又一次朋友羈絆中不斷成長，成為了一名英雄，在最終之戰中，進化為諾亞，打敗了黑暗破壞神紮基，最終取得了勝利。
但誰也未注意到紮基死去之時，一雙黑暗的眼睛在緊緊的注視著這一切‘‘哼哼’’，好戲就要上演了，這就是黑暗之神紮基德力量嗎？不過如此嘛，或許是因為殘缺了吧，神秘黑影楠楠說道。
神秘黑影看著手中的一團黑色能量，看著遠去的諾亞，神秘黑影周圍的空間開始出現了一絲絲的扭曲，“諾亞！”
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火星上，一個巨大的海螺形的怪獸身上披著堅硬的盔甲，與其他怪獸所不同的是，它的頭是倒立過來的，此時的怪獸正在與一位全身散發著光芒的奧特曼正在激烈的戰鬥著，沒錯那就是閃耀迪迦和加坦傑厄。
來自未來的大古因為一次神秘黑影的出現，使得當時暗淡的神光棒再次煥發了光彩，而神秘黑影帶來的是災難超乎了所有人的想象，恐怖的氣息迅速彌漫著整個地球，為了阻止它的陰謀，大古集合了當時人類的力量再次化身為閃耀·迪迦，暫時擊潰了當時的神秘黑影，之後便開始不斷阻止著神秘黑影的陰謀。
在大古看來，這道黑影的力量深不可測，甚至還在不斷變強，為了阻止神秘黑影，大古跨越了時空，現在正在和神秘人召喚的加坦傑厄戰鬥著。但是，這隻加坦傑厄，似乎比之前的更加強大！
今天不能讓你們逃走了。閃耀·迪迦：‘計時器光線’。
轟，但是這次加坦傑厄隻是被擊飛了出去，盔甲也有所破壞，那猙獰的眼睛似乎想把眼前的敵人吃掉一般。這次，又變強大了嗎？閃光?迪迦心裏驚歎道。每次與神秘黑影交戰一次，他便漸漸覺得力不從心，而這一次絕對是最危急的一次！