二是多渠道解決好創新投資進入和退出的封閉運行機製，進一步完善自主創新的投融資體係。
三是加強原始性創新、集成創新和引進消化吸收再創新。
依托深圳的製造業基礎，下大力加快核心技術和高新技術引進、消化、吸收的力度，實現新的突破。
四是全麵實施知識產權戰略。
要用“全方位、全過程、全社會”的“三全”原則來進行知識產權保護。
五是改革科技管理體製。
建立適應市場經濟條件和自主創新要求的管理體製，創新科技資源配置方式，逐步使政府部門從科技資源配置的主體轉變為資源配置方式的製定者、資源配置過程的監督者、資源配置績效的評估者和公共服務的提供者。
六是著力解決創新基礎薄弱的問題。
深圳積極與海內外著名的高校和科研機構加強合作，構築六大公共平台，包括技術開發平台、傳統產業技術平台、技術產權交易平台、信息平台以及檢測平台等。特別是深圳要密切與香港的科技合作，構建“深港創新圈”。
七是發展深圳的高等學校。
（1）新建兩所大學，一所科研型，一所教學型，2008年已經開始了啟動有關前期工作。
（2）優化大學城運行機製和辦學模式，使之發揮最大的功能，提升大學城在全市高等教育中的地位和作用，使之成為深圳高級人才培養的重要基地。
（3）發揮中科院深圳先進技術研究院的帶動作用，加快一批國家級重點實驗室建設，加強基礎科學的研究；采取優惠條件大力吸引國內外知名高校和科研院所在深創辦研究院，構築研究院群，夯實深圳基礎研究的基礎。
（4）加快現有高校的改革。積極推進現有市屬高校的改擴建工程和教學管理體製改革，改善辦學條件，提升教學和科研水平。
四、深圳科技創新的機遇與挑戰
1.深圳科技現狀與國際創新型城市存在差距
一是技術創新體係存在結構性缺陷，特別缺乏與創新型城市相適應的大學和科研院所，應用基礎研究的源頭創新嚴重不足。缺乏長期創新源頭的支撐。
二是高新技術產業根基不深、核心競爭力不強、關鍵環節缺發自己的核心技術與設備，“缺芯少魂”、“訂單式”的產業結構經不起高新技術產業發生轉移的衝擊。
三是現行的科技管理體製還遠遠不能適應市場經濟條件和自主創新的要求，部門利益分割、多頭管理、職能錯位等問題仍然存在，在吸引人才、土地廠房資源配置、政府采購、財政資助等方麵也還沒有形成協同一致的創新激勵政策。
四是自主創新的公共平台建設和運營機製存在不少弊端，市場在科技創新資源配置中的基礎性作用還沒有得到充分發揮，科技投入績效不高，公共研發平台、公共技術平台、公共檢測平台、創新資本平台、科技信息平台還不能夠為建設創新型城市提供足夠的、全方位的的公共服務產品。
2.深圳自身存在的問題
（1）產業鏈優勢的弱化。傳統產業的轉移將對深圳原有的創新模式構成衝擊。由於深圳產業升級帶來的製造業轉移，產業鏈將出現弱化或斷檔優勢，將使在製造環節上開展創新的中小企業遇到更多的困難。麵對新的形勢，深圳要開始實行兩條腿走路，一方麵繼續發揮逆向創新模式，另一方麵推動新的創新模式的建立。新的創新模式是，知識和技術的動力傳導機製的創新模式，騰訊、迅雷等企業是這種模式典型，他們依賴源頭創新所形成的動力來推動新的商業模式形成，並拉動起新的市場，實現低消耗、高增值的目標，符合未來城市創新追求方向。
（2）研發環節不配套，後勁缺乏，有可能導致深圳研發的空心化。自主創新的大企業的技術需求在本地得不到滿足，轉而尋求研發基地的分散化。
（3）製度製約。
（1）從原來單一發展高新技術產業的目標的創新轉變為整個經濟係統的創新，麵對的不僅是頭緒多，問題複雜，需要係統的配套政策與製度的創新。
（2）在新的創新格局下，區域創新體係的建設是一項具有係統集成特性的工作，現有的組織架構無法統籌國家創新型城市建設方方麵麵的工作。