慘案發生後，武漢當局不僅封鎖新聞，而且還捏造事實，誣蔑武大學生私藏軍火，企圖暴動。
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慘案發生當天，武漢市中共地下黨組織即派徐遠、劉實、陳克東等人到武大了解情況，傳達市工委對慘案的處理意見。武大學運核心組織負責人王爾傑、趙萌蘭、夏雨亭等根據市工委意見，決定從各進步團體抽出骨幹，建立秘密的臨時領導機構。此外，以學生自治會出麵公開成立“武漢大學學生自治會‘六一慘案’處理委員會”。
國立武漢大學六一屠殺慘案處理委員會還印製了《“六一”屠殺慘案真相》，並組織了武漢大學赴京控訴代表團，通過各種渠道，將慘案真相傳遍全國。美國舊金山電台也將慘案真相向全世界播發。
6月2日，武大學生自治會、教授會和講助會都分別發表宣言，抗議反動當局的暴行；並在《全體學生為“六一”屠殺慘案宣言》中提出4項最低要求：
撤辦武漢行轅主任程潛，槍決警備司令彭善及肇事凶手。
立即釋放本校及武漢各校被捕教授、學生及工友。
公葬死難同學，政府負擔一切費用；優恤死難同學家屬，並賠償本校六一慘案全部損失（包括受傷同學、被捕師生一切物質及精神之損失）。
切實保障人權，並保證以後絕不派遣軍警或特務逕入學校非法捕人。
上午10時，華中大學、湖北省立農學院、湖北省立醫學院等校的學生，不顧軍警威脅，一隊隊佩帶白花、抬著花圈來到武大吊唁和慰問。下午4時，武大師生2000人的迎靈行列，自工學院（今行政樓）將死難三烈士的遺體經理學院、老齋舍移送至體育館靈堂入殯。入殮典禮由代校長劉秉麟主祭，並即席簡短致辭。
國立武漢大學“六一慘案”快郵代電門首的挽聯：
捕教授殺學生，四項諾言，無非是騙術；
求和平爭民主，一條血路，齊心合力慰英魂。
靈堂前的挽聯：
凶手查凶手，凶手自唱自和，無恥；
同學哭同學，同學流血流淚，傷心。
武大全體學生敬獻的挽聯：
那邊高談人權，這邊捕殺青年，好一部新憲法，嚇詐欺敲，殺、殺、殺，自由哄人，民主哄鬼；
隻準大打內戰，不準呼籲和平，看三位親兄弟，犧牲慘痛，慘、慘、慘，萬方同哭，薄海同悲。
清華大學自治會敬獻的挽聯：
機槍掃射，軍警包圍，珞珈山竟成屠場，請看遍地鮮血，四項諾言何去？
四海同胞，人神共憤，清華園遙祭英魂，謹獻一瓣心血，億萬青年繼後來。
武大南京校友會敬獻的挽聯：
囚教授，殺學生，槍杆橫行，說什麼愛護學府，獎掖文教；
哀法治，哭民主，文章無用，還是要堅強振作，奮力爭生。
繆朗山教授敬獻的挽聯：
黑夜正濃，閑話和平皆有罪；
黎明未起，暮然覺醒竟捐生。
珞珈山小販敬獻的挽聯：
你們大學生尚被捕殺；
我等老百姓何堪生存。
挽歌：
“東湖在嗚咽，珞珈山為你哭泣；苦難的人民，站在你的靈前傷悲。民主變成了泡影，自由已躺在心裏，和平成了祭壇的犧牲，統一變成了屠殺的信號。隻要戰爭，不要和平！隻要屠殺，不要人民！無言的憤怒，無聲的呼號，一人倒下，萬人站起！安息吧，戰士！為民主而死，為民主而生！安息吧，兄弟們！安息吧，戰士們！”
悼歌：
“戰士的血，結成了自由之死；勇者的生命，孕育了民主的幼芽。死去的同學，光榮屬於你們；活著的我們，未了的責任更大。起來！有良心的人們，有正義的人們，讓我們團結起來，死和監牢嚇不了我們。我們要以海洋深的仇恨、火樣熱的戰鬥作為對反動派的回答。”