1927年蔡元培回國，任國民黨政府大學院院院長，後改任中央研究院院長。1931年“九一八事變”後，主張抗日，與宋慶齡、楊杏佛等組織中國民權保障同盟，任副主席。1940年3月5日在香港病逝。中共中央和毛澤東發了唁電，稱他為“學界泰鬥，人世楷模”。
1917年1月，蔡元培出任北京大學校長，他“循思想自由原則、取兼容並包之義”，使得北大思想解放，學術繁榮。1月9日在就任北大校長的演說上，他對學生提出3點要求：一曰抱定宗旨，二曰砥礪德行，三曰敬愛師長，將“抱定宗旨”置於首位，即“培養人格”。
1918年，蔡元培更明確地指出：“大學為純粹研究學問之機關，不可視為養成資格之所，亦不可視為販賣知識之所。學者當有研究學問之興趣，尤當養成學問家之人格。”他強烈反對工具論的觀點，聲稱：“教育是幫助被教育的人，給他能發展自己的能力，完成他的人格，於人類文化上能盡一分子的責任；不是把被教育的人，造成一種特別的器具，給抱有他種目的的人去應用的。”
1920年2月，蔡元培下令允許王蘭、奚湞、查曉園3位女生入北大文科旁聽，當年秋季起即正式招收女生，開我國公立大學招收女生之先例。
陳獨秀、李大釗、朱家驊、胡適、劉半農、錢玄同、傅斯年、羅家倫、周作人、沈尹默、劉文典、徐悲鴻、馬裕藻、馬寅初、李四光、翁文灝、丁文江、李石曾、朱家驊、周鯁生、陶孟和、陳垣等一批重要曆史人物，都曾在此時期被蔡元培邀請到北大任教，魯迅也在此兼講師。再加上先後來到北大的辜鴻銘、黃侃、劉師培、梁漱溟、馬敘倫、顧頡剛、錢穆等，一時大師雲集，北大因而成為開風氣之先的“新文化運動”中心和多種社會思潮的策源地。北大也是中國共產主義思想的重要發源地和中國共產黨早期活動的重要基地。北大教授“南陳北李”相約分別在南方和北方籌建中國共產黨，陳獨秀當選為第一屆中共中央總書記。曾任北大圖書館管理員的毛澤東，自1935年至1976年去世，長期作為中共實際的領袖人物。
據曾在北京大學就讀的朱偰回憶：
在蔡元培到北大以前，代理校長是胡仁源。胡本是前清進士，後來到英國去留學，在推爾蒙大學畢業，專門學工業。1913年擔任北京大學預科學長，後來又擔任工科學長、代理校長。他所聘請的一些教授，大多是前清遺老，和封建士大夫階級的一些所謂名流。在教授中間，有拖著辮子的保皇黨辜鴻銘，也有封建文人如黃侃、劉師培、姚仲實、陳石遺等。在學生中間，也大多是著長袍馬褂、捧著水煙袋的遺少，上也者在報章上寫寫文章，捧捧女伶；下也者則打打麻將，逛逛八大胡同。學術研究的風氣異常缺乏。
辜鴻銘（1857～1928年），字湯生，生於馬來西亞檳城州，祖籍福建，精通英、法、德、拉丁、希臘、馬來亞等9種語言，獲13個博士學位，學貫中西，卻終生留長辮，穿舊服，納妾，愛女人小腳，主張君主立憲，1915年著《春秋大義》（即有名的《中國人的精神》，提出中國人兼有深沉、博大、純樸、靈敏四大優點），並將《論語》、《中庸》、《大學》等譯成英文。其英文寫作被孫中山、林語堂推為中國第一。
以當時北京大學的文風而論，大約可分為三派：第一派竭力提倡駢文，以黃侃、劉師培為代表。黃侃是章太炎的學生，他為文必效法酈道元、楊炫之，做詩必取法顏延年、謝靈運，說“顏謝之術，乃五言之正軌”。他當時在《中華新報》上發表的一些詩文，完全是模仿這四家。劉師培在舊中國文壇上頗擅盛名，他完全是一個複古主義者，為文好用古字，也寫駢文。第二派竭力提倡古文，以姚仲實、陳石遺為代表。姚氏是安徽桐城人，自以為文章正宗，更提倡桐城派古文。第三派則主張駢散不分，以為文章本來麵目是純乎自然，隻要說理暢通、描寫生動，可以用散文，也不妨參用一些駢句。持這一派主張的人較多。
蔡元培到了北大，覺得這種學風、文風有改變的必要，遂決心大加改革。1917年初，首先請陳獨秀為文科學長、理科學長複元瑮、法科學長王建祖（當時北京大學分文、理、法3科）。不久胡適從美國留學歸國，又被聘請為文科教授。他與陳獨秀等共同創辦了刊物《新青年》，提倡新文化運動，向舊派開火。錢玄同又從而和之，劉半農也搖旗呐喊，這是所謂新派。國文研究所（當時還沒有設係，相當於後來的中國文學係）也深受新文化運動的影響。學生方麵亦創辦《新潮》雜誌響應《新青年》，聲勢十分浩大。於是姚仲實、陳石遺等不安於位；黃侃、劉師培也先後去職。北大學風、文風為之一變。這是新派對舊派交鋒的第一回合，結果是新派旗開得勝，舊派敗下陣來。