三皇相繼飛升之後，人族先後又出現了五位優秀首領：東方太昊，南方炎帝，西方少昊，北方顓頊，中間黃帝
此時巫族大舉進攻人族，巫族大巫蚩尤把炎帝驅逐到涿鹿(今河北西北桑幹河流域)。炎帝向黃帝求援，雙方在涿鹿大戰。蚩尤請風伯雨師興風作雨，造了大霧使黃帝的士兵迷失方向，玄女再次下凡把天氣放晴，造了“指南車”辨別方向並煉製軒轅神劍交予黃帝對抗蚩尤。這場戰鬥異常激烈，連巫族大巫九鳳也加入了戰鬥，玄女祭出穿雲劍與九鳳對敵，兩女棋逢對手不分上下.
九鳳化身九頭神鳥，玄女則化身玄鳥與之纏鬥，九鳳使出絕招九鳳朝凰，玄女則使出鳳舞九天化解，一時間難分難舍你來我往，兩女又重新化為人形.九鳳：你不是人族為何插手巫族與人族紛爭？玄女摸著小嘴天真的笑道：這個……恩……嗬嗬反正師父叫我幹嘛我便幹嘛？九鳳：多管閑事，你師父是誰？玄女不高興翹起小嘴：你管我師父是誰？要打便打囉嗦什麼？兩女又重新鬥在一起.
九鳳與玄女不分上下，可大巫蚩尤被炎黃兩帝夾攻，加上黃帝又有軒轅神劍相助，蚩尤便隻有挨打的份.如此蚩尤兵敗戰死，黃帝擔心蚩尤複活，因此用軒轅神劍將蚩尤屍體斬為五份，分別葬在五個不同的地方.
九鳳見大勢已去便帶領族人退回巫族領地，黃帝勝利被尊為天子，因軒轅神劍之功號軒轅氏.炎帝不服，認為自己才是天子，隨即攻打其它弱小部族，並將領地拒為己有.弱小部落紛紛求助軒轅黃帝，隨後黃帝與炎帝在阪泉發生了三次大戰，炎帝戰敗，炎黃兩族合並成為聯盟（因是人族內部爭鬥，玄女未再插手）.
三清謀劃欲傳教九鳳洞房殺顓頊.軒轅退位，將皇位傳給了顓頊掌管民事。顓頊又進行了一次重要的宗教改革。被黃帝征服的巫族，到顓頊時，仍信奉巫教，雜拜鬼神。顓頊想禁絕巫教，強令他們順從黃帝族的教化。卻不想，被巫族聖女九鳳所止.顓頊現在雖然貴為人皇，但他隻是凡人之軀，手下又沒有修士護衛，自然不能對九鳳如何。這一日，有手下傳言宮外有一道人求見，顓頊聞言大喜，顓頊趕忙親自出門邀請，那道人自稱是截教聖人通天教主門下大弟子多寶道人，顓頊一聽更為高興.顓頊也明白自己是因為是黃帝的後人，才輕易的接替了大位。因此在潛意識中，一直想超越黃帝。軒轅滅了蚩尤，自己就剿滅巫教.多寶開門見山道：“貧道此來，是為了助人皇除去巫教的。”多寶道人這次出山，是因為三清合謀，並且說服了女媧，打算一舉剿滅巫門殘餘。道門三清打算傳教人族，但巫族雖說已退出了洪荒主角之位，但巫教對人族的影響還是十分巨大，遠的不提，就說蚩尤之事，一個大巫，差點一統人族.當然，此事與四教漠視有關，但道門講究出世修行，不插手世事也沒錯。多寶此來，打算向人皇獻計，除去九鳳。至於另一邊，女媧被三清說服，也想為妖族報仇。雖說巫族是妖族大敵，但三清傳教，對妖族也不是什麼好事。女媧雖是聖人，心思還是過於單純.在此事中，明麵上出手的是截教和妖族，人教老君手下無人，闡教元始十分狡詐，讓眾弟子隻是跟在後麵打打悶棍，下下黑手，所有因果都結在截教和妖族身上.顓頊聞得多寶有法滅了巫教，心中大喜，連忙問道：“不知何計？”多寶道：“隻要人皇向那九鳳提親，讓巫門聖女為人族皇後，九鳳必然答應，我們再在婚典上設伏。人皇於洞房中親自殺了九鳳，我三教修士出手滅了巫教大巫，巫門自然瓦解。”顓頊聞言，馬上答應，卻又道：“朕並不是九鳳的對手，怎麼殺她？”多寶道人道：“人皇可在與其交合之際，吸了她的真陰，再用騰空聖劍將九鳳斬殺，之後，就說巫教造反。”說完又將從師弟長耳定光仙處所知的法門傳給顓頊.顓頊此時隻想讓自己的功績超過軒轅黃帝，不再考慮卑鄙不卑鄙，馬上大張旗鼓地派人到巫教提親。九鳳心中躊躇，但又見顓頊儀表不凡，心中難免愛慕.洞房之中，顓頊扶著美麗動人的九鳳上了龍床，心中雖然有些猶豫，但為了大業，狠下心來。破了九鳳處子之身後，直接用多寶道人所傳法門吸納九鳳真陰。顓頊終究還是太過心急，過早行事，被九鳳察覺。九鳳感到不對後，將顓頊掀下身來，穿上衣物，喝問顓頊。顓頊大急，直接拔出佩劍砍向九鳳，卻被九鳳奪去。九鳳明白顓頊要害自己，大怒之下，直接將顓頊斬殺，拿著騰空劍，奪門而去。
九鳳因被破了處子之身，又被吸納了大部分九鳳真陰，法力丟失了大半，無法再護佑巫門，巫門被剿殺殆盡，頓時淚流滿麵：巫門已不再與人族爭鬥，你們為何還要苦苦相逼？隨後走近洞房之內抱出顓頊屍體**痛哭，人族擔心九鳳對人皇遺體不利欲要搶奪……玄女再次現身阻止人族搶奪遺體道：慢著，讓他倆多待一會吧！
九鳳舉起右掌向腦門拍去自毀元神，玄女來不及阻止，自此九鳳隕落.玄女歎道：哎！縱你是大巫九鳳卻也逃不過一個情字……
隨後玄女便命人族將顓頊與九鳳合葬.