因為托勒密在中世紀把天球想象成是由水晶玻璃構成的，我們現在還在談論球體音樂和七重天（有月亮、水星、金星、太陽、火星、木星和土星的“天”，還有恒星的“天”）。因為地球是宇宙的中心，造物主隨地球上的事件而轉移，天體被認為完全是根據超自然的原理建造的，因此沒有什麼必要觀測天文。在中世紀歐洲教會的支持下，托勒密的模型妨礙天文學的發展達1000年之久。最後，在1543年，波蘭天主教教士哥白尼發表了一個完全不同的假說來解釋行星的視運動。這個理論最主要的特征是大膽地提出太陽，而非地球，才是宇宙的中心。地球被降級為行星之一，它是靠近太陽的第三個行星，不斷地進行著標準的圓周運動（托勒密曾經考慮過日心模型，但立即否定掉了，他認為根據亞裏士多德的物理學，所謂地球的激烈旋轉運動是不符合實際觀察的）。
在解釋行星的視運動時，這個假說至少跟托勒密的天球說同樣有效，但是它觸怒了許多人。1616年，天主教會將哥白尼的論著列為禁書，直到最後才被地方教會書刊審查員“糾正”，於1835年解放出來。馬丁·路德說他是“一個星占學暴發戶……這個傻瓜想要推翻整個天文學，但是《聖經》告訴我們，耶和華命令太陽靜止不動，而不是命令地球靜止不動”。有些讚佩哥白尼的人甚至說他並不真正相信日心說，他提出這個理論隻是為了計算行星運動的方便。
兩種宇宙觀（地心說和日心說）之間的劃時代的對抗在16世紀和17世紀的時候達到了高潮，這體現在一個像托勒密那樣既是星占學家又是天文學家的人身上，他處在人類的思想被禁錮的時代，處在宗教一兩千年前的觀點被認為比在當時的技術條件下的發現更為可靠的時代，處在離經叛道——在神秘的神學問題上背離兩種主要教派（天主教和新教）——受辱、受罰、受流放、受折磨或受處決的時代。天國裏有天使、魔鬼，還有轉動透明球體的聖手。科學不認為自然現象受物理法則的支配，但是這個孤軍奮戰的鬥士卻為現代科學革命點燃了火把。
開普勒於1571年生於德國，從小就被送到莫爾布朗鎮的新教神學校去學做牧師。那個學校就像新兵集訓中心一樣，專門訓練年輕人用神學作為武器來進攻羅馬天主教的堡壘。開普勒頑強，有才智，很有主見。他在荒涼的莫爾布朗待了兩年，沒有一個朋友，性格變得孤獨、怪僻。他自以為主在上帝的眼裏是一個微不足道的人，終日懺悔自己那些並不比旁人更為醜惡的罪過，喪失了超度的希望。
但是他並沒有遭到天罰，上帝也沒有要他贖罪。開普勒的上帝就是宇宙的創造力。這個孩子的好奇心使他變得無所畏懼。他希望能夠研究世界末日的學說，他勇於想上帝之所想。這種危險的幻想開初隻是一種想象，後來成了根深蒂固的頑念。神學校的一個自信的孩子渴望著將歐洲從中世紀思想的修道院裏解脫出來。
古典科學在1000多年前就已經被鎮壓了，但是在中世紀後期，阿拉伯學者保留下來的東西開始慢慢地潛入歐洲的教程。在莫爾布朗，開普勒知道古典科學已經在複蘇。他除了學習神學之外，還學習希臘語和拉丁語，學習音樂和數學。他覺得他從歐幾裏得的幾何學裏瞥見了一個完美的形象，悟出了宇宙的榮耀。他後來寫道：“幾何學存在於創世之前，它與神道永遠並存……幾何學向上帝提供了創世的模型……幾何學就是上帝本人。”
雖然開普勒過著隱居的生活，並且全神貫注地研究數學，不完美的外界必然影響性格的形成。對那些在饑荒、瘟疫和你死我活的教條衝突中無能為力的人來說，迷信是最方便的靈丹妙藥。許多人認為星星是唯一可靠的東西，古星占學的觀念就是在充滿恐怖的歐洲後院和客棧裏發達起來的。開普勒對星占學的態度始終是不明確的，他懷疑在日常生活的表麵混亂當中是否隱藏著規律性。如果天地萬物是由上帝的能工巧手製作的話，是不是我們就不能夠進行仔細的審查呢？難道天地萬物不就是神道和諧的表現嗎？這本天書在1000多年之後才找到一個讀者。
1589年，開普勒離開莫爾布朗到圖賓金的那所名牌大學為牧師搞研究工作，他感到這是一個很大的解脫。在時代才華的激流裏，他的天才立即受到老師的賞識。其中一個老師向這個年輕人介紹了哥白尼假說的奧秘。日心說與開普勒的宗教觀發生了共鳴，他熱情地接受了這種理論。太陽就是上帝的象征，其餘的一切都繞著太陽轉。在他被委任為牧師之前，有人想聘請他從事非教會的工作。也許是因為他覺得自己不能勝任教會的工作，所以他終於接受了聘請。他被派往奧地利的格拉茨中學教學，沒多久他就開始準備編寫天文和氣象年鑒，並且開始用占星術算命。“上帝為每一隻動物提供生計”，他寫道，“對天文學家來說，他所提供的生計就是星占學。”