西海固是遊牧民族與農耕民族衝撞融合之地，具有非常突出的代表性，對於研究西北，乃至整個中國曆史都有十分重要的意義。他認為，過去一些學者稱遊牧民族為“外夷”，認為其野蠻、落後，站在大漢族主義的立場上公然鄙視，甚至醜化，他覺得這都是有悖於曆史事實的輕率、偏頗之舉。為此，他更願意接受這樣的一種觀點：遊牧民族的“入侵”從一定程度上說有其客觀性、合理性袁它無疑是推動曆史車輪前行的動力，作為曆史學家，應站在平等的立場上審視他們，書寫他們。在這一點上，他非常讚同安定郡人皇甫規的“人權思想”，認為羌族人也是“一氣所生”，是大自然的精靈，其基本的生存權應得到應有的尊重與保護。摒棄以前學術界一些極左思維。如將所有武裝暴動事件輕易地定為“起義”，過高或不恰當地讚譽，而不論該事件複雜的背景，及其對社會造成的巨大負麵作用。對一些背景複雜的曆史人物，作一些機智而客觀的冷處理，這就牽涉到了一個角度和視野問題。如固原名臣董福祥，原先的曆史將他搞得過於複雜，把本該說明的問題因為本人經曆的糾結而掩蓋了，甚至忽略了，但站在“固原兵”的角度，一切問題都可迎刃而解，這樣既尊重曆史，也可使一些事實得以全麵展示。作為民族地區的一部通史，反映和接觸民族宗教問題在所難免，對此他慎之又慎。采取的辦法是，爭議問題暫且擱置，而對於一些有定論的事件或人物，則一定取之於權威典籍，除一些連接上下文的非實質性文字外，一般不作輕易更改。
從一九九三年到20世紀第一個年頭的歲末，徐興亞一直沉浸在《西海固史》的深度寫作中。他常常忘情於自己的這種書寫和思考。如果當教師的妻子抽空來替他看店，他一整天都有可能坐在書桌前不挪地方。數年間，在那間陰暗的半地下室的店鋪裏，他時而踱步思考，時而正襟危坐，時而手不釋卷，時而筆動如飛，即便是在調貨往返途中的火車上，他也被曆史難題苦苦糾纏，思維跳到另一個年代。他在商人和文人之間不停地轉換著角色，賣書，讀書，寫書，樂此不疲。他仿佛沉迷於巨大的心事而自得其樂。終於，《西海固史》最後一個章節的書寫結束了，當畫上最後一個真正意義上的句號時，他覺得“鍵盤最後的一聲輕響擊碎了一室的寧靜”。驀然回首，人生的又一個十年過去了，如果算上編撰縣誌時知識和技術上的準備時間，這本書已花去了他整整二十年的光陰。
書稿基本告竣，徐興亞沒有過多的時間享受快意。他很快雇來銀行的一位小女孩在業餘時間打印了自己的全部書稿，斷斷續續近一年。而打印的過程，就是修改的過程，有時發現一條新資料，就會牽動一個章節，甚至前後數章的關聯。就這樣，《西海固史》在不斷地修改中完善，在完善中修改，直至投入印刷廠正式出版。
之後，他便背著這些書稿尋找將“她”嫁出去的“婆家”———出版社。
艱難辛酸的出書經曆
但他沒想到第一個找上門去的“婆家”並不待見他。
第一個“婆家”是寧夏人民出版社。那時，他有著一個樸素而真摯的願望—他希望自己這部飽蘸心血的四十一萬字的書稿，最好能在家鄉的出版社出，因為“她”本身就是家鄉的一部分啊。他把“她”鄭重交給了出版社文史編輯室，為了防止編輯不負責任的應付，徐興亞還使了一點小心眼，留下後半部分的幾處錯誤標點符號沒有處理，似乎還留了幾個自己已校對出來的錯別字，試圖以待驗證編輯到底仔細看了沒有。文史室也很快通知他，書稿已交相關人員，對方是一資深編輯。於是就等。一直等了差不多近一年，在他的無數次的催問下，直接寄來的有一份特邀編輯的“審讀建議”的原件。書稿被不客氣地否定。徐興亞還是想在寧夏人民出版社出版，在家鄉出版。不服此判決的徐興亞寫了一封長達十四頁的回信，有條不紊陳述了自己寫作《西海固史》的經過和一些想法，這些想法歸納起來共有十條，分別為：《西海固史》成書的客觀條件、成書的主觀條件、固原縣（即今原州區）曆史的代表性問題、《西海固史》的內容、本書的編排體例、資料的共性與個性、史料的梳理與利用、學術觀點、個人性著述、史與史話。對不負責任且學術水平有限的“審讀建議”所提的三十多個問題進行了逐一回答和批駁。雖再經努力，寧夏自費出書已是無望。
這期間，徐興亞苦惱至極，他不得不重新審視自己的這部著作了，像一個挑剔的旁觀者一樣將它又仔仔細細“打量”了多遍。“打量”的結果是，它確實是獨特的、經得起時間檢驗的。它理應受到人們的尊重和關注。她有出版問世的資格。