《蘇報》的言論本來就很激烈，它甚至辟有《學界風潮》一欄表達對當局的不滿，現在又連續登載宣揚革命思想的文章，引起朝廷的不安。清廷外務部致電兩江總督魏光燾稱：“查有上海創立愛國學社，召集不逞之徒，倡演革命諸邪說……朝廷銳意興學，方期造就通才，儲為國用，乃近來各省學生潛心肄業者固不乏人，而沾染習氣肆行無忌者正複不免。似此猖狂悖謬，形同叛逆，將為風俗人心之害。著沿海沿江各省督撫務將此等敗類嚴密查拿，隨時懲辦。”
魏光燾遂發布密令說“蘇報館刊布謬說，而四川鄒容所作《革命軍》一書，章炳麟為之序，尤肆無忌憚”，遂派江蘇巡撫候補道俞明震，專程從南京到上海，協同上海道袁樹勳，辦理同外國駐上海領事協商逮捕愛國學社人員事宜。
清廷要逮捕這些革命誌士，必須經過上海租界工部局的同意。租界當局享受治外法權，一般不允許中國政府在它管轄的地麵上捕人。經過再三交涉，雙方達成協議，派出巡捕和中國警探到蘇報館捉拿報館老板陳範及愛國學社的蔡元培、章太炎、鄒容等人。在此之前，大家早已聽到風聲，蔡元培逃往青島，陳範也躲起來，而章、鄒兩人正好不在報館裏，巡捕撲了個空，結果隻抓走一個賬房。當天晚上，有人告訴章太炎白天巡捕到報館捉人的事，章太炎不以為然。
第二天，巡捕又來到愛國學社。鄒容聽到消息，立即躲到虹口一個傳教士家裏。章太炎如果要想逃走，也是容易的，但他其時早已拿定了主意，說：“革命沒有不流血的，我被清政府查拿，現在已經第七次了。”他坐在學社的賬房裏，等巡捕來到門口，不慌不忙地迎上前去，用手指著自己的鼻子，高聲說：“餘俱不在，要拿章炳麟，就是我！”巡警們本來是執行公務的，捉到固然是好，捉不到也可以回去交差，想不到被捕的人自己送到麵前來，趕緊給章太炎套上手銬。
章太炎被關押在工部局的巡捕房裏。他馬上給鄒容寫了一封信，要鄒容主動投案。鄒容接信後，不願讓他的老大哥一個人承擔責任，在獄中受苦，兩天以後，就到巡捕房自首。在這期間，蘇報館和愛國學社都被查封，蘇報館的財產全部被沒收，加上章、鄒，一共有六個人被捕。這就是轟動一時的“《蘇報》案”。
為什麼章太炎一定要鄒容投案自首？
章太炎知道自己會被捕卻不逃避，並且說出“革命沒有不流血的”這樣的話，當是受了維新誌士譚嗣同的影響。譚嗣同在政變前夕也是知道未來的危險的，但他並不逃走，說自古革命必有一死，為革命而犧牲就從我開始吧！這樣的豪言壯語和後來臨刑時“我自橫刀向天笑”的英勇氣概，感動和激勵著後來者。一聽說要被捕就逃跑，好像做賊心虛似的，章太炎已經很反感那種流亡生活。所以他後來曾諷刺孫中山和蔡元培，一個是不履危地，一個是一遇事變，就往外國走，是不負責任的行為。他不能這樣做，也不希望他親愛的小弟弟這樣做。
章太炎這種英雄氣概在他入獄後不久寫的《獄中答新聞報》一文中表露得最充分。《新聞報》譏笑他不逃走很愚蠢。他在文中說：“吾輩書生，未有寸刃尺匕足與抗衡，相延入獄，誌在流血，性分所定，上可以質皇天後土，下可以對四萬萬人矣。”在得知他和鄒容被清政府起訴，自己將要在法庭上同他們辯論時，自豪地說：“且今日獄事起於滿洲政府，以滿洲政府與漢種四萬萬人構此大訟，江督關道則滿洲政府之代表，吾輩數人則漢種四萬萬人之代表。”他最後預言自己必將勝利，為革命立偉大功業。他同時諷刺一班新聞記者目光短淺：
去矣，新聞記者！同是漢種，同是四萬萬人之一分子，亡國覆宗，祀逾二百，奴隸牛馬，躬受其辱。不思祀夏配天，光複舊物，而惟以維新革命，錙銖相較，大勇小怯，秒忽相衡，斥鼴井蛙，安足與知鯤鵬之誌哉！去矣，新聞記者！濁醪夕引，素琴晨張，鬱素霞之奇意，入修夜之不陽。天命方新，來複不遠，請看五十年後，銅像巍巍立於雲表者，為我為爾，坐以待之，無多聒聒也。