這之後，光複會與孫中山等領導的同盟會雖然在反清革命鬥爭中，聯合進行革命活動，但雙方的矛盾並未完全消除。武昌起義槍聲一響，各地紛紛獨立，海外的革命者立即回國參加新中國的建設。
劉文典回憶說：“記得有一天下午，章先生正在拿佛學印證《莊子》，忽然聽見巷子裏賣號外，有一位同學買來一看，正是武昌起義的消息，大家喜歡得直跳起來。從那天起，先生學生天天聚會，但是不再談《說文》《莊子》，隻談怎樣革命了。”
章太炎於當年11月回到上海。他剛安頓下來，就以革命元勳、革命文豪的身份，發表許多言論，其中不少與孫中山等人的主張不同甚至相反。例如，黃興等人打電報給他，請教關於擴大革命黨的意見，他卻回電說：“革命軍起，革命黨消，天下為公，乃克有濟。今讀來電，以革命黨人召集革命黨人，是欲以一黨組織政府。若守此見，人心解體矣。諸君能戰即戰，不能戰，弗以黨見破壞大局。”
在革命的緊要關頭，他卻要取消革命黨。因為他認為，黨派是自私自利的產物，“黨”這個字在古代漢語中，不是一個褒義詞。搞革命，應該公平對待一切人，不能拉幫結派。這種想法，從理論上說，是高妙的、大公無私的，但在現實中就不免顯得幼稚了。
在建立政府問題上，他的表現說明他對孫中山的意見仍然很大。他比孫中山回國早。南京克複後，有人提議，等孫中山回國後正式成立民國政府。章太炎發表宣言反對，字裏行間流露出對孫的鄙視，他認為，革命過程中，孫中山躲得遠遠的，有什麼資格回來當領袖？他自己當然也無意於此。
他心目中的人選是：黎元洪為元帥，黃興為副元帥，宋教仁為內閣總理。黎是清軍一個協統（旅長），革命思想並不充分，武昌起義，當革命黨衝進他的宅邸時，他正渾身發抖地藏在床底下，被人們拉出來，不得已就任都督之職。章太炎卻認為他是起義的首義者，資格最老。
但在廣大民眾心目中，孫中山才是真正的革命領袖。所以這年年底，孫中山回國，立即被推舉為中華民國臨時大總統，於次年元旦宣誓就職。章太炎心裏不服氣，所以對新政府態度相當冷淡。孫中山委任他為總統府樞密顧問，派人到上海接他。他根本沒有合作之意，隻到南京轉了一圈，就寫信說：“上海江寧，咫尺地耳，若有獻替，郵書半日即至，無必常宿直廬也。”仍回上海居住。對新政府的號令，他也經常挑毛病，孫中山決定采用世界通行的公曆紀年，他發了兩通宣言表示反對，倒不是為了公曆紀年不好，而是說這種改變應該先交國民討論，經公選後實行，方合乎法律程序。
在建都問題上，章太炎也沒有同孫中山站在一起。孫中山隻當了三個月總統，因為軍事實力弱於北洋軍，被迫讓位於答應逼清帝退位、同意建立民國的袁世凱。孫中山提出的條件之一是，民國必須建都南京，因為南方是革命黨的根據地，可以形成對袁的監督。老謀深算的袁世凱當然不會就範，使出種種手段堅持建都北京。在南方代表赴北京進行緊張談判的同時，章太炎卻多次發表意見，主張以北京為首都。他的見解自有合理之處，如建都北京，可以防止清廷複辟，也可有效抵抗北方侵略，因為日俄一直是中國的兩大隱患。他認為孫中山等堅持建都南京是出於自私心理，是在圖謀祿位。
章太炎論事，自有偏激之處，但在對新政府的批評中，也有正確的意見。